新疆野扁桃TP-M13-SSR的引物开发研究

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb16080079

中国农学通报 ›› 2017, Vol. 33 ›› Issue (27): 55-60.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb16080079

所属专题：园艺

新疆野扁桃TP-M13-SSR的引物开发研究

刘梦雯,曾斌,王建友,夏江宏,关鹏

新疆农业大学林学与园艺学院/新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心,新疆农业大学林学与园艺学院/新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心,中国林业科学院新疆分院,新疆农业大学林学与园艺学院/新疆农业大学果树学新疆特色果树研究中心,新疆农业大学农学院

收稿日期:2016-08-18 修回日期:2016-10-14 接受日期:2016-10-25 出版日期:2017-10-09 发布日期:2017-10-09
通讯作者: 曾斌
基金资助:
国家自然科学基金“基于S-核酸酶的新疆野生扁桃自交不亲和性泛素化特性的分子机制研究”(31660557)；“新疆野生扁桃自交不亲和性的分子机制研究”(31260465)；新疆维吾尔自治区科技计划项目“新疆扁桃种质资源的开发利用与示范”(201130102-1-5)；新疆维吾尔自治区果树学重点学科(201007)。

Development of TP-M13-SSR Primer for Prunus tenella Batsch.

Received:2016-08-18 Revised:2016-10-14 Accepted:2016-10-25 Online:2017-10-09 Published:2017-10-09

摘要/Abstract

摘要： 该试验自主设计新疆野扁桃TP-M13-SSR引物，从中筛选多态性最佳的引物以供后续研究使用。从该植物的5个居群中分别挑选2份叶片提取基因组DNA，扩增后的产物使用毛细管电泳荧光检测并分析。经分析可得出12对新疆野扁桃TP-M13-SSR引物的期望杂合值(He)、观测杂合值(Ho)、等位基因数目(Na)、香农指数(I)、固定指数(F)、多态性信息含量指数(PIC)的范围分别为0.656~0.859、0~0.281、3.796~9.580、4~8、1.213~2.014、-0.164~1、0.605~0.843。在所有以上引物中，引物PT-6除固定指数外的所有信息数据均为最高。共筛选出12对多态性信息丰富的TP-M13-SSR引物，扩增片段大小在100~300 bp之间，多为2个碱基重复。

关键词: 有机草莓, 有机草莓, 常规草莓, 环境影响, 生命周期评价, 有机农业

Abstract: In this research, the TP-M13-SSR primers of Prunus tenella Batsch. were designed, and the primers with high polymorphic were screened out for further research. Two sample of leaves were selected from five populations respectively to extract the genome DNA, and the amplification production were analyzed by using the capillary electrophoresis with fluorescent-labeled primer. It was calculated that the number of different alleles(Na), the number of effective alleles(Ne), Shannon''s information index(I), Observed heterozygosity(Ho), Expected heterozygosity(He) and Fixation index(F) of 12 pairs of TP-M13-SSR Primer for Prunus tenella Batsch. ranged from 0.656-0.859, 0-0.281, 3.796-9.580, 4-8, 1.213-2.014, -0.164-1 0.605-0.843, respectively. In the above primers, all of the information data of primer PT-6 was the highest except the Fixation index(F) , and totally 12 pairs of TP-M13-SSR primers contained abundant polymorphisms were choosed These primers’ amplified fragments ranged from 100 to 300 bp, most of which were dinucleotide repeat.

中图分类号:

S662.1

刘梦雯,曾斌,王建友,夏江宏,关鹏. 新疆野扁桃TP-M13-SSR的引物开发研究[J]. 中国农学通报, 2017, 33(27): 55-60.

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Development of TP-M13-SSR Primer for Prunus tenella Batsch.

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