6个不同群体鳜基于SSR的遗传多样性初步研究

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb20191000741

中国农学通报 ›› 2020, Vol. 36 ›› Issue (26): 147-152.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb20191000741

6个不同群体鳜基于SSR的遗传多样性初步研究

周梦晨¹^,²(), 徐东坡¹, 方弟安¹, 周彦锋¹, 刘凯¹, 张敏莹¹()

¹农业农村部长江下游渔业资源环境科学观测实验站,中国水产科学研究院淡水渔业研究中心,江苏无锡 214081
²南京农业大学渔业学院,江苏无锡 214081

收稿日期:2019-10-21 修回日期:2019-12-27 出版日期:2020-09-15 发布日期:2020-09-14
通讯作者: 张敏莹
作者简介:周梦晨,女,1995年出生,江苏苏州人,学士,研究方向：渔业资源及种质保护。通信地址：214128 江苏省无锡市滨湖区雪浪街道薛家里69号,E-mail：429627282@qq.com。
基金资助:
国家科技基础条件平台建设运行项目“长江下游水产种质资源标准化整理、整合与共享”(2019DKA30470-003);江苏省水生生物资源重大专项(ZYHB16)

Genetic Diversity of Six Populations of Siniperca Chuatsi: Analysis Based on SSR

Zhou Mengchen¹^,²(), Xu Dongpo¹, Fang Di’an¹, Zhou Yanfeng¹, Liu Kai¹, Zhang Minying¹()

¹Scientific Observing and Experimental Station of Fishery Resources and Environment in the Lower Reaches of the Yangtze River, Ministry of Agriculture and Rural Affairs Freshwater Fisheries Research Center, CAFS, Wuxi Jiangsu 214081
²College of Fisheries, Nanjing Agricultural University, Wuxi Jiangsu 214081

Received:2019-10-21 Revised:2019-12-27 Online:2020-09-15 Published:2020-09-14
Contact: Zhang Minying

摘要/Abstract

摘要：

旨在了解不同群体鳜遗传多样性及种质资源现状,采用微卫星标记技术,对采自6个不同群体鳜96尾个体的遗传多样性进行了初步分析。结果表明,经筛选的10对引物在6个鳜群体中的平均等位基因数(Na)为2.2000~2.5000,期望杂合度(He)为0.6489~0.7289,多态信息含量(PIC)为0.5614~0.6409 (PIC大鱼0.5);群体遗传分化系数(Fst)为0.0606(0.05小鱼Fst小鱼0.15),平均基因流(Nm)为4.0151;检验表明,除高邮和靖江群体外,其他4个群体均不同程度地偏离Hardy-Weinberg平衡,主要表现为杂合子缺失。构建的UPGMA聚类图显示,铜陵、安庆、太湖、高邮和靖江群体聚为一类,当涂群体聚为另一类。本研究表明6个鳜群体的遗传多样性较高,群体间遗传分化水平中等,群体间存在着一定的基因交流。

关键词: 鳜, 不同群体, 微卫星标记, 遗传多样性

Abstract:

To study the genetic diversity and the status of germplasm resources in different populations of Siniperca chuatsi, based on microsatellite marking technology, preliminary analysis of genetic diversity was carried out in 96 individuals from 6 populations of Siniperca Chuatsi. The results showed that the average value of allele (Na) was from 2.2000 to 2.5000 by ten pairs selected microsatellite markers. The average expected heterozygosity (He) value was from 0.6489 to 0.7289, and the average polymorphic information content (PIC) was from 0.5614 to 0.6409 (PIC大鱼0.5). The genetic differentiation coefficient (Fst) among the populations was 0.0606 (0.05小鱼Fst小鱼0.15), and the gene flow (Nm) was 4.0151. The test indicated that other four populations deviated from Hardy-Weinberg Equilibrium in some extent except Gaoyou and Jingjiang population, which mainly showed heterozygote deficiency. The UPGMA clustering showed that dangtu population formed an independent cluster, and the other five populations were another cluster. The study indicates that the genetic diversity of the six populations of Siniperca chuatsi is relatively high, there are a medium genetic differentiation and some gene flow among the six populations.

