辣椒全基因组SSR标记多态性的筛选及应用

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb17090062

中国农学通报 ›› 2018, Vol. 34 ›› Issue (17): 56-61.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb17090062

所属专题：生物技术；园艺

辣椒全基因组SSR标记多态性的筛选及应用

李艳,赵红星,王勇,姜俊,魏小春,田士林

驻马店市农业科学院,驻马店市农业科学院,驻马店市农业科学院,驻马店市农业科学院,河南省农业科学院园艺研究所,黄淮学院

收稿日期:2017-09-11 修回日期:2017-11-17 接受日期:2017-12-25 出版日期:2018-06-20 发布日期:2018-06-20
通讯作者: 姜俊
基金资助:
河南省基础与前沿技术研究计划项目“辣椒核心种质资源库的构建及应用”(162300410155)；河南省大宗蔬菜产业技术体系——驻马店综合试验站(Z2010-03-06)；河南省创新型科技团队“河南省辣椒核心种质创制及分子育种创新团队”(C20150054)。

Screening and Application of SSR Markers’Polymorphism of Capsicum Whole Genome

Received:2017-09-11 Revised:2017-11-17 Accepted:2017-12-25 Online:2018-06-20 Published:2018-06-20

摘要/Abstract

摘要： 辣椒种质资源遗传多样性丰富,育种的潜力较大,本研究利用基于辣椒全基因组编码区序列设计的152对SSR标记引物,4份不同的辣椒经垂直电泳对152对SSR引物进行筛选,从中筛选出条带清晰、稳定性好的14对SSR多态性引物。并利用其对不同的26份辣椒种质资源进行遗传多样性分析。结果表明：14对SSR引物共扩增出39个多态性条带,平均每对引物扩增出2.79个位点,说明SSR引物在辣椒遗传分析中具有较高的实用性。利用Phylip软件将26份辣椒资源材料进行聚类分析,结果将不同的26份辣椒聚为7类,基本与辣椒种类相符。为后续辣辣椒种质资源的研究及合理利用奠定了理论基础。

关键词: 大豆, 大豆, 活性氧, 水分, SOD, MDA

Abstract: The paper aims to further understand the genetic diversity of pepper germplasm resources. 152 pairs of SSR primers were designed based on the whole genome coding region sequence of pepper. 4 different species of Capsicum were used to screen 152 pairs of primers, to obtain clear bands, good stability of 14 SSR polymorphic primers. Then, the 14 pairs of SSR primers were used to analyze the genetic diversity of 26 accessions of pepper germplasm resources. The results showed that the 14 pairs of SSR primers amplified 39 polymorphic bands, with an average of 2.79 loci amplified by each pair of primers, which showed that the SSR primers had higher practicability in the genetic analysis of pepper. Phylip software was used to conduct the cluster analysis of the 26 accessions of pepper germplasm resources, and divided the accessions into seven categories, and the results were basically consistent with the source of pepper species. This study can lay a foundation for the study and rational utilization of genetic diversity of pepper germplasm resources.

李艳,赵红星,王勇,姜俊,魏小春,田士林. 辣椒全基因组SSR标记多态性的筛选及应用[J]. 中国农学通报, 2018, 34(17): 56-61.

参考文献

[1] 鲁绪才．45个辣椒品种(系)的遗传多样性分析[M]．华中农业大学硕士学位论文,2010.
[2] Sambrook J., Williams J., Sharp P.A., et al. Physical mapping of temperature-sensitive mutations of adenoviruses[J], J. Mol. Biol., 1975, 97(3): 369-390.
[3] Tam S.M., Mhiri C., Vogelaar A., et al. Comparative analyses of genetic diversities within tomato and pepper collections detected by retrotransposon-based SSAP, AFLP and SSR[J], Theor. Appl. Genet., 2005, 110(5): 819-831.
[4] 周晶,沈火林,杨文才,等．辣椒遗传多样性的SSR分析,华北农学报[J],2009, 24(S1): 62-67).
[5] Zhebentyayeva T.N., Reighard G.L., Gorina V.M., et al. Simple sequence repeat (SSR) analysis for assessment of genetic variability in apricot germplasm[J], Theor. Appl. Genet., 2003, 106(3): 435-444.
[6] Ren Y., Zhang Z.H., Liu J.H., et al. An integrated genetic and cytogenetic map of the cucumber genome[J]. PLoS One, 2009,4(6): e5795.
[7] Lv J., Qi J.J., Shi Q.X., et al. Genetic diversity and population structure of cucumber (Cucumis sativus L.) [J]. PLoS One, 2012, 7(10): e46919.
[8] Kim S., Park M., Yeom S.I., et al. Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species[J]. Nat. Genet., 2014, 46(3): 270-278.
[9] Qin C., Yu C.S., Shen Y., et al. Whole-genome sequencing of cultivated and wild peppers provides insights into Capsicum domestication and specialization [J]. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2014,11(14): 5135-5140 .
[11] Nei M.. Estimation of average heterozygosity and genetic distance from a small number of individuals[J]. Genetics, 1978, 89(3): 583-590.
[12] Powell W., Machray G.C., Provan J.. Polymorphism revealed by simple sequence repeats[J], Trends Plant Sci., 1996, 1(7): 215-222.
[13] Kong Q.S., Zhang G.P., Chen W.C., et al. Identification and development of polymorphic EST-SSR markers by sequence alignment in pepper[J], Capsicum annuum (Solanaceae), Am. J. Bot., 2012, 99(2): 59-61.
[14] 罗玉娣, 李建国, 李明芳. 用SSR标记分析辣椒属种质资源的遗传多样性[J]. 生物技术通报, 2006, (S1): 337-341.
[15] 陈文超, 张竹青, 邹学校. 辣椒种质遗传多样性的EST-SSR分析[J]. 植物遗传资源学报, 2013,14(6): 1137-1141.
[16] 陈学军, 陈劲枫, 耿红, 等．辣椒属5个栽培种部分种质亲缘关系的RAPD分析[J]. 园艺学报, 2006, 33(4): 751-756.
[17] 李晴,张学时,张广臣, 等．辣椒种质遗传多样性的RAPD分析[J]. 北方园艺, 2010,(22): 118-122.
[18] 何建文,杨文鹏,韩世玉, 等. 贵州辣椒地方品种分子遗传多样性分析[J]. 贵州农业科学, 2009,37(8): 15-18.
[19] Olmstead R.G., Bohs L., Migid H.A., Santiago-Valentin E.,, et al. A molecular phylogeny of the Solanaceae[J]. Taxon, 2008, 57(4): 1159-1181.
[20] 贾豪,魏小春,姚秋菊,等．辣椒SSR标记种质资源遗传多样性的分析[J]．分子植物育种,2017,(1):353-363.

