 
 中国农学通报 ›› 2023, Vol. 39 ›› Issue (11): 1-9.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0293
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               		张彩娟1,2( ), 周坤能1, 夏加发1, 王元垒1, 云鹏1, 马廷臣1, 吴德祥2, 李泽福1(
), 周坤能1, 夏加发1, 王元垒1, 云鹏1, 马廷臣1, 吴德祥2, 李泽福1( )
)
                  
        
        
        
        
    
收稿日期:2022-04-14
									
				
											修回日期:2022-08-27
									
				
									
				
											出版日期:2023-04-15
									
				
											发布日期:2023-04-10
									
			通讯作者:
					李泽福,男,1965年出生,安徽霍邱人,研究员,博士,主要从事水稻遗传育种研究。通信地址:230031 安徽省合肥市庐阳区农科南路40号 安徽省农业科学院水稻所,E-mail:作者简介:张彩娟,女,1993年出生,安徽亳州人,博士在读,研究方向:作物遗传育种。通信地址:230031 安徽省合肥市庐阳区农科南路40号 安徽省农业科学院水稻所,E-mail:zhangcaijuan1993@163.com。
基金资助:
        
               		ZHANG  Caijuan1,2( ), ZHOU  Kunneng1, XIA  Jiafa1, WANG  Yuanlei1, YUN  Peng1, MA  Tingchen1, WU  Dexiang2, LI  Zefu1(
), ZHOU  Kunneng1, XIA  Jiafa1, WANG  Yuanlei1, YUN  Peng1, MA  Tingchen1, WU  Dexiang2, LI  Zefu1( )
)
			  
			
			
			
                
        
    
Received:2022-04-14
									
				
											Revised:2022-08-27
									
				
									
