The Whole Genome SSR Primers of Sugar Beet: Screening and Evaluation

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2021-0726

Abstract

Abstract:

The aim is to screen out SSR core primers suitable for sugar beet molecular biology experiments, and lay a foundation for subsequent construction of sugar beet fingerprint maps and genetic diversity analysis. In this paper, four different sugar beet germplasm resources and four different sugar beet varieties were used for the preliminary screening of 247 pairs of SSR primers designed based on the sequence of the whole genome coding region of sugar beet. The results showed that the majority of the 247 primer pairs had no polymorphism or poor polymorphism, while only 27 primer pairs had high polymorphism. These 27 primer pairs amplified a total of 103 bands, including 95 polymorphic bands, with a polymorphism ratio of 90.43%. The polymorphism information content (PIC) of these primers ranged from 0.549 to 0.983, with an average PIC value of 0.841 for each primer pair. The results of the experiment showed that despite the screening by e-PCR, it was still difficult to find suitable SSR primers for sugar beet, indicating that the genetic base of sugar beet was relatively narrow. These 27 pairs of SSR primers are suitable for sugar beet molecular marking, and could be a foundation for large-scale construction and application of the standardized identification system for sugar beet varieties.

Key words: sugar beet, molecular marker, simple sequence repeat, primer screening, polymorphism information content

CLC Number:

S566.3

LI Qiaoqiao, WANG Yuqing, LIU Rui, LIU Naixin, PI Zhi, WU Zedong. The Whole Genome SSR Primers of Sugar Beet: Screening and Evaluation[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2022, 38(12): 95-99.

Figures/Tables 3

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序号	材料名称	来源
1	M205	黑龙江大学
2	M206	黑龙江大学
3	M207	黑龙江大学
4	M208	黑龙江大学
5	KWS1197	KWSSAATSE
6	SV1434	SES VanderHave
7	BTS8430	美国BETASEED公司
8	MA3005	Maribohilleshög ApS

序号	材料名称	来源
1	M205	黑龙江大学
2	M206	黑龙江大学
3	M207	黑龙江大学
4	M208	黑龙江大学
5	KWS1197	KWSSAATSE
6	SV1434	SES VanderHave
7	BTS8430	美国BETASEED公司
8	MA3005	Maribohilleshög ApS

引物名称	多态条带数	总条带数	多态性百分比/%	所在的染色体	多态性信息量PIC	退火温度/℃
L7	6	6	100	Chr1	0.742	57
BQ588629	3	4	75	Chr1	0.873	57
BVV21	2	3	66.67	Chr1	0.925	60
LNX47	2	2	100	Chr2	0.940	T
L16	2	3	66.67	Chr3	0.802	T
W12	2	3	66.67	Chr4	0.983	T
SB06	4	4	100	Chr4	0.910	T
W15	3	4	66.67	Chr5	0.953	58
L35	3	3	100	Chr5	0.719	57
L37	3	3	100	Chr5	0.952	57
W19	6	6	100	Chr6	0.971	T
W21	2	2	100	Chr6	0.549	T
L47	4	4	100	Chr6	0.800	58
L48	3	3	100	Chr6	0.875	T
SSD6	2	3	66.67	Chr6	0.602	57
TC94	3	3	100	Chr6	0.860	57
L57	2	3	66.67	Chr7	0.733	T
L59	3	3	100	Chr7	0.945	T
L64	3	3	100	Chr7	0.906	T
L69	3	3	100	Chr8	0.973	T
L70	6	6	100	Chr8	0.851	T
RAD62	6	6	100	Chr8	0.955	T
W31	2	3	66.67	Chr9	0.607	T
L76	6	6	100	Chr9	0.982	T
TC55	6	6	100	未知	0.963	T
TC122	4	4	100	未知	0.966	60
SB15	4	4	100	未知	0.916	T

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