二月兰SSR-PCR 反应体系的优化及引物筛选

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb16030136

中国农学通报 ›› 2017, Vol. 33 ›› Issue (5): 40-46.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb16030136

二月兰SSR-PCR 反应体系的优化及引物筛选

贾新平,孙晓波,梁丽建,苏家乐,邓衍明

江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室,江苏省农业科学院园艺研究所江苏省高效园艺作物遗传改良重点实验室

收稿日期:2016-03-17 修回日期:2016-12-16 接受日期:2016-05-31 出版日期:2017-03-01 发布日期:2017-03-01
通讯作者: 邓衍明
基金资助:
国家科技支撑项目“重要花卉种质资源发掘与创新利用”(2013BAD01B)。

Optimization of SSR-PCR Reaction System and Primer Selection in Orychophragmus violaceus

Received:2016-03-17 Revised:2016-12-16 Accepted:2016-05-31 Online:2017-03-01 Published:2017-03-01

摘要/Abstract

摘要： 为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系，采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5 个因素（DNA模板、Mg2 、dNTPs、引物和Taq 聚合酶）进行优化试验，筛选出每个因素的最佳水平。结果表明，10 μL反应体系中，Mg2 浓度2.0 mmol/L，dNTPs 浓度0.4 mmol/L，引物浓度0.6 μmol/L，DNA模板量20 ng，Taq 聚合酶量0.6 U。以3 份二月兰基因组DNA为模板，利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选，从50 对SSR 引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12 对，证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系，为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。

关键词: 越橘, 越橘, 引种, 栽培试验, 丽江

Abstract: In order to establish and optimize the SSR-PCR reaction system of Orychophragmus violaceus, the L25 (56) orthogonal design was applied to optimize the five main factors (DNA template, Mg2 , dNTPs, primers and Taq enzyme) at five levels of SSR-PCR reaction system in this study. The PCR result was analyzed to select the best levels of the five factors, and a suitable SSR reaction system for Orychophragmus violaceus was established. The result showed that the optimal SSR-PCR system of 10 μL volumes consisted of 2.0 mmol/L Mg2 , 0.4 mmol/L dNTPs, 0.6 μmol/L primer, 20 ng DNA template, and 0.6 U Taq polymerase. The optimized SSR-PCR reaction system was used to verify with three Orychophragmus violaceus germplasms, 12 primer pairs were selected with clear banding patterns and abundant polymorphism bands from 50 primer pairs, and the result showed that the optimal reaction system had excellent stability and generality. The establishment of SSR-PCR reaction system provides a theoretical basis and technical references for molecular biology research on Orychophragmus violaceus.

中图分类号:

S681.9

贾新平,孙晓波,梁丽建,苏家乐,邓衍明. 二月兰SSR-PCR 反应体系的优化及引物筛选[J]. 中国农学通报, 2017, 33(5): 40-46.

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Optimization of SSR-PCR Reaction System and Primer Selection in Orychophragmus violaceus

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