				
											Online:2023-04-15
									
				
											Published:2023-04-10
									
			摘要:
为了制定合理的育种计划,对籼型水稻光温敏核不育系‘7-163S’特征特性及基因型进行解析。以‘7-163S’及其配制组合或品种为试验材料,对主要农艺性状进行分析,使用基因组测序和RiceNavi数据库解析‘7-163S’的基因型。结果表明,‘7-163S’农艺性状优异,可繁性好,育性起点温度低、中抗稻瘟病、抗白叶枯病。已育成4个品种或组合,均表现出生育期适中、优质、丰产性好等特点。基因型分析表明‘7-163S’含有稻瘟病、白叶枯病、褐飞虱等抗性等位基因,以及低垩白、高氮肥利用效率、耐冷等优异等位基因。然而,其缺乏广谱抗稻瘟病基因Pi2、Pi9和Pigm、广谱抗白叶枯病基因Xa23、香味基因fgr及镉低积累基因OsCd1和OsNRAMP5等。将基因型与表型结合,可为基因聚合增强‘7-163S’抗性和新品种选育提供理论支撑。
张彩娟, 周坤能, 夏加发, 王元垒, 云鹏, 马廷臣, 吴德祥, 李泽福. 优质籼型水稻光温敏核不育系‘7-163S’特征特性及其基因型解析[J]. 中国农学通报, 2023, 39(11): 1-9.
ZHANG Caijuan, ZHOU Kunneng, XIA Jiafa, WANG Yuanlei, YUN Peng, MA Tingchen, WU Dexiang, LI Zefu. Characteristics and Genotype Analysis of High-quality Indica Rice Photo-Thermo-Sensitive Genic Male Sterile Line ‘7-163S’[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2023, 39(11): 1-9.
| 目标基因 | 引物名称 | 引物序列(5'-3') | 目的片段大小/bp(有/无) | 参考文献 | 
|---|---|---|---|---|
| Pia | Pia-F | CTTTTGAGCTTGATTGGTCTGC | 116/125 | [ | 
| Pia-R | CTATTGCACCAGAGGGACCAG | |||
| Pi2 | AP22-F | GTGCATGAGTCCAGCTCAAA | 140/155 | [ | 
| AP22-R | GTGTACTCCCATGGCTGCTC | |||
| Pi9 | PB9-1-F | TAGACTCCTTCCAAGTTTGACT | 179/174 | [ | 
| PB9-1-R | TGTGATTTTCAGAATTTTCGT | |||
| Pigm | DG-3-F | CAGAGCAGTAACAAACCCTA | 750/1800 | [ | 
| DG-3-R | TCCGCAAGATCAACATTC | |||
| fgr | FGR3-F | GTATACCCCATCAATGGAAAT | 117/125 | [ | 
| FGR3-R | CTTAACCATAGGAGCAGCTGA | |||
| Pik | RGA4-F | GGAAAGCTGATATGTTGTCG | 1650/无带 | [ | 
| RGA4-R | ACTCGGAGTCGGAGAGTCAG | |||
| Pid3 | Pid3-dCAPS-F | TACTACTCATGGAAGCTAGTTCTC | BamH I酶切,510+148/658 | [ | 
| Pid3-dCAPS-R | ACGTCACAAATCATTCGCTC | |||
| chalk5 | C1F | CGGTTAGAACAGGATTGC | 高垩白C1F/C1R2扩出197 bp,C1F/NC1R2无带 低垩白C1F/C1R2无带,C1F/NC1R2扩出197 bp | [ | 
| C1R2 | ATAAAACAACTCTGGGTCACG | |||
| NC1R2 | ATAAAACAACTCTGGGTCACA | |||
| tms5 | tms5-F | ATATTTGGCGCTCTATTCTT | 387/463 | [ | 
| tms5-R | GGCCAAGTGTTATGATCACT | |||
| Bph15 | MS5-F | TTGTGGGTCCTCATCTCCTC | 200/小于200 | [ | 
| MS5-R | TGACAACTTGTGCAAGATCAAA | 
| 目标基因 | 引物名称 | 引物序列(5'-3') | 目的片段大小/bp(有/无) | 参考文献 | 
|---|---|---|---|---|
| Pia | Pia-F | CTTTTGAGCTTGATTGGTCTGC | 116/125 | [ | 