Key words: Siniperca chuatsi, different populations, microsatellite marker, genetic diversity

中图分类号:

S917
Q346

周梦晨, 徐东坡, 方弟安, 周彦锋, 刘凯, 张敏莹. 6个不同群体鳜基于SSR的遗传多样性初步研究[J]. 中国农学通报, 2020, 36(26): 147-152.

Zhou Mengchen, Xu Dongpo, Fang Di’an, Zhou Yanfeng, Liu Kai, Zhang Minying. Genetic Diversity of Six Populations of Siniperca Chuatsi: Analysis Based on SSR[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2020, 36(26): 147-152.

图/表 7

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位点	正向引物(5′-3′)	反向引物(5′-3′)	退火温度/℃	GenBank序列号
G01	AGCCATCACCATCTGCCTA	TGTGCGGTGTCTGTATTCG	56	DQ789260
G03	GCCATCTATCATCAACAAAATC	TCCCAGTTATTCACTCCCAT	54	DQ789261
G04	TTCCCATGCAGCAAAGGT	TAGGGGGGCTGAGAGCATAA	54	DQ789257
G06	AGCCATCACCATCTGCCTAC	CACTAAAACCCTGCCTCCC	57	DQ789262
G08	GAACGAGTATCGCATTAGCC	GAAAGTTGTGCAATGCGC	57	DQ789254
G09	TGGTCTGGTCCTGTTTGTGTC	GGCATGTAGCATGACATGCA	52	DQ789255
G10	GCAGTTTCCTGGTTACTCCTC	GCTTTGCTGAGTGGTTAGAGT	55	DQ789256
G12	AGGAAGGATTTAGTCAAGGTG	ACAAGCTCCCAGCCTGAT	58	DQ789258
G13	CGTGAGCTTTCTTTCAGTCTG	CGTTCTTGGTGGTTCCTATG	56	DQ789259
G14	ACACAGCGAACATGATCCAGTC	GGGCTTCCCAGATCTGCTC	53	DQ789264

位点	正向引物(5′-3′)	反向引物(5′-3′)	退火温度/℃	GenBank序列号
G01	AGCCATCACCATCTGCCTA	TGTGCGGTGTCTGTATTCG	56	DQ789260
G03	GCCATCTATCATCAACAAAATC	TCCCAGTTATTCACTCCCAT	54	DQ789261
G04	TTCCCATGCAGCAAAGGT	TAGGGGGGCTGAGAGCATAA	54	DQ789257
G06	AGCCATCACCATCTGCCTAC	CACTAAAACCCTGCCTCCC	57	DQ789262
G08	GAACGAGTATCGCATTAGCC	GAAAGTTGTGCAATGCGC	57	DQ789254
G09	TGGTCTGGTCCTGTTTGTGTC	GGCATGTAGCATGACATGCA	52	DQ789255
G10	GCAGTTTCCTGGTTACTCCTC	GCTTTGCTGAGTGGTTAGAGT	55	DQ789256
G12	AGGAAGGATTTAGTCAAGGTG	ACAAGCTCCCAGCCTGAT	58	DQ789258
G13	CGTGAGCTTTCTTTCAGTCTG	CGTTCTTGGTGGTTCCTATG	56	DQ789259
G14	ACACAGCGAACATGATCCAGTC	GGGCTTCCCAGATCTGCTC	53	DQ789264

