中国农学通报 ›› 2025, Vol. 41 ›› Issue (33): 121-130.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2024-0753
收稿日期:2024-12-10
修回日期:2025-02-15
出版日期:2025-11-25
发布日期:2025-12-01
作者简介:勾啸,女,1978年出生,林业高级工程师,本科,研究方向:园林植物。通信地址:510080 广州市广园中路428号,广州市林业和园林科学研究院,Tel:13318833316,E-mail:105138167@qq.com。
基金资助:
GOU Xiao1(
), WEN Penghua1, RUAN Muning1, FANG Zhongli2, ZHANG Xin3
Received:2024-12-10
Revised:2025-02-15
Published:2025-11-25
Online:2025-12-01
摘要:
为筛选参与桂花成花调控的候选基因,本研究以‘日香桂’全基因组为试材,采用生物信息学方法鉴定OfBBX基因家族成员,对其理化性质、系统进化关系、桂花种内及桂花-拟南芥种间共线性关系、组织表达模式进行综合分析,并结合启动子区顺式作用元件预测其功能。结果共鉴定出42个OfBBX基因,其编码蛋白分子量20.54k~53.71 kDa,等电点4.46~8.61,疏水指数-0.904~-0.027。系统进化将OfBBX分为I-V五组(11/7/5/14/7个成员),各组Motif与B-box/CCT结构域高度保守。检测到OfBBX基因发生了串联重复或片段复制事件,与拟南芥存在48对共线BBX基因。其中7个OfBBX基因在花组织中表达量较高,启动子富含光反应型元件;OfBBX19与拟南芥AtBBX1(CONSTANS)同支、共线、同源,其表达量在花器官中显著上调。本研究筛选出OfBBX18/19等7个候选基因,OfBBX19可能是CONSTANS同源基因并介导光周期调控,为桂花花发育机制研究提供分子标记。
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| 蛋白ID | 名称 | 长度/aa | 理论等电点 | 分子量/Da | 不稳定系数 | 疏水性大平均值 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| evm.model.Contig127.125 | OfBBX1 | 185 | 5.35 | 20542.28 | 38.11 | -0.396 |
| evm.model.Contig109.71 | OfBBX2 | 402 | 5.25 | 44311.11 | 54.21 | -0.561 |
| evm.model.Contig466.21 | OfBBX3 | 272 | 4.86 | 29450.83 | 58.49 | -0.495 |
| evm.model.Contig391.15 | OfBBX4 | 258 | 4.46 | 28063.51 | 58.29 | -0.656 |
| evm.model.Contig52.102 | OfBBX5 | 226 | 6.97 | 24491.84 | 41.87 | -0.271 |
| evm.model.Contig424.39 | OfBBX6 | 439 | 5.4 | 49870.16 | 46.23 | -0.713 |
| evm.model.Contig206.5 | OfBBX7 | 439 | 5.4 | 49976.29 | 45.76 | -0.71 |
| evm.model.Contig185.44 | OfBBX8 | 240 | 4.95 | 26929.67 | 48.73 | -0.428 |
| evm.model.Contig48.105 | OfBBX9 | 281 | 5.36 | 30933.79 | 52.32 | -0.256 |
| evm.model.Contig53.53 | OfBBX10 | 398 | 5.49 | 44804.47 | 50.11 | -0.602 |
| evm.model.Contig152.32 | OfBBX11 | 441 | 8.61 | 49065.53 | 45.14 | -0.612 |
| evm.model.Contig237.34 | OfBBX12 | 318 | 7.06 | 35209.42 | 51.33 | -0.619 |
| evm.model.Contig398.5 | OfBBX13 | 270 | 4.81 | 29758.42 | 75.07 | -0.882 |
| evm.model.Contig464.36 | OfBBX14 | 274 | 4.68 | 30318.97 | 76.26 | -0.904 |
| evm.model.Contig90.133 | OfBBX15 | 389 | 5.56 | 44004.34 | 43.43 | -0.671 |
| evm.model.Contig128.48 | OfBBX16 | 211 | 5.98 | 23262.23 | 46.58 | -0.591 |
| evm.model.Contig81.169 | OfBBX17 | 355 | 8.35 | 39451.74 | 45.24 | -0.33 |
| evm.model.Contig520.33 | OfBBX18 | 327 | 6.41 | 36055.35 | 40.92 | -0.574 |
| evm.model.Contig372.50 | OfBBX19 | 327 | 6.4 | 36059.36 | 40.66 | -0.58 |
| evm.model.Contig65.132 | OfBBX20 | 358 | 5.77 | 39710.56 | 55.28 | -0.385 |
| evm.model.Contig107.60 | OfBBX21 | 356 | 6.12 | 39521.44 | 54.85 | -0.375 |
