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中国农学通报 ›› 2005, Vol. 21 ›› Issue (11): 375-375.

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Bt cry序列本地数据库的建立及本地BLAST的实现

刘旭光,,宋福平,张广杰,张新会,张 杰   

  • 出版日期:2005-11-05 发布日期:2005-11-05

Construction of Local Database and Achieving Local BLAST of Bt cry genes

Liu Xuguang,, Song Fuping, Zhang Guangjie, Zhang Xinhui, Zhang jie   

  • Online:2005-11-05 Published:2005-11-05

摘要: 根据研究的实际需要,运用winSDK设计了一个可视化的BLAST接口程序,利用此程序可以构建本地核酸和蛋白序列数据库与进行本地BLAST。在此基础上建立了苏云金芽孢杆菌(Bt)cry基因的本地核酸序列数据库,并进行了本地BLAST。与先前文献中介绍的本地BLAST实现的方法相比,此方法操作简便、并可根据实际需要随意定制相关数据库;在与NCBI的BLAST进行比较后发现,本地BLAST还具有个性化、准确性强、可信度高等特点。

Abstract: A visible interface program of BLAST named “localblast” was developed to construct local nucleotide and protein database and achieve local BLAST for research using winSDK. Then a local nucleotide database of Bacillus thuringiensis cry genes and local BLAST