| Pia-R | CTATTGCACCAGAGGGACCAG | |||
| Pi2 | AP22-F | GTGCATGAGTCCAGCTCAAA | 140/155 | [ | 
| AP22-R | GTGTACTCCCATGGCTGCTC | |||
| Pi9 | PB9-1-F | TAGACTCCTTCCAAGTTTGACT | 179/174 | [ | 
| PB9-1-R | TGTGATTTTCAGAATTTTCGT | |||
| Pigm | DG-3-F | CAGAGCAGTAACAAACCCTA | 750/1800 | [ | 
| DG-3-R | TCCGCAAGATCAACATTC | |||
| fgr | FGR3-F | GTATACCCCATCAATGGAAAT | 117/125 | [ | 
| FGR3-R | CTTAACCATAGGAGCAGCTGA | |||
| Pik | RGA4-F | GGAAAGCTGATATGTTGTCG | 1650/无带 | [ | 
| RGA4-R | ACTCGGAGTCGGAGAGTCAG | |||
| Pid3 | Pid3-dCAPS-F | TACTACTCATGGAAGCTAGTTCTC | BamH I酶切,510+148/658 | [ | 
| Pid3-dCAPS-R | ACGTCACAAATCATTCGCTC | |||
| chalk5 | C1F | CGGTTAGAACAGGATTGC | 高垩白C1F/C1R2扩出197 bp,C1F/NC1R2无带 低垩白C1F/C1R2无带,C1F/NC1R2扩出197 bp | [ | 
| C1R2 | ATAAAACAACTCTGGGTCACG | |||
| NC1R2 | ATAAAACAACTCTGGGTCACA | |||
| tms5 | tms5-F | ATATTTGGCGCTCTATTCTT | 387/463 | [ | 
| tms5-R | GGCCAAGTGTTATGATCACT | |||
| Bph15 | MS5-F | TTGTGGGTCCTCATCTCCTC | 200/小于200 | [ | 
| MS5-R | TGACAACTTGTGCAAGATCAAA | 
| 名称 | 7-163S | |
|---|---|---|
| 加工品质 | 糙米率/% | 80.5± 0.3 | 
| 精米率/% | 73.1 ±0.2 | |
| 整精米率/% | 68.6 ±0.6 | |
| 精米粒长/mm | 6.2 ±0.2 | |
| 精米长宽比 | 3.0 ±0.0 | |
| 外观品质 | 垩白米率/% | 11.0 ±2.0 | 
| 垩白度/% | 0.6 ±0.2 | |
| 透明度 | 2.0 ±0.0 | |
| 理化性质 | 碱消值 | 6.2 ±0.1 | 
| 直链淀粉含量/% | 16.1 ±0.1 | |
| 胶稠度/mm | 86.0 ±1.0 | |
| 蛋白质含量/% | 9.8 ±0.2 | |
| 米质等级 | 2 | |
| 抗性鉴定 | 稻瘟病 | 中抗稻瘟病(MR) | 
| 白叶枯 | 抗白叶枯病(R) | |
| 名称 | 7-163S | |
|---|---|---|
| 加工品质 | 糙米率/% | 80.5± 0.3 | 
| 精米率/% | 73.1 ±0.2 | |
| 整精米率/% | 68.6 ±0.6 | |
| 精米粒长/mm | 6.2 ±0.2 | |
| 精米长宽比 | 3.0 ±0.0 | |
| 外观品质 | 垩白米率/% | 11.0 ±2.0 | 
| 垩白度/% | 0.6 ±0.2 | |
| 透明度 | 2.0 ±0.0 | |
| 理化性质 | 碱消值 | 6.2 ±0.1 | 
| 直链淀粉含量/% | 16.1 ±0.1 | |
| 胶稠度/mm | 86.0 ±1.0 | |
| 蛋白质含量/% | 9.8 ±0.2 | |
| 米质等级 | 2 | |
| 抗性鉴定 | 稻瘟病 | 中抗稻瘟病(MR) | 
| 白叶枯 | 抗白叶枯病(R) | |
| 材料 | 鉴定条件 (光照时间-温度) | 花粉观察日期 | 育性 | |
|---|---|---|---|---|
| 花粉败育度/% | 自交结实率/% | |||
| 7-163S | 14.5 h-23.5℃ | 8/10-19 | 99.19 | 0.41 | 
| 14.5 h-24℃ | 8/6-12 | 99.36 | 0 | |
| 12.5 h-25.5℃ | 8/5-12 | 99.45 | 0 | |
| 14.5 h-自然 | 8/2-9 | 99.63 | 0 | |
| 培矮64S | 14.5 h-23.5℃ | 8/10-19 | 99.31 | 0.35 | 
| 14.5 h-24℃ | 8/6-12 | 99.43 | 0 | |