| evm.model.Contig76.218 | OfBBX22 | 390 | 5.67 | 44443.61 | 53.24 | -0.754 |
| evm.model.Contig164.171 | OfBBX23 | 339 | 8.44 | 36794.37 | 40.53 | -0.027 |
| evm.model.Contig36.36 | OfBBX24 | 259 | 5.15 | 28867.27 | 50.35 | -0.414 |
| evm.model.Contig157.71 | OfBBX25 | 350 | 5.73 | 39075.73 | 43.78 | -0.583 |
| evm.model.Contig3.46 | OfBBX26 | 296 | 6.06 | 32026.27 | 50.11 | -0.294 |
| evm.model.Contig179.69 | OfBBX27 | 205 | 6.37 | 22870.73 | 52.98 | -0.371 |
| evm.model.Contig457.41 | OfBBX28 | 335 | 5.77 | 37150.57 | 52.59 | -0.482 |
| evm.model.Contig5.250 | OfBBX29 | 344 | 6.15 | 37580.51 | 47.67 | -0.242 |
| evm.model.Contig154.60 | OfBBX30 | 400 | 5.3 | 44064.81 | 54.54 | -0.591 |
| evm.model.Contig161.80 | OfBBX31 | 291 | 5.89 | 31609.46 | 43.07 | -0.37 |
| evm.model.Contig126.143 | OfBBX32 | 234 | 4.65 | 26003.75 | 74.41 | -0.631 |
| evm.model.Contig673.5 | OfBBX33 | 235 | 4.58 | 26135.79 | 72.24 | -0.71 |
| evm.model.Contig279.40 | OfBBX34 | 417 | 5.24 | 47411.11 | 48.15 | -0.757 |
| evm.model.Contig18.126 | OfBBX35 | 489 | 6.14 | 53708.08 | 41.37 | -0.589 |
| evm.model.Contig302.83 | OfBBX36 | 236 | 4.66 | 26314.74 | 46.32 | -0.371 |
| evm.model.Contig396.1 | OfBBX37 | 236 | 4.78 | 26304.8 | 52.47 | -0.397 |
| evm.model.Contig486.2 | OfBBX38 | 240 | 5.31 | 26822.51 | 57.47 | -0.395 |
| evm.model.Contig16.246 | OfBBX39 | 320 | 6.2 | 35088.44 | 59.01 | -0.423 |
| evm.model.Contig20.85 | OfBBX40 | 327 | 5.4 | 36270.69 | 59.12 | -0.564 |
| evm.model.Contig1.121 | OfBBX41 | 211 | 6.06 | 23461.32 | 46.68 | -0.627 |
| evm.model.Contig57.197 | OfBBX42 | 451 | 5.59 | 50712.56 | 46.66 | -0.401 |
| 蛋白ID | 名称 | 长度/aa | 理论等电点 | 分子量/Da | 不稳定系数 | 疏水性大平均值 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| evm.model.Contig127.125 | OfBBX1 | 185 | 5.35 | 20542.28 | 38.11 | -0.396 |
| evm.model.Contig109.71 | OfBBX2 | 402 | 5.25 | 44311.11 | 54.21 | -0.561 |
| evm.model.Contig466.21 | OfBBX3 | 272 | 4.86 | 29450.83 | 58.49 | -0.495 |
| evm.model.Contig391.15 | OfBBX4 | 258 | 4.46 | 28063.51 | 58.29 | -0.656 |
| evm.model.Contig52.102 | OfBBX5 | 226 | 6.97 | 24491.84 | 41.87 | -0.271 |
| evm.model.Contig424.39 | OfBBX6 | 439 | 5.4 | 49870.16 | 46.23 | -0.713 |
| evm.model.Contig206.5 | OfBBX7 | 439 | 5.4 | 49976.29 | 45.76 | -0.71 |
| evm.model.Contig185.44 | OfBBX8 | 240 | 4.95 | 26929.67 | 48.73 | -0.428 |
| evm.model.Contig48.105 | OfBBX9 | 281 | 5.36 | 30933.79 | 52.32 | -0.256 |
| evm.model.Contig53.53 | OfBBX10 | 398 | 5.49 | 44804.47 | 50.11 | -0.602 |
| evm.model.Contig152.32 | OfBBX11 | 441 | 8.61 | 49065.53 | 45.14 | -0.612 |
| evm.model.Contig237.34 | OfBBX12 | 318 | 7.06 | 35209.42 | 51.33 | -0.619 |
| evm.model.Contig398.5 | OfBBX13 | 270 | 4.81 | 29758.42 | 75.07 | -0.882 |
