为了探索温州特色山茶花品种遗传多样性,采用核糖体转录间隔区(internal translation spacer, ITS)序列分析技术,对11个样品基因组DNA进行了ITS-PCR扩增、多重序列比对及种系发生等研究。结果表明,11个样品所扩增的ITS序列位于640~668 bp之间(含ITS1、5.8S、ITS2),而且具有较高的序列一致性和位点多态性;基于N-J(邻接法)和ME(最小进化法)(MEGA 5.0, Bootstrap, 1000)所构建的种系发生树表明:11个样品中,样品‘十景牡丹’单独成支,其余10个样品聚类一起;在10样品分支中,2个样品(‘粉丹’和‘六角大红’)形成1个亚分支,其余8个样品形成另1个亚分支。本研究显示:11个样品中,‘十景牡丹’遗传距离最远,‘粉丹’和‘六角大红’遗传距离次之,而其余8个样品遗传关系比较近(其中,样品‘复色倚阑娇’与‘立春八宝’、‘狮子笑’、‘无暇玉’、‘粉霞’、‘大东方亮’、‘玛瑙’、‘胭脂莲’等样品遗传距离依次降低);2种种系发生树(N-J、ME树)树型结构高度一致,揭示了所构建的种系发生树比较接近11个样品间的真实遗传关系。