| 12.5 h-25.5℃ | 8/5-12 | 99.46 | 0 | |
| 14.5 h-自然 | 8/2-9 | 99.55 | 0 | |
| 材料 | 鉴定条件 (光照时间-温度) | 花粉观察日期 | 育性 | |
|---|---|---|---|---|
| 花粉败育度/% | 自交结实率/% | |||
| 7-163S | 14.5 h-23.5℃ | 8/10-19 | 99.19 | 0.41 | 
| 14.5 h-24℃ | 8/6-12 | 99.36 | 0 | |
| 12.5 h-25.5℃ | 8/5-12 | 99.45 | 0 | |
| 14.5 h-自然 | 8/2-9 | 99.63 | 0 | |
| 培矮64S | 14.5 h-23.5℃ | 8/10-19 | 99.31 | 0.35 | 
| 14.5 h-24℃ | 8/6-12 | 99.43 | 0 | |
| 12.5 h-25.5℃ | 8/5-12 | 99.46 | 0 | |
| 14.5 h-自然 | 8/2-9 | 99.55 | 0 | |
| 名称 | 两优799 | 两优华363 | 两优华166 | 永两优206 | 
|---|---|---|---|---|
| 产量/(kg/hm2) | 9178.6±238.9 | 9245.7±71.6 | 9571.1±83.3 | 9325.6±77.5 | 
| 株高/cm | 125.6±0.6 | 121.0±1.9 | 118.3±0.5 | 122.5±1.7 | 
| 穗长/cm | 23.8±0.2 | 23.5±0.1 | 24.4±0.9 | 23.1±0.8 | 
| 每穗总粒数 | 193.6±9.9 | 204.9±10.0 | 211.9±9.1 | 189.0±7.0 | 
| 每穗实粒数 | 157.2±6.2 | 172.6±7.5 | 161.4±0.5 | 151.0±8.0 | 
| 结实率/% | 81.2±1.1 | 84.2±0.5 | 80.6±3.9 | 79.9±1.1 | 
| 千粒重/g | 26.9±0.3 | 24.5±0.3 | 25.9±0.0 | 22.2±0.7 | 
| 全生育期/d | 140.2±5.4 | 140.6±4.5 | 141.6±7.2 | 135.9±0.5 | 
| 米质等级 | 2 | 1 | 3 | 2 | 
| 产量与对照相比增减产/% | 6.0±1.4 | 7.1±0.3 | 7.5±0.2 | 1.5±3.3 | 
| 名称 | 两优799 | 两优华363 | 两优华166 | 永两优206 | 
|---|---|---|---|---|
| 产量/(kg/hm2) | 9178.6±238.9 | 9245.7±71.6 | 9571.1±83.3 | 9325.6±77.5 | 
| 株高/cm | 125.6±0.6 | 121.0±1.9 | 118.3±0.5 | 122.5±1.7 | 
| 穗长/cm | 23.8±0.2 | 23.5±0.1 | 24.4±0.9 | 23.1±0.8 | 
| 每穗总粒数 | 193.6±9.9 | 204.9±10.0 | 211.9±9.1 | 189.0±7.0 | 
| 每穗实粒数 | 157.2±6.2 | 172.6±7.5 | 161.4±0.5 | 151.0±8.0 | 
| 结实率/% | 81.2±1.1 | 84.2±0.5 | 80.6±3.9 | 79.9±1.1 | 
| 千粒重/g | 26.9±0.3 | 24.5±0.3 | 25.9±0.0 | 22.2±0.7 | 
| 全生育期/d | 140.2±5.4 | 140.6±4.5 | 141.6±7.2 | 135.9±0.5 | 
| 米质等级 | 2 | 1 | 3 | 2 | 
| 产量与对照相比增减产/% | 6.0±1.4 | 7.1±0.3 | 7.5±0.2 | 1.5±3.3 | 
| 基因名称 | 基因号 | 农艺性状 | 突变型与野生型相比的表型变化 | 7-163S类型 | 7-163S表型 | 
|---|---|---|---|---|---|
| NOG1 | LOC_Os01g54860 | 产量组成相关 | 每穗粒数增加 | 突变型 | 每穗粒数增加 | 
| LAX1 | LOC_Os01g61480 | 产量组成相关 | 抗旱性提高、产量提高 | 突变型 | 抗旱性提高、产量提高 | 
| DPL1 | LOC_Os01g15448 | 产量组成相关 | 杂交不育 | 野生型 | 杂交可育 | 
| tms5 | LOC_Os02g12290 | 产量组成相关 | 温敏不育 | 突变型 | 温敏不育 | 
| GW2 | LOC_Os02g14720 | 产量组成相关 | 籽粒变大,柱头不外露 | 野生型 | 籽粒变小 | 