[1]	贾也纯, 陈润仪, 贺泽霖, 倪洪涛. 甜菜抗非生物胁迫研究进展[J]. 中国农学通报, 2022, 38(9): 33-40.
[2]	武志斌, 黄超, 雷媛, 敬峰, 刘战东. 不同产量水平下冬小麦水肥利用特性研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(8): 64-71.
[3]	刘颖, 耿丹丹, 韩永胜, 魏敏, 刘柳. 环保型农林保水剂研制、性能与应用[J]. 中国农学通报, 2022, 38(7): 86-90.
[4]	付焱焱, 李云峰, 韩冬, 马树庆. 吉林省粮食主产区玉米生长季水分盈亏及其对产量的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(7): 99-105.
[5]	赵越, 张晓艳, 曹焜, 韩承伟, 姜颖, 边境, 王晓楠, 孙宇峰. 工业大麻抗逆生理及分子机制研究进展[J]. 中国农学通报, 2022, 38(6): 102-106.
[6]	田艺心, 高凤菊, 曹鹏鹏, 高祺. 黄淮海夏大豆干物质积累、转运及产量对播期的响应特征[J]. 中国农学通报, 2022, 38(6): 20-25.
[7]	沈菊, 辛萍萍, 杨起楠, 乌云珠拉. 柴达木盆地东部浅层土壤水分增量对降水的响应[J]. 中国农学通报, 2022, 38(35): 54-61.
[8]	李云峰, 姚志平, 付焱焱, 韩冬, 马树庆. 基于有效雨量亏缺的吉林省玉米各级干旱发生频率地域变化[J]. 中国农学通报, 2022, 38(35): 62-69.
[9]	余忠浩, 周伟, 李志刚, 李资文, 贾娟霞, 周亚星. 2002—2021年内蒙古自治区大豆主要性状变化分析及综合评价[J]. 中国农学通报, 2022, 38(34): 14-21.
[10]	汪欢欢, 杨琴, 蒲红梅, 何进, 程华, 韩敏, 赵学春, 王志伟, 金宝成. 照片样线法大豆植被覆盖度测量精度分析[J]. 中国农学通报, 2022, 38(32): 111-118.
[11]	朱喜霞, 郑玉珍, 王海红, 黄保, 平西栓, 刘天学, 赵霞, 李毓珍. 机械化条件下“豆玉”不同行距配置和减肥对作物产量及大豆光合特性的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(29): 16-21.
[12]	朱文杰, 郑鸣洁, 康瑜国. 不同光照强度对三种藤本植物光合作用的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(26): 27-31.
[13]	史芮林, 张庆芬, 李铭, 李全起, 张明明. 植物碳同位素分馏在水分利用效率研究中的应用[J]. 中国农学通报, 2022, 38(23): 15-20.
[14]	郭文, 代希茜, 莫楠, 张应青, 余晨, 田江, 耿智德, 李露. 东盟国家大豆种植及其大豆产品进出口结构分析[J]. 中国农学通报, 2022, 38(23): 156-164.
[15]	高中超, 孙磊, 王丽华, 杜春影, 张利国, 张久明, 王伟, 谷维. 土壤中不同含量Cd²⁺对大麻、大豆幼苗生育的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(22): 89-92.

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Screening and Application of SSR Markers’Polymorphism of Capsicum Whole Genome

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