| evm.model.Contig464.36 | OfBBX14 | 274 | 4.68 | 30318.97 | 76.26 | -0.904 |
| evm.model.Contig90.133 | OfBBX15 | 389 | 5.56 | 44004.34 | 43.43 | -0.671 |
| evm.model.Contig128.48 | OfBBX16 | 211 | 5.98 | 23262.23 | 46.58 | -0.591 |
| evm.model.Contig81.169 | OfBBX17 | 355 | 8.35 | 39451.74 | 45.24 | -0.33 |
| evm.model.Contig520.33 | OfBBX18 | 327 | 6.41 | 36055.35 | 40.92 | -0.574 |
| evm.model.Contig372.50 | OfBBX19 | 327 | 6.4 | 36059.36 | 40.66 | -0.58 |
| evm.model.Contig65.132 | OfBBX20 | 358 | 5.77 | 39710.56 | 55.28 | -0.385 |
| evm.model.Contig107.60 | OfBBX21 | 356 | 6.12 | 39521.44 | 54.85 | -0.375 |
| evm.model.Contig76.218 | OfBBX22 | 390 | 5.67 | 44443.61 | 53.24 | -0.754 |
| evm.model.Contig164.171 | OfBBX23 | 339 | 8.44 | 36794.37 | 40.53 | -0.027 |
| evm.model.Contig36.36 | OfBBX24 | 259 | 5.15 | 28867.27 | 50.35 | -0.414 |
| evm.model.Contig157.71 | OfBBX25 | 350 | 5.73 | 39075.73 | 43.78 | -0.583 |
| evm.model.Contig3.46 | OfBBX26 | 296 | 6.06 | 32026.27 | 50.11 | -0.294 |
| evm.model.Contig179.69 | OfBBX27 | 205 | 6.37 | 22870.73 | 52.98 | -0.371 |
| evm.model.Contig457.41 | OfBBX28 | 335 | 5.77 | 37150.57 | 52.59 | -0.482 |
| evm.model.Contig5.250 | OfBBX29 | 344 | 6.15 | 37580.51 | 47.67 | -0.242 |
| evm.model.Contig154.60 | OfBBX30 | 400 | 5.3 | 44064.81 | 54.54 | -0.591 |
| evm.model.Contig161.80 | OfBBX31 | 291 | 5.89 | 31609.46 | 43.07 | -0.37 |
| evm.model.Contig126.143 | OfBBX32 | 234 | 4.65 | 26003.75 | 74.41 | -0.631 |
| evm.model.Contig673.5 | OfBBX33 | 235 | 4.58 | 26135.79 | 72.24 | -0.71 |
| evm.model.Contig279.40 | OfBBX34 | 417 | 5.24 | 47411.11 | 48.15 | -0.757 |
| evm.model.Contig18.126 | OfBBX35 | 489 | 6.14 | 53708.08 | 41.37 | -0.589 |
| evm.model.Contig302.83 | OfBBX36 | 236 | 4.66 | 26314.74 | 46.32 | -0.371 |
| evm.model.Contig396.1 | OfBBX37 | 236 | 4.78 | 26304.8 | 52.47 | -0.397 |
| evm.model.Contig486.2 | OfBBX38 | 240 | 5.31 | 26822.51 | 57.47 | -0.395 |
| evm.model.Contig16.246 | OfBBX39 | 320 | 6.2 | 35088.44 | 59.01 | -0.423 |
| evm.model.Contig20.85 | OfBBX40 | 327 | 5.4 | 36270.69 | 59.12 | -0.564 |
| evm.model.Contig1.121 | OfBBX41 | 211 | 6.06 | 23461.32 | 46.68 | -0.627 |
| evm.model.Contig57.197 | OfBBX42 | 451 | 5.59 | 50712.56 | 46.66 | -0.401 |
| 日香桂 | 拟南芥 |
|---|---|
| OfBBX16 | AtBBX18 |
| OfBBX16 | AtBBX19 |
| OfBBX19 | AtBBX1 |
| OfBBX19 | AtBBX3 |
| OfBBX20 | AtBBX6 |
| OfBBX21 | AtBBX6 |
| OfBBX25 | AtBBX1 |
| OfBBX25 | AtBBX3 |
| OfBBX29 | AtBBX6 |
| 日香桂 | 拟南芥 |
|---|---|
| OfBBX16 | AtBBX18 |
| OfBBX16 | AtBBX19 |
| OfBBX19 | AtBBX1 |
| OfBBX19 | AtBBX3 |
| OfBBX20 | AtBBX6 |
| OfBBX21 | AtBBX6 |
| OfBBX25 | AtBBX1 |
| OfBBX25 | AtBBX3 |
| OfBBX29 | AtBBX6 |
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