位点	等位基因数	有效等位基因数	观测杂合度	期望杂合度	多态信息含量	遗传分化指数	基因流
G01	2.0000	3.3149	0.6333	0.7042	0.3639	0.0632	3.7028
G03	4.0000	3.4450	0.6167	0.7157	0.4355	0.0466	5.1176
G04	3.0000	3.3058	0.6167	0.7034	0.4930	0.0633	3.6981
G06	3.0000	3.3566	0.6500	0.7080	0.4116	0.0457	5.2208
G08	3.0000	3.1816	0.6333	0.6915	0.3216	0.0703	3.3069
G09	3.0000	3.2447	0.6167	0.6976	0.5082	0.0652	3.5815
G10	2.0000	3.3661	0.5667	0.7088	0.3748	0.0587	4.0101
G12	3.0000	3.3012	0.5500	0.7029	0.5238	0.0496	4.7892
G13	4.0000	3.1332	0.7000	0.6866	0.4417	0.0588	4.0052
G14	3.0000	3.1048	0.6500	0.6836	0.4431	0.0842	2.7190
平均值	3.0000	3.2754	0.6233	0.7002	0.4317	0.0606	4.0151

位点	等位基因数	有效等位基因数	观测杂合度	期望杂合度	多态信息含量	遗传分化指数	基因流
G01	2.0000	3.3149	0.6333	0.7042	0.3639	0.0632	3.7028
G03	4.0000	3.4450	0.6167	0.7157	0.4355	0.0466	5.1176
G04	3.0000	3.3058	0.6167	0.7034	0.4930	0.0633	3.6981
G06	3.0000	3.3566	0.6500	0.7080	0.4116	0.0457	5.2208
G08	3.0000	3.1816	0.6333	0.6915	0.3216	0.0703	3.3069
G09	3.0000	3.2447	0.6167	0.6976	0.5082	0.0652	3.5815
G10	2.0000	3.3661	0.5667	0.7088	0.3748	0.0587	4.0101
G12	3.0000	3.3012	0.5500	0.7029	0.5238	0.0496	4.7892
G13	4.0000	3.1332	0.7000	0.6866	0.4417	0.0588	4.0052
G14	3.0000	3.1048	0.6500	0.6836	0.4431	0.0842	2.7190
平均值	3.0000	3.2754	0.6233	0.7002	0.4317	0.0606	4.0151

群体	平均等位基因数	有效等位基因数	观测杂合度	期望杂合度	多态信息含量
TL	2.2000	3.2602	0.6200	0.7289	0.6409
DT	2.5000	2.8199	0.5300	0.6758	0.6326
AQ	2.3000	2.7352	0.6000	0.6542	0.6083
TH	2.2000	2.6577	0.6400	0.6489	0.5614
GY	2.5000	3.0921	0.7100	0.7116	0.6144
JJ	2.4000	3.0104	0.6400	0.7011	0.6247

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Genetic Diversity of Six Populations of Siniperca Chuatsi: Analysis Based on SSR

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G01	0.0012**	-0.0526	0.6292	-0.0211	0.0012**	-0.2579	0.8770	0.1421	0.4369	-0.1211	0.8885	-0.0211
G03	0.0001**	-0.4105	0.1653	0.0579	0.0004**	-0.1526	0.0014**	-0.0895	0.2724	0.0000	0.6415	0.0211
G04	0.2770	-0.0053	0.3963	0.0211	0.0002**	-0.4211	0.9639	0.0947	0.6714	-0.0053	0.6582	-0.1105
G06	0.8072	-0.0316	0.7976	-0.0684	0.2223	-0.0684	0.7207	-0.0053	0.3585	-0.0263	0.7183	-0.1316
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G09	0.7880	-0.1211	0.0008**	-0.3105	0.7013	0.1947	0.7207	-0.0053	0.2312	-0.0316	0.6582	-0.1105
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G13	0.2490	-0.0316	0.3040	-0.0474	0.8770	0.1421	0.0007**	-0.1211	0.9102	0.0895	0.8444	0.1211
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群体	TL	DT	AQ	TH	GY	JJ
TL		0.9177	0.8530	0.8438	0.9475	0.9111
DT	0.0924		0.6574	0.7078	0.8302	0.7808
AQ	0.1590	0.4194		0.8498	0.8959	0.9035
TH	0.1699	0.3456	0.1628		0.9262	0.9039
GY	0.0588	0.1861	0.1099	0.0766		0.9690
JJ	0.0931	0.2474	0.1015	0.1010	0.0315

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