水稻立枯病菌的鉴定及其系统进化分析

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2024-0296

中国农学通报 ›› 2024, Vol. 40 ›› Issue (36): 140-146.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2024-0296

水稻立枯病菌的鉴定及其系统进化分析

康美花¹^,²(), 段灵涛¹^,², 阴长发¹^,², 曲润波³, 肖苏军⁴, 王希⁵, 张露⁶, 况虹敏⁷, 孙强³, 陈洪凡¹^,², 杨迎青¹^,², 邵见阳¹^,², 涂雪琴¹^,², 兰波¹^,²()

¹ 江西省农业科学院植物保护研究所，南昌 330200
² 农业面源污染防控与废弃物综合利用江西省重点实验室，南昌 330200
³ 黄岛海关综合技术服务中心，山东青岛 266555
⁴ 万安县枧头镇人民政府，江西万安 343800
⁵ 江西省农业农村产业发展服务中心，南昌 330006
⁶ 丰城市现代农业技术服务中心，江西宜春 331100
⁷ 上高县农业农村局，江西宜春 336400

收稿日期:2024-05-07 修回日期:2024-08-28 出版日期:2024-12-25 发布日期:2024-12-23
通讯作者:
兰波，男，1981年出生，江西分宜人，研究员，博士，研究方向：植物病原真菌学。通信地址：330200 南昌市青云谱区南莲路602号江西省农业科学院植物保护研究所，Tel：0791-87090752，E-mail：lanbo611@163.com。
作者简介:
康美花，女，1984年出生，江西安福人，副研究员，研究方向：作物育种，植物保护。通信地址：330200 南昌市青云谱区南莲路602号江西省农业科学院植物保护研究所，E-mail：meihuakang@163.com。
基金资助:
江西省农业科学院基础研究与人才培养专项“芦笋茎枯病菌侵染过程中编码miRNA介导的基因调控机制”(JXSNKYJCRC202204); 国家自然科学基金项目“稻曲病菌低毒真菌病毒的多样性及其与寄主真菌互作的研究”(32360648); 江西省重点实验室项目“农业面源污染防控与废弃物综合利用江西省重点实验室”(2024SSY04211); 江西省自然科学基金计划重点项目“芦笋茎枯病菌聚酮合酶基因pks-pa的功能与表达”(20202ACBL205006); 江西省主要学科带头人领军人才计划项目“芦笋茎枯病菌内切多聚半乳糖醛酸酶基因Asb-pgapa的克隆、表达及功能鉴定”(20213BCJL22046); 江西省产业技术体系项目“花生芝麻病虫害防治技术研发与应用”(JXARS-18)

Identification and Phylogenetic Analysis of Pathogen of Rice Seedling Blight

KANG Meihua¹^,²(), DUAN Lingtao¹^,², YIN Changfa¹^,², QU Runbo³, XIAO Sujun⁴, WANG Xi⁵, ZHANG Lu⁶, KUANG Hongmin⁷, SUN Qiang³, CHEN Hongfan¹^,², YANG Yingqing¹^,², SHAO Jianyang¹^,², TU Xueqin¹^,², LAN Bo¹^,²()

¹ Institute of Plant Protection, Jiangxi Academy of Agricultural Sciences, Nanchang 330200
² Jiangxi Provincial Key Laboratory of Agricultural Non-point Source Pollution Control and Waste Comprehensive Utilization, Nanchang 330200
³ Huangdao Customs Comprehensive Technical Service Center, Qingdao, Shandong 266555
⁴ The Government of Jiantou Town, Wan’an County, Wan’an, Jiangxi 343800
⁵ Agricultural and Rural Industrial Development Service Center of Jiangxi Province, Nanchang 330006
⁶ Modern Agricultural Technology Service Center of Fengcheng, Yichun, Jiangxi 331100
⁷ Shanggao Bureau of Agriculture and Rural Areas, Yichun, Jiangxi 336400

