美丽硬仆骨舌鱼全基因组微卫星分布规律特征

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb18030101

中国农学通报 ›› 2019, Vol. 35 ›› Issue (23): 152-158.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb18030101

所属专题：生物技术；水产渔业

美丽硬仆骨舌鱼全基因组微卫星分布规律特征

段永楠¹, 刘奕², 胡隐昌², 刘超², 宋红梅², 汪学杰², 孙金辉³, 牟希东⁴

1.天津农学院;2.广州市中国科学研究院珠江水产研究所;3.天津农学院水产学院;4.农业农村部休闲渔业重点实验室,广东省现代休闲渔业工程技术研究中心, 中国水产科学研究院珠江水产研究所

收稿日期:2018-03-20 修回日期:2019-07-22 接受日期:2018-06-22 出版日期:2019-08-13 发布日期:2019-08-13
通讯作者: 牟希东
基金资助:
“一带一路”沿线国家热带农业科技创新合作项目“热带国家水产养殖科技创新合作”(2130114)；广东省渔港建设和渔业产业发展专项“美丽硬仆骨舌鱼繁殖技术体系构建与示范”(A201701A07)；国家水产种质资源共享服务平台“珠江水系种质资源标准化整理、整合与共享” (2018DKA30470)。

Distribution Regularity of Microsatellites in Scleropages formosus Genome

Received:2018-03-20 Revised:2019-07-22 Accepted:2018-06-22 Online:2019-08-13 Published:2019-08-13

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在了解美丽硬仆骨舌鱼(Scleropages formosus)基因组微卫星分布规律。采用生物信息学方法对国际濒危物种美丽硬仆骨舌鱼全基因组范围内的微卫星数量及分布规律进行了分析。结果显示，1~6个微卫星重复类型的微卫星序列354239个，总长度为6139487 bp。微卫星单碱基、二碱基、三碱基、四碱基和五碱基重复单元中数量最多的分别为A、AC、AAT、ATCC、AAAAT。25条染色体中，6号染色体所含微卫星数目最多（28662个），22号染色体所含微卫星数目最少（6929个），微卫星数量与其所在染色体DNA序列长度呈线性相关(r=0.999)。22号染色体微卫星出现频率最高（576.35个/Mb），3号染色体微卫星出现的频率最低（469.65个/Mb），结果显示，微卫星频率与其所在染色体DNA序列长度并不相关。为进一步通过微卫星分子标记开展美丽硬仆骨舌鱼亲缘关系鉴定、遗传多样性分析、微卫星标记在硬仆骨舌鱼科的通用性分析奠定了基础。

关键词: 密度, 密度, 高粱, 乙烯利, 矮壮素

Abstract: This study focused on the distribution of microsatellite in the genome of golden arowana (Scleropages formosus). The quantity and distribution of whole-genome microsatellites of the international endangered species, golden arowana, were analysed based on bioinformatics methods. The results showed that there were 354,239 micrositellite sequences with 1-6 microsatellite repetitions, and the overall length was 6139487 bp. The preponderance of mononucleotide , dinucleotide, trinucleotide, tetranucleotide and pentanucleotide were A, AC, AAT, ATCC and AAAAT respectively. Among the 25 chromosomes, chromosome 6 contained the largest number of microsatellites (28662), and the chromosome 22 had the least (6929). Linear correlation (r=0.999) was observed between the number of microsatellites and the length of DNA sequences they located in. However, chromosome 22 had the highest frequency of microsatellite occurrence（576.35/Mb） and chromosome 3 had the lowest（469.65/Mb）. The result showed that the frequency of microsatellite was not related to the length of the chromosome DNA sequence in which it was located. The research provides help for the further study on genetic relationship and genetic diversity analysis in golden arowana, and the transferbility of the microsatellite markers.

段永楠,刘奕,胡隐昌,刘超,宋红梅,汪学杰,孙金辉,牟希东. 美丽硬仆骨舌鱼全基因组微卫星分布规律特征[J]. 中国农学通报, 2019, 35(23): 152-158.

段永楠,,,,,, and 牟希东. Distribution Regularity of Microsatellites in Scleropages formosus Genome[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2019, 35(23): 152-158.

