基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0250

中国农学通报 ›› 2024, Vol. 40 ›› Issue (6): 128-134.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0250

基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系

纪伟¹^,²(), 苏文英¹, 刘晓梅¹, 王一璞¹, 任立凯¹(), 奚小艳², 陈克龙²

¹ 连云港市农业科学院，江苏连云港 222000
² 青海师范大学，西宁 810000

收稿日期:2023-03-23 修回日期:2023-05-15 出版日期:2024-02-22 发布日期:2024-02-22
通讯作者:
任立凯，男，1981年出生，江苏铜山人，副研究员，本科，学士，主要从事菌物资源开发及利用。通信地址：222000 江苏省连云港市海州区迎宾大道西首连云港市农业科学院，Tel：0518- 83081726，E-mail：2949823@qq.com。
作者简介:
纪伟，男，1989年出生，江苏睢宁人，在读博士，研究方向：菌物资源开发利用及生态保护。通信地址：222000 江苏省连云港市海州区迎宾大道西首连云港市农业科学院，Tel：0518-83081726，E-mail：jiwei10500@163.com。
基金资助:
江苏现代农业产业技术体系“江苏现代农业产业技术体系连云港食用菌推广示范基地”(JATS[2022]177); 连云港市财政专项“云台山野生灵芝菌株分子鉴定及ISSR遗传多样性分析”(QNJJ2209); 省级现代农业发展“连云港市食用菌全产业链建设项目”(连农复（2023）14号); 连云港市科协软课题项目“连云港市大型药用真菌资源普查及分布地图编制”(Lkxyb23027)

Wild Ganoderma lingzhi Resources in Lianyungang Area: Genetic Diversity and Genetic Relationship Analysis Based on ISSR Markers

JI Wei¹^,²(), SU Wenying¹, LIU Xiaomei¹, WANG Yipu¹, REN Likai¹(), XI Xiaoyan², CHEN Kelong²

¹ Lianyungang Academy of Agricultural Science, Lianyungang, Jiangsu 222000
² Qinghai Normal University, Xining 810000

Received:2023-03-23 Revised:2023-05-15 Published-:2024-02-22 Online:2024-02-22

摘要/Abstract

摘要：

为分析连云港地区野生灵芝种质资源之间的亲缘关系和多样性水平，以连云港地区15株野生灵芝为研究对象，采用ISSR分子标记进行遗传多样性及亲缘关系分析。15株野生灵芝中扩增出多态性条带为40条，片段大小在250~2000 bp之间，平均等位基因位点1.8个，平均有效等位基因数1.2454，平均Nei's遗传多样性0.1742，平均Shannon信息指数0.2925，有效等位基因数(Ne)的变化范围为1.0000~1.6423，Nei's遗传多样性(He)的变化范围为0.1031~0.3911，Shannon信息指数(I)的变化范围为0.2235~0.5799，根据ISSR分子标记的遗传聚类图，15株灵芝相似系数范围在0.415~0.866之间，相似系数为0.63时，可以将15株野生灵芝分为四组。研究结果为连云港地区灵芝种质资源分类、保护和品种创制提供了参考依据。

关键词: 灵芝, 简单序列重复区间, 遗传多样性, 聚类分析, 亲缘关系

Abstract:

In order to analyze the genetic relationships and diversity levels of wild Ganoderma lingzhi germplasm resources in Lianyungang area, the genetic diversity and genetic relationship of 15 wild Ganoderma lingzhi in Lianyungang area were analyzed by ISSR molecular markers. The results showed that 40 polymorphic bands were amplified, the fragment size ranging from 250 to 2000 bp, the average allele number was 1.8, the average effective allele number was 1.2454, the average Nei's genetic diversity was 0.1742, and the average Shannon information index was 0.2925. The effective allele number (Ne) ranged from 1.0000 to 1.6423, the genetic diversity of Nei's (He) ranged from 0.1031 to 0.3911, and the Shannon Information index(I) ranged from 0.2235 to 0.5799. According to the genetic clustering diagram of ISSR molecular markers, the similarity coefficient of 15 Ganoderma lingzhi strains ranged from 0.415 to 0.866. When the similarity coefficient is 0.63, the 15 wild Ganoderma lingzhi strains could be divided into four groups. The results provided a reference for the classification, protection and variety creation of Ganoderma lingzhi germplasm resources in Lianyungang area.

Key words: Ganoderma lingzhi, inter-simple sequence repeat, genetic diversity, cluster analysis, genetic relationship

纪伟, 苏文英, 刘晓梅, 王一璞, 任立凯, 奚小艳, 陈克龙. 基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系[J]. 中国农学通报, 2024, 40(6): 128-134.

JI Wei, SU Wenying, LIU Xiaomei, WANG Yipu, REN Likai, XI Xiaoyan, CHEN Kelong. Wild Ganoderma lingzhi Resources in Lianyungang Area: Genetic Diversity and Genetic Relationship Analysis Based on ISSR Markers[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2024, 40(6): 128-134.

图/表 7

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菌种编号	形态特征	生境特点
GL01	子实体无柄，呈红褐色，菌盖近半圆形、边缘肥厚、呈淡黄色，有轮纹	生于阔叶林中的立木干基部朽木上
GL02	子实体无柄，呈白色，菌盖边缘不规则、薄、呈淡黄褐色，有轮纹	生于阔叶林中地下枯树桩上
GL03	子实体无柄，呈红褐色，菌盖近圆形、边缘不规则、呈淡黄色，有轮纹	生于阔叶树腐木桩上
GL04	子实体有柄，呈红褐色，有漆样光泽，菌盖不规则、边缘薄、呈淡黄色	生于阔叶树倒木上
GL05	子实体有柄，呈红褐色，菌盖近似椭圆形，边缘不规则	生于阔叶林中地下腐木上
GL06	子实体为幼嫩阶段，呈近球形，黄