| OsGRF4 | LOC_Os02g47280 | 产量组成相关 | 氮肥吸收效率提高 | 野生型 | 氮肥吸收效率一般 | 
| GNP1 | LOC_Os03g63970 | 产量组成相关 | 每穗粒数增加,株高增高 | 突变型 | 每穗粒数增加,株高增高 | 
| NAL1 | LOC_Os04g52479 | 产量组成相关 | 增加叶宽、提高产量 | 突变型 | 增加叶宽、提高产量 | 
| GW5 | LOC_Os05g09520 | 产量组成相关 | 粒宽减小 | 野生型 | 粒宽增加 | 
| S5 | LOC_Os06g11010 | 产量组成相关 | 广亲和 | 野生型 | 籼粳杂交不亲和 | 
| GW8 | LOC_Os08g41940 | 产量组成相关 | 粒宽增加,粒长减少 | 突变型 | 粒宽增加,粒长减少 | 
| Rf4 | LOC_Os10g35240 | 产量组成相关 | 恢复野败型不育系育性 | 突变型 | 恢复野败型不育系育性 | 
| LOX-3 | LOC_Os03g49260 | 产量组成相关 | 稻米储藏不产生腐败味 | 野生型 | 稻米储藏产生腐败味 | 
| SKC1 | LOC_Os01g20160 | 非生物胁迫 | 耐盐性提高 | 野生型 | 耐盐性降低 | 
| CYP72A31 | LOC_Os01g41800 | 非生物胁迫 | 除草剂耐受性增强 | 野生型 | 除草剂耐受性低 | 
| NRAT1 | LOC_Os02g03900 | 非生物胁迫 | 铝胁迫敏感 | 野生型 | 耐铝胁迫 | 
| OsHMA4 | LOC_Os02g10290 | 非生物胁迫 | 铜含量降低 | 野生型 | 铜含量高 | 
| CAL1 | LOC_Os02g41904 | 非生物胁迫 | 减少镉积累 | 野生型 | 镉积累 | 
| qLTG3-1 | LOC_Os03g01320 | 非生物胁迫 | 耐低温萌发能力提高 | 突变型 | 耐低温萌发能力提高 | 
| OsCd1 | LOC_Os03g02380 | 非生物胁迫 | 镉富集增多 | 突变型 | 镉富集增多 | 
| OsJAZ1 | LOC_Os04g55920 | 非生物胁迫 | 降低根长、根重 | 野生型 | 提高根长、根重 | 
| OsHKT2;1 | LOC_Os06g48810 | 非生物胁迫 | 钾利用效率降低 | 野生型 | 钾利用效率提高 | 
| OsHMA3 | LOC_Os07g12900 | 非生物胁迫 | 富集镉 | 野生型 | 不富集镉 | 
| OsNRAMP5 | LOC_Os07g15370 | 非生物胁迫 | 富集镉 | 突变型 | 富集镉 | 
| OsSAP16 | LOC_Os07g38240 | 非生物胁迫 | 低温萌发能力降低 | 野生型 | 低温萌发能力提高 | 
| OsTPP7 | LOC_Os09g20390 | 非生物胁迫 | 厌氧萌发耐受性增加 | 突变型 | 厌氧萌发耐受性增加 | 
| HAN1 | LOC_Os11g29290 | 非生物胁迫 | 耐冷性消失 | 野生型 | 耐冷性强 | 
| qLTG3-1 | LOC_Os03g01320 | 非生物胁迫 | 耐低温萌发能力提高 | 突变型 | 耐低温萌发能力提高 | 
| GH3-2 | LOC_Os01g55940 | 生物胁迫 | 白叶枯病性性增强 | 野生型 | 白叶枯病性性一般 | 
| Xa5 | LOC_Os05g01710 | 生物胁迫 | 白叶枯病抗性提高 | 野生型 | 白叶枯病抗性一般 | 
| Xa23 | LOC_Os11g37620 | 生物胁迫 | 白叶枯病抗性增强 | 野生型 | 白叶枯病抗性一般 | 
| Pib | LOC_Os02g57310 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Bph3 | LOC_Os04g12580/ LOC_Os04g12540 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性提高 | 野生型 | 褐飞虱抗性降低 | 
| BPH29 | LOC_Os06g01860 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性增强 | 突变型 | 褐飞虱抗性增强 | 
| Bph9 | LOC_Os12g37290 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性提高 | 野生型 | 褐飞虱抗性一般 | 
| STV11 | LOC_Os11g30910 | 生物胁迫 | 条纹病毒抗性增强 | 突变型 | 条纹病毒抗性增强 | 
| Pi9 | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病广谱抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病广谱抗性一般 | 