Received:2024-05-07 Revised:2024-08-28 Published:2024-12-25 Online:2024-12-23

摘要/Abstract

摘要：

为准确鉴定水稻立枯病的致病菌，并确定其在植物病原真菌中的分类地位，通过显微观察和基于DNA内转录间区(rDNA ITS)保守序列的分析，鉴定了分离到的水稻立枯病菌，明确了其序列与同属近缘菌的差异和在植物病原真菌中的分类地位。将分离培养的水稻立枯病菌鉴定为禾谷镰刀菌Fusarium graminearum。水稻立枯病菌F. graminearum与同属近缘种拟枝孢镰刀菌F. sporotrichioides的rDNA ITS保守区序列在92、129、150、390、394~397、399、401、403、405、408和418~419等位置存在差异。系统发育结果表明：水稻立枯病菌菌株JXNC-1与GenBank数据库中的禾谷镰刀菌F.graminearum各菌株聚为独立一支，与拟枝孢镰刀菌F.sporotrichioides亲缘关系较近。6属真菌划分为2个大的组群，Group I(G I)又细化成2个亚群。

关键词: 水稻立枯病, 禾谷镰刀菌, rDNA ITS序列, 鉴定, 序列比对, 系统发育分析

Abstract:

To accurately identify pathogen of rice seedling blight and make its taxonomic status clear, the identification was carried out using morphology examination and net BLAST based on rDNA ITS sequences, the differences on rDNA ITS sequences of the rice seedling blight fungus and its related fungi from the same genus were compared, and the phylogenetic analysis was carried out. The result revealed that the pathogen of rice seedling blight was Fusarium graminearum. The differences of bases were at the sites of 92, 129, 150, 390, 394-397, 399, 401, 403, 405, 408 and 418-419 regions of rDNA ITS sequences on the pathogen of rice seedling blight and F. sporotrichioides, which was its nearer fungi from the same genus. The results of phylogenetic analysis revealed that rice seedling blight fungus clustered with F. graminearumand, and kept a nearer phylogenetic relationship with F. sporotrichioides. Fungi from the 6 genera clustered as 2 groups, and Fusarium had the nearest phylogenetic relationship with Trichoderma.

Key words: rice seedling blight, Fusarium graminearum, rDNA ITS sequences, identification, sequence alignment, phylogenetic analysis

康美花, 段灵涛, 阴长发, 曲润波, 肖苏军, 王希, 张露, 况虹敏, 孙强, 陈洪凡, 杨迎青, 邵见阳, 涂雪琴, 兰波. 水稻立枯病菌的鉴定及其系统进化分析[J]. 中国农学通报, 2024, 40(36): 140-146.

KANG Meihua, DUAN Lingtao, YIN Changfa, QU Runbo, XIAO Sujun, WANG Xi, ZHANG Lu, KUANG Hongmin, SUN Qiang, CHEN Hongfan, YANG Yingqing, SHAO Jianyang, TU Xueqin, LAN Bo. Identification and Phylogenetic Analysis of Pathogen of Rice Seedling Blight[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2024, 40(36): 140-146.

图/表 6

图1. 水稻立枯病菌菌落形态 A：正面；B：反面

图2. 稻立枯病菌JXNC-1分生孢子

图3. 稻立枯病菌株ITS1/4引物的PCR扩增 M：DL2000 DNA marker；1-2：水稻立枯病菌菌株JXNC-1, 2 F.graminearum isolate JXNC-1~2；3：超纯水 ddH2O

图4. 稻立枯病菌菌株及其同属近缘种序列比对 OR958631.1：水稻立枯病菌菌株JXNC-1rice seedling blight fungus isolate JXNC-1；KP264668.1：禾谷镰刀菌菌株F.graminearum isolate；KY081692.1：拟枝孢镰刀菌菌株F.sporotrichioides isolate

图5. 水稻立枯病菌及其同属近缘菌rDNA ITS序列系统发育树 F. graminearum JXNC-1：水稻立枯病菌菌株JXNC-1 F.graminearum isolate JXNC-1。其他镰刀菌序列来自NCBI网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)数据库。Other Fusarium sequences were from database of NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov)

图6. 水稻立枯病菌及其他近缘属真菌rDNA ITS序列系统发育树 F. graminearum JXNC-1：水稻立枯病菌菌株JXNC-1 F.graminearum isolate JXNC-1。其他近缘真菌序列来自NCBI网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov)数据库。Other fungal sequences were from database of NCBI net (https://www.ncbi.nlm.nih.gov).

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