毛细管与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测甜菜SSR位点的比较研究

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0412

摘要/Abstract

摘要：

为了探究毛细管与聚丙烯酰胺电泳方法的适用情况，比较其优缺点。本研究以8个甜菜栽培种资源为材料，选择8个SSR位点，分别使用聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测和毛细管电泳荧光检测每个位点的多态性，并对这两种方法的检测结果进行了比较。毛细管电泳荧光标记法可以准确的知道DNA片段的分子大小；PAGE电泳只能用肉眼与Marker比较估测得出大致分子量，不能得出准确分子量。8对引物两种检测方法的匹配比率分别是75%、87.5%、50%、75%、25%、100%、37.5%、50%。研究结果证明，两种检测平台数据整合存在较大差异。检测结果与引物是否是单拷贝、引物多态性，稳定性等因素有直接关系。测序检验结果表明，样品较少时利用PAGE电泳的方法来检测SSR位点的多态性，既能节省成本又能节省时间，还能保证检测结果的准确性。

关键词: 甜菜, 简单序列重复, 聚丙烯酰胺凝胶电泳, 毛细管电泳, DNA片段

Abstract:

In order to explore the applicability of capillary electrophoresis and polyacrylamide electrophoresis and compare their advantages and disadvantages, 8 sugar beet cultivation resources were used as materials, 8 SSR loci were selected. The polymorphism of each locus was detected by polyacrylamide gel electrophoresis silver staining and capillary electrophoresis. And then the results of the two methods were compared. Capillary electrophoresis fluorescence labeling method could accurately obtain the molecular size of DNA fragments. PAGE electrophoresis could only estimate the approximate molecular weight with the naked eye compared with Marker, but could not obtain the accurate molecular weight. The matching ratios of the two detection methods with the 8 pairs of primers were 75%, 87.5%, 50%, 75%, 25%, 100%, 37.5% and 50%, respectively. According to the results, there were great differences in data integration between the two detection platforms. The detection results were directly related to the factors like whether the primers were single copy, primer polymorphism and stability. The sequencing test results showed that when there were fewer samples, using PAGE electrophoresis to detect the polymorphism of SSR loci could not only save cost and time, but also ensure the accuracy of the test results.

Key words: sugar beet, SSR, polyacrylamide gel electrophoresis, capillary electrophoresis, DNA fragments

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图/表 6

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序号	代号	品种名称	来源	序号	代号	品种名称	来源
1	红甜菜5	红饲料甜菜	国家种质资源库	5	糖甜菜1	BETA176	北京金色谷雨
2	红甜菜6	Regina红	国家种质资源库	6	糖甜菜6	BTS8840	北京金色谷雨
3	红甜菜10	96001/2红	国家种质资源库	7	糖甜菜17	HI0936	吉林瑞华
4	红甜菜20	Ruby queen	国家种质资源库	8	糖甜菜25	VF3019	金扬浦

序号	代号	品种名称	来源	序号	代号	品种名称	来源
1	红甜菜5	红饲料甜菜	国家种质资源库	5	糖甜菜1	BETA176	北京金色谷雨
2	红甜菜6	Regina红	国家种质资源库	6	糖甜菜6	BTS8840	北京金色谷雨
3	红甜菜10	96001/2红	国家种质资源库	7	糖甜菜17	HI0936	吉林瑞华
4	红甜菜20	Ruby queen	国家种质资源库	8	糖甜菜25	VF3019	金扬浦

引物名称	引物序列
BvCA2	F：CCTTGCTAGTTGCTGCTGTG R：GCATATGTACAAGAGAGCCGTTT
Bvv23	F：TCAACCCAGGACTATCACG R：GTTTACTGACAAAGCAAATGACCTACTA
Bvv45	F：GTATAGCAAAAGTCATTTTGTTTGTGT R：GTTTCTCGGCCTTCCCTTTCTAATGTCTAG
GTT1	F：CAAAAGCTCCCTAGGCTT R：ACTAGCTCGCAGAGTAATCG
SB06	F：AAATTTTCGCCACCACTGTC R：ACCAAAGATCGAGCGAAGAA
SB13	F：ACAGCAAGATCAGAGCCGTT R：TGGACCCACCATTTACATCA
SB15	F：CACCCAGCCTATCTCTCGAC R：GTGGTGGGCAGTTTTAGGAA
SSD6	F：GTTCGTTCTCCTGTGGCG R：GTTGAGGCCATTGAAGAGGA

引物名称	引物序列
BvCA2	F：CCTTGCTAGTTGCTGCTGTG R：GCATATGTACAAGAGAGCCGTTT
Bvv23	F：TCAACCCAGGACTATCACG R：GTTTACTGACAAAGCAAATGACCTACTA
Bvv45	F：GTATAGCAAAAGTCATTTTGTTTGTGT R：GTTTCTCGGCCTTCCCTTTCTAATGTCTAG
GTT1	F：CAAAAGCTCCCTAGGCTT R：ACTAGCTCGCAGAGTAATCG
SB06	F：AAATTTTCGCCACCACTGTC R：ACCAAAGATCGAGCGAAGAA
SB13	F：ACAGCAAGATCAGAGCCGTT R：TGGACCCACCATTTACATCA
SB15	F：CACCCAGCCTATCTCTCGAC R：GTGGTGGGCAGTTTTAGGAA
SSD6	F：GTTCGTTCTCCTGTGGCG R：GTTGAGGCCATTGAAGAGGA

引物	分型结果个体编号	红饲料甜菜	Regina红	96001/2红	Ruby queen	BETA176	BTS8840	HI0936	VF3019	匹配比率/%
BvCA2	目标峰对应分子量	198	198/194	198	194	194	194	194/198	198	75
	毛细管电泳分型结果	1	2	1	1	1	1	2	1
	PAGE分型结果	1	1	1	1	1	1	1	1
Bvv23	目标峰对应分子量	96/108	96/108	96/108	96	108	96/108	96	96	87.5
	毛细管电泳分型结果	2	2	2	1	1	2	1	1
	PAGE分型结果	2	2	2	2	1	2	1	1
Bvv45	目标峰对应分子量	—	212	140	212/231	212/231	231/212	212/231	212	50
	毛细管电泳分型结果	—	1	1	2	2	2	2	1
	PAGE分型结果	1	2	1	2	2	3	2	2
GTT1	目标峰对应分子量	123	123	117	—	117/123	117/123	123	117/123	75
	毛细管电泳分型结果	1	1	1	—	2	2	1	2
	PAGE分型结果	1	1	1	1	2	2	2	2
SB06	目标峰对应分子量	130	114.2	117.5	—	131	131	—	130	25
	毛细管电泳分型结果	1	1	1	—	1	1	—	1
	PAGE分型结果	2	2	2	1	1	2	1	1
SB13	目标峰对应分子量	133/127	133/127	127/133	127/133	133	127/133	133/127	127/133	100
	毛细管电泳分型结果	2	2	2	2	1	2	2	2
	PAGE分型结果	2	2	2	2	1	2	2	2
SB15	目标峰对应分子量	140	143/152	147/168	138/143/147/52	168/147/143	147/168	147/168	143/168	37.5
	毛细管电泳分型结果	1	2	2	4	3	2	2	2
	PAGE分型结果	1	2	3	2	3	1	1	1
SSD6	目标峰对应分子量	154/182	168/176	182	176/182	176/168	154/168	168/176/182	176/168/182	50
	毛细管电泳分型结果	2	2	1	2	2	2	3	3
	PAGE分型结果	3	2	1	2	3	3	3	2