| Pid3 | LOC_Os06g22460 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| Pigm | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| OsCERK1 | LOC_Os08g42580 | 生物胁迫 | 磷吸收效率提高、稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 磷吸收效率提高、稻瘟病抗性增强 | 
| Pi5-1 | LOC_Os09g15840 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi56 | LOC_Os09g16000 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi54 | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pib | LOC_Os02g57310 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi21 | LOC_Os04g32850 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi2 | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病广谱抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病广谱抗性一般 | 
| RGA5 | LOC_Os11g11810 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| Pi54 | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pik | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| OsbHLH153 | LOC_Os03g07540 | 植株形态 | 剑叶角变大 | 野生型 | 剑叶角小 | 
| TAC3 | LOC_Os10g32540 | 植株形态 | 分蘖角增大 | 野生型 | 分蘖角小 | 
| SBI | LOC_Os05g35400 | 植株形态 | 株高增加 | 野生型 | 株高降低 | 
| APO1 | LOC_Os06g45460 | 植株形态 | 抗倒伏、增加每穗粒数 | 突变型 | 抗倒伏、增加每穗粒数 | 
| OsAAP6 | LOC_Os01g65670 | 口感品质 | 增加蛋白质含量 | 突变型 | 增加蛋白质含量 | 
| chalk5 | LOC_Os05g06480 | 口感品质 | 垩白率降低 | 突变型 | 垩白率降低 | 
| fgr | LOC_Os08g32870 | 口感品质 | 米粒有香味 | 野生型 | 米粒无香味 | 
| OsNPF6.1 | LOC_Os01g01360 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 野生型 | 氮肥利用效率低 | 
| SLB1 | LOC_Os01g50530/ LOC_Os01g50520 | 其他 | 分蘖增多 | 突变型 | 分蘖增多 | 
| OsNR2 | LOC_Os02g53130 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 突变型 | 氮肥利用效率提高 | 
| NRT1.1B | LOC_Os10g40600 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 突变型 | 氮肥利用效率提高 | 
| TOND1 | LOC_Os12g43440 | 其他 | 耐低氮胁迫 | 突变型 | 耐低氮胁迫 | 
| BOC1 | LOC_Os03g12820 | 其他 | 愈伤组织容易褐化 | 突变型 | 愈伤组织容易褐化 | 
| qSE3 | LOC_Os03g37930 | 其他 | 耐盐性提高 | 野生型 | 耐盐性一般 | 
| 基因名称 | 基因号 | 农艺性状 | 突变型与野生型相比的表型变化 | 7-163S类型 | 7-163S表型 | 
|---|---|---|---|---|---|
| NOG1 | LOC_Os01g54860 | 产量组成相关 | 每穗粒数增加 | 突变型 | 每穗粒数增加 | 
| LAX1 | LOC_Os01g61480 | 产量组成相关 | 抗旱性提高、产量提高 | 突变型 | 抗旱性提高、产量提高 | 