参考文献

[1]Krishnan J, Athar F, Rani TS, et al. Simple sequence repeats showing ''length pReference'' have regulatory functions in humans[J]. Gene,2017,628(10): 156-161.
[2]孙成飞, 叶星, 董浚键, 等. 罗氏沼虾6个养殖群体遗传多样性的微卫星分析[J].南方水产科学, 2015, 11(2): 20-26.
[3]刘连为, 陈新军, 许强华, 等. 北太平洋柔鱼微卫星标记的筛选及遗传多样性[J].生态学报, 2014, 34(23): 6847-6854.
[4]郭香, 李琪, 孔令锋, 等. 基于微卫星标记整合长牡蛎遗传图谱[J].水产学报, 2013, 37(6): 823-829.
[5]田赕, 孔杰, 王伟继. 中国对虾遗传连锁图谱的构建[J].科学通报, 2008, 1(5): 544-555.
[6]武耀, 贾智英, 李池陶, 等. 筛选杂交鲤亲子鉴定的微卫星标记[J].农业生物技术学报, 2012, 20(5): 549-559.
[7]苗贵东, 杜民, 杨景峰, 等. 大菱鲆亲子鉴定的微卫星多重PCR技术建立及应用[J]. 中国海洋大学学报(自然科学版), 2011, 41(21): 97-106.
[8]Bian C, Hu Y, Ravi V, et al. The Asian arowana (Scleropages formosus) genome provides new insights into the evolution of an early lineage of teleosts[J]. Scientific Reports, 2016, 6(24501): 1-17
[9]田媛, 牟希东, 汪学杰, 等. 美丽硬仆骨舌鱼核型分析[J].动物学杂志, 2013, 48(4): 569-573.
[10] Yue G H, Li Y, Lim L C, et al. Monitoring the genetic diversity of three Asian arowana (Scleropages formosus) captive stocks using AFLP and microsatellite[J]. Aquaculture, 2004, 237(1): 89-102.
[11]Mohd-Shamsudin M I, Fard M Z, Mather P B, et al. Molecular characterization of relatedness among colour variants of Asian Arowana (Scleropages formosus)[J]. Gene, 2011, 490(1): 47-53.
[12] Mu X D, Hu Y C, Wang X J, et al. Genetic variability in cultured stocks of Scleropages formosus in mainland China revealed by microsatellite markers[J]. Journal of Animal and Veterinary Advances, 2011, 10(5): 555-561.
[13]戚文华, 蒋雪梅, 肖国生, 等. 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(11): 1724-1733.
[14]Du L, Li Y, Zhang X, et al. MSDB: a user-friendly program for reporting distribution and building databases of microsatellites from genome sequences[J]. Journal of Heredity, 2013, 104(1): 151-157.
[15]高焕, 刘萍, 孟宪红, 等. 中国对虾(Fenneropenaeus chinensis)基因组微卫星特征分析[J]. 海洋与湖沼, 2004, 35(5): 424-431.
[16]Lim S, Notley-Mcrobb L, Lim M, et al. A comparison of the nature and abundance of microsatellites in 14 fungal genomes[J]. Fungal Genetics Biology, 2004, 41(11): 1025-1036.
[17]王月月, 刘雪雪, 董坤哲, 等. 7种家养动物全基因组微卫星分布的差异研究[J]. 中国畜牧兽医, 2015, 42(9): 2418-2426.
[18]栾生, 孔杰, 王清印, 等. 日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)基因组微卫星特征分析[J]. 自然科学进展, 2007, 17(6): 731-740.
[19]王晨, 杜联明, 李鹏, 等. 德国小蠊全基因组中微卫星分布规律[J]. 昆虫学报, 2015, 58(10): 1037-1045.
[20]黄杰, 杜联明, 李玉芝, 等. 红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究[J]. 四川动物, 2012, 31(3): 358-363.
[21]Wierdl M, Dominska M, Petes T D. Microsatellite instability in Yeast: dependence on the length of the microsatellite[J]. Genetics, 1997, 146(3): 769-779.
[22]涂飞云, 刘晓华, 杜联明, 等. 大鼠全基因组微卫星分布特征研究[J]. 江西农业大学学报, 2015, 37(4): 708-711.
[23]Hancock J M. Simple sequences and the expanding genome[J].Bioessays, 1996, 18(5): 421-425.

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Distribution Regularity of Microsatellites in Scleropages formosus Genome

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[3]	罗巍, 周伟, 王振国, 李岩, 宇闻昊, 杨志强, 余忠浩, 李资文, 周亚星. 24份甜高粱主要农艺性状与生物产量综合分析[J]. 中国农学通报, 2022, 38(30): 21-28.
[4]	邵荣峰, 张伟, 张阳, 王官, 常玉卉, 白文斌, 赵威军. 秋水仙素诱导甜高粱‘FH59’种子变异效应研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(27): 1-5.
[5]	毛思帅, 李仁崑, 周继华, 王俊英. 种植密度对北方设施叶用甘薯茎尖、产量和效益的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(27): 13-18.
[6]	丁明亮, 刘佳, 李绍祥, 杨忠慧, 白应文, 张艳军, 李宏生, 熊世安, 杨木军, 刘琨. 小麦新品种‘云麦110’产量和品质性状对不同种植密度的响应[J]. 中国农学通报, 2022, 38(24): 1-7.
[7]	程鸿雁, 张兰英, 王凤, 杜振宇. 山东省赤松人工林土壤理化特性与综合肥力[J]. 中国农学通报, 2022, 38(23): 70-76.
[8]	李可可, 董永彬, 汪丽爽, 王寒, 李亚永, 张龙, 李玉玲. 宜机收玉米新品种‘豫单132’适宜种植密度的筛选[J]. 中国农学通报, 2022, 38(23): 1-5.
[9]	金彦刚, 丁锦峰, 袁权, 夏中华, 殷静, 杨永乐, 刘海浪, 任仰涛, 陈伟, 李珍富, 赵其兵, 卫万娟, 郑雅月. 播期和密度对江苏淮北强筋小麦籽粒产量和品质的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(18): 1-7.
[10]	程建梅, 赵树政, 杨美丽, 苏玉杰, 王帮太, 鹿红卫, 秦贵文. 种植密度对玉米品种植株及籽粒相关性状的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(18): 20-27.
[11]	李云霞, 李磊, 李思军, 郑维威, 曾蓓. 栽培措施对烤烟新品系‘HN2146’农艺性状及产量的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(16): 13-17.
[12]	李宁. 辽宁省乔木林的碳储量和碳密度研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(16): 27-31.
[13]	杨文静, 王占军, 甘晓燕, 何建龙, 张丽. 欧李高效再生体系的建立[J]. 中国农学通报, 2022, 38(13): 60-65.
[14]	黄源, 林君, 税静, 贺利业, 古晓红, 贾敏, 刘雪梅, 周艳, 刘洋, 王小勤, 张志东. 性信息素技术在高粱鳞翅目害虫发生动态监测中的应用[J]. 中国农学通报, 2022, 38(13): 135-140.
[15]	王荣江, 陈英丽, 吕才波, 毕建杰, 刘建栋. 玉米双行交错稀植种植方式的增产机理研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(12): 13-19.