石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.2013-2221

中国农学通报 ›› 2014, Vol. 30 ›› Issue (10): 177-181.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.2013-2221

所属专题：园艺

石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化

陈美霞朱文宁孙焕魏日凤刘伟

收稿日期:2013-08-19 修回日期:2013-09-24 出版日期:2014-04-05 发布日期:2014-04-05
基金资助:
福建省高校新世纪人才资助项目“炭疽菌ITS区序列研究及抗炭疽病相关基因的克隆和功能分析”(JK2011060)；宁德师范学院服务海西重大项目“野牡丹属等观赏种质资源及其开发利用研究”(2010H104)；福建省宁德师范学院人才引进项目“石斛属植物种质资源遗传多样性分析”；福建省农业五新工程项目“茶主要病害防治及生态茶园建设新技术示范推广”；福建省农科教项目“茶炭疽病轮斑病等主要病害的生物学特性及拮抗菌筛选与应用示范推广”；福建省科技厅自然科学基金项目“石斛属植物种质资源遗传多样性的SRAP、SSR分析”(2012J05060)；福建省科技计划重点项目“闽台两岸农业新兴产业合作与竞争力提升发展研究”(2012R0068)。

Establishment and Optimization of ISSR Reaction System for Dendrobium

Received:2013-08-19 Revised:2013-09-24 Online:2014-04-05 Published:2014-04-05

摘要/Abstract

摘要： 旨在建立并优化石斛属植物的ISSR-PCR反应体系。通过对ISSR-PCR反应体系中主要影响因子模板DNA、dNTP、10×PCR Buffer、引物以及Taq DNA聚合酶分别进行单因素优化，最终建立一套适用于石斛属植物的扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的ISSR最佳反应体系。20μL反应体系的适宜浓度及用量分别为：模板DNA 10 ng/μL 3μL，dNTP 2.5 mmol/L 1.5μL，10×PCR Buffer 3.0μL，引物4μmol/L 3.5μL，TaqDNA聚合酶5 U 0.2μL。这一优化体系适用于石斛ISSR分析，为今后遗传多样性与亲缘关系分析、连锁图谱构建、QTL定位、基因定位与克隆等方面的研究提供了技术支撑。

关键词: 氯丹, 氯丹, 白腐菌, 酶促降解, 生物转化, 代谢产物

Abstract: The research aimed to establish and optimize a stable ISSR-PCR reaction system for Dendrobium. In this paper, the key factors of ISSR-PCR reaction system including DNA template concentration, dNTP, 10×PCR Buffer, primer concentration, DNA Taq polymorphism were investigated and optimized. The stable reaction system could amplify high levels of polymorphism, good repeatability and clear band patterns. ISSR system (total volume of 20μL) established was as follows: template DNA 10 ng/μL 3μL, dNTP 2.5 mmol/L 1.5μL, 10×PCR Buffer 3.0μL, primer 4μmol/L 3.5μL, Taq polymorphism 5 U 0.2μL. It showed that the optimized system in this experiment could be applied in the ISSR analysis for Dendrobium. This research provided technical support for genetic diversity and genetic relationship research, linkage map construction, QTL location, gene mapping and gene cloning and so on.

陈美霞朱文宁孙焕魏日凤刘伟. 石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化[J]. 中国农学通报, 2014, 30(10): 177-181.