| DPL1 | LOC_Os01g15448 | 产量组成相关 | 杂交不育 | 野生型 | 杂交可育 | 
| tms5 | LOC_Os02g12290 | 产量组成相关 | 温敏不育 | 突变型 | 温敏不育 | 
| GW2 | LOC_Os02g14720 | 产量组成相关 | 籽粒变大,柱头不外露 | 野生型 | 籽粒变小 | 
| OsGRF4 | LOC_Os02g47280 | 产量组成相关 | 氮肥吸收效率提高 | 野生型 | 氮肥吸收效率一般 | 
| GNP1 | LOC_Os03g63970 | 产量组成相关 | 每穗粒数增加,株高增高 | 突变型 | 每穗粒数增加,株高增高 | 
| NAL1 | LOC_Os04g52479 | 产量组成相关 | 增加叶宽、提高产量 | 突变型 | 增加叶宽、提高产量 | 
| GW5 | LOC_Os05g09520 | 产量组成相关 | 粒宽减小 | 野生型 | 粒宽增加 | 
| S5 | LOC_Os06g11010 | 产量组成相关 | 广亲和 | 野生型 | 籼粳杂交不亲和 | 
| GW8 | LOC_Os08g41940 | 产量组成相关 | 粒宽增加,粒长减少 | 突变型 | 粒宽增加,粒长减少 | 
| Rf4 | LOC_Os10g35240 | 产量组成相关 | 恢复野败型不育系育性 | 突变型 | 恢复野败型不育系育性 | 
| LOX-3 | LOC_Os03g49260 | 产量组成相关 | 稻米储藏不产生腐败味 | 野生型 | 稻米储藏产生腐败味 | 
| SKC1 | LOC_Os01g20160 | 非生物胁迫 | 耐盐性提高 | 野生型 | 耐盐性降低 | 
| CYP72A31 | LOC_Os01g41800 | 非生物胁迫 | 除草剂耐受性增强 | 野生型 | 除草剂耐受性低 | 
| NRAT1 | LOC_Os02g03900 | 非生物胁迫 | 铝胁迫敏感 | 野生型 | 耐铝胁迫 | 
| OsHMA4 | LOC_Os02g10290 | 非生物胁迫 | 铜含量降低 | 野生型 | 铜含量高 | 
| CAL1 | LOC_Os02g41904 | 非生物胁迫 | 减少镉积累 | 野生型 | 镉积累 | 
| qLTG3-1 | LOC_Os03g01320 | 非生物胁迫 | 耐低温萌发能力提高 | 突变型 | 耐低温萌发能力提高 | 
| OsCd1 | LOC_Os03g02380 | 非生物胁迫 | 镉富集增多 | 突变型 | 镉富集增多 | 
| OsJAZ1 | LOC_Os04g55920 | 非生物胁迫 | 降低根长、根重 | 野生型 | 提高根长、根重 | 
| OsHKT2;1 | LOC_Os06g48810 | 非生物胁迫 | 钾利用效率降低 | 野生型 | 钾利用效率提高 | 
| OsHMA3 | LOC_Os07g12900 | 非生物胁迫 | 富集镉 | 野生型 | 不富集镉 | 
| OsNRAMP5 | LOC_Os07g15370 | 非生物胁迫 | 富集镉 | 突变型 | 富集镉 | 
| OsSAP16 | LOC_Os07g38240 | 非生物胁迫 | 低温萌发能力降低 | 野生型 | 低温萌发能力提高 | 
| OsTPP7 | LOC_Os09g20390 | 非生物胁迫 | 厌氧萌发耐受性增加 | 突变型 | 厌氧萌发耐受性增加 | 
| HAN1 | LOC_Os11g29290 | 非生物胁迫 | 耐冷性消失 | 野生型 | 耐冷性强 | 
| qLTG3-1 | LOC_Os03g01320 | 非生物胁迫 | 耐低温萌发能力提高 | 突变型 | 耐低温萌发能力提高 | 
| GH3-2 | LOC_Os01g55940 | 生物胁迫 | 白叶枯病性性增强 | 野生型 | 白叶枯病性性一般 | 
| Xa5 | LOC_Os05g01710 | 生物胁迫 | 白叶枯病抗性提高 | 野生型 | 白叶枯病抗性一般 | 
| Xa23 | LOC_Os11g37620 | 生物胁迫 | 白叶枯病抗性增强 | 野生型 | 白叶枯病抗性一般 | 
| Pib | LOC_Os02g57310 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Bph3 | LOC_Os04g12580/ LOC_Os04g12540 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性提高 | 野生型 | 褐飞虱抗性降低 | 
| BPH29 | LOC_Os06g01860 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性增强 | 突变型 | 褐飞虱抗性增强 | 
| Bph9 | LOC_Os12g37290 | 生物胁迫 | 褐飞虱抗性提高 | 野生型 | 褐飞虱抗性一般 | 
| STV11 | LOC_Os11g30910 | 生物胁迫 | 条纹病毒抗性增强 | 突变型 | 条纹病毒抗性增强 | 
| Pi9 | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病广谱抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病广谱抗性一般 | 
| Pid3 | LOC_Os06g22460 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| Pigm | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| OsCERK1 | LOC_Os08g42580 | 生物胁迫 | 磷吸收效率提高、稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 磷吸收效率提高、稻瘟病抗性增强 | 
| Pi5-1 | LOC_Os09g15840 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi56 | LOC_Os09g16000 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi54 | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pib | LOC_Os02g57310 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi21 | LOC_Os04g32850 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性提高 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pi2 | LOC_Os06g17900 | 生物胁迫 | 稻瘟病广谱抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病广谱抗性一般 | 
| RGA5 | LOC_Os11g11810 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| Pi54 | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 野生型 | 稻瘟病抗性一般 | 
| Pik | LOC_Os11g42010 | 生物胁迫 | 稻瘟病抗性增强 | 突变型 | 稻瘟病抗性增强 | 
| OsbHLH153 | LOC_Os03g07540 | 植株形态 | 剑叶角变大 | 野生型 | 剑叶角小 | 
| TAC3 | LOC_Os10g32540 | 植株形态 | 分蘖角增大 | 野生型 | 分蘖角小 | 
| SBI | LOC_Os05g35400 | 植株形态 | 株高增加 | 野生型 | 株高降低 | 
| APO1 | LOC_Os06g45460 | 植株形态 | 抗倒伏、增加每穗粒数 | 突变型 | 抗倒伏、增加每穗粒数 | 
| OsAAP6 | LOC_Os01g65670 | 口感品质 | 增加蛋白质含量 | 突变型 | 增加蛋白质含量 | 
| chalk5 | LOC_Os05g06480 | 口感品质 | 垩白率降低 | 突变型 | 垩白率降低 | 
| fgr | LOC_Os08g32870 | 口感品质 | 米粒有香味 | 野生型 | 米粒无香味 | 
| OsNPF6.1 | LOC_Os01g01360 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 野生型 | 氮肥利用效率低 | 
| SLB1 | LOC_Os01g50530/ LOC_Os01g50520 | 其他 | 分蘖增多 | 突变型 | 分蘖增多 | 
| OsNR2 | LOC_Os02g53130 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 突变型 | 氮肥利用效率提高 | 
| NRT1.1B | LOC_Os10g40600 | 其他 | 氮肥利用效率提高 | 突变型 | 氮肥利用效率提高 | 
| TOND1 | LOC_Os12g43440 | 其他 | 耐低氮胁迫 | 突变型 | 耐低氮胁迫 | 
| BOC1 | LOC_Os03g12820 | 其他 | 愈伤组织容易褐化 | 突变型 | 愈伤组织容易褐化 | 
| qSE3 | LOC_Os03g37930 | 其他 | 耐盐性提高 | 野生型 | 耐盐性一般 | 
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