参考文献

[1] Zietkiewicz E, Rafalski A, Labuda D. Genome fingerprinting by simple sequence repeat (SSR)-anchored polymerase chain reaction amplification[J].Genomics,1994,20(2):176-183.
[2] Gupta M, Chyi Y S, Romero- Severson J, et al. Amplification of DNA markers from evolutionarily diverse gemomes using single primers of simple- sequence repeats[J].Theoretical and Applied Genetics, 1994,89:998-1006.
[3] Ratnaparkhe B, Tekeoglu M, Muehlbauer F J. Inter simple sequence repeat (ISSR) polymorphisms are useful for finding markers associated with disease resistance gene clusters[J].Theoretical and Applied Genetics,1998,97:515-519.
[4] Okpul T, Mace E S, Godwin I D, et al. Evaluation of variability among breeding lines and cultivars of Taro (Colocasia Esculenta) in papua new guinea using ISSR fingerprinting and agromorphological characterization[J].Plant Genetic Resources Newsleter,2005,143:8-16.
[5] 赵杨,陈晓阳,王秀荣,等.9种胡枝子亲缘关系的ISSR分析[J].吉林林业科技,2006,35(2):1-4.
[6] 梁景霞,祁建民,方平平,等.烟草种质资源遗传多样性与亲缘关系的ISSR聚类分析[J].中国农业科学,2008,41(1):286-294.
[7] Joseph S, David W R.黄培堂等译.分子克隆实验指南[M].北京:化学工业出版社,2008:385-396.
[8] 魏丹红,徐红,王燕燕,等.金钗石斛遗传多样性研究的 ISSR-PCR反应体系建立与优化[J].上海中医药大学学报,2007,21(4):64-68.
[9] 武荣花.我国石斛属植物种质资源及其亲缘关系研究[D].北京:中国林业科学研究院,2007.
[10] 杨立昌,邓辉,乙引,等.药用石斛 ISSR 分子标记研究[J].中药材, 2010,33(12):1841-1844.
[11] 杨春勇,李学兰,王云强,等.人工栽培石斛的ISSR标记分析[J].中国农学通报,2011,27(4):148-152.
[12] 石锐,郭长虹.聚丙烯酰胺凝胶中DNA的银染方法[M].生物技术, 1998,8(6):46-48.
[13] 吴冠芸,潘华珍,吴羽.生物化学与分子生物学实验常用数据手册[M].北京:科学出版社,1999.
[14] 林万明.PCR 技术操作和应用指南[M].北京:人民军医出版社, 1993,7-14.
[15] 李廷春,高正良,汤志顺.丹参SRAP反应体系的建立与优化[J].生物学杂志,2008,25(1):40-44.
[16] 夏志强,邹枚伶,王文泉.木薯SRAP扩增体系的建立与优化[J].中国农学通报,2008,24(9):457-460.
[17] 申洁,侯思宇,孙朝霞,等.正交优化枣树 ISSR-PCR 反应体系的研究[J].华北农学报,2010,25(2):116-120.
[18] 邱丽娜,廖明安,李明章,等.正交设计对红阳弥胡桃ISSR反应体系的优化研究[J].北方园艺,2010,(16):125-128.
[19] 宁静,黄建安,李娟,等.茶树ISSR-PCR反应体系的正交优化[J].湖南农业大学学报:自然科学版,2010,36(4):414-417.
[20] 胡薇,黄儒珠,孙端,等.均匀设计优化建兰ISSR-PCR体系[J].生命科学研究,2007,11(1):58-63.

石斛属植物ISSR扩增体系的建立与优化

Establishment and Optimization of ISSR Reaction System for Dendrobium

PDF (PC)

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

关于本刊

作者中心

审者中心

在线期刊

联系我们

[1]	尤梦瑶, 万璐, 闫佳佳, 张赫, 郑春英. 甘草内生菌研究概况[J]. 中国农学通报, 2022, 38(26): 20-26.
[2]	邱天艺, 徐悦, 甄锦程, 司璐, 于洪佳, 穆玉婷, 徐利剑. 大兴安岭森林凋落物的活性真菌及其代谢产物研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(18): 122-127.
[3]	陈云坤, 胡春艳, 张知宇, 赵艳芳, 曹挥. 5种瑞香科植提取物对7种植物病原真菌的抑菌活性测定[J]. 中国农学通报, 2022, 38(13): 148-156.
[4]	张哲栋, 梁晶, 李泽宇, 高思禹, 邱天艺, 单体江, 徐利剑. 大兴安岭北方森林凋落物真菌及其抗菌化合物[J]. 中国农学通报, 2021, 37(6): 104-110.
[5]	姜雪雍, 岳元春, 孙养存, 高冬妮, 平文祥, 葛菁萍. 副干酪乳杆菌与芽孢杆菌属共培养种间关系对产细菌素的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(24): 124-132.
[6]	丁昊, 刘文娟, 孙健, 刘磊, 平文祥, 葛菁萍. 高产2,3-丁二醇的潜在酿酒酵母菌株筛选[J]. 中国农学通报, 2020, 36(24): 107-115.
[7]	杨超,蔡柏岩. AM真菌对连作作物根系代谢产物的影响[J]. 中国农学通报, 2018, 34(14): 35-39.
[8]	李馨宇,邹德勇,杜春梅. 侧孢短芽孢杆菌的研究进展[J]. 中国农学通报, 2018, 34(14): 28-34.
[9]	周立梅,张淼,徐德阳,杨智越,杜春梅. Brevibacillus laterosporus BL-21和Bacillus subtilis HNDF2共培养与纯培养抗菌代谢产物的对比分析[J]. 中国农学通报, 2017, 33(22): 118-125.
[10]	王荣华,李红侠,张文彬,刘乃新. 甜高粱生物燃料相关特性研究进展[J]. 中国农学通报, 2017, 33(15): 91-98.
[11]	张梅,宋柏权,杨骥,闫志山,范有君,李建英. 氮素对甜菜碳代谢产物的影响[J]. 中国农学通报, 2016, 32(3): 66-70.
[12]	曾美娟,刁勇. 马蓝次生代谢产物研究进展[J]. 中国农学通报, 2016, 32(20): 30-34.
[13]	韩笑,孙旭梅,王璐文,姜菊瑞,孟威. 7种木腐菌生物活性检测[J]. 中国农学通报, 2015, 31(28): 141-145.
[14]	覃瀚仪,李魏,戴良英. 植物代谢产物在抗病反应中的功能研究进展[J]. 中国农学通报, 2015, 31(18): 256-259.
[15]	刘磊超姜存仓刘桂东董肖昌. 硼在植物体内的生理效应及其对几种重要代谢产物影响的研究进展[J]. 中国农学通报, 2014, 30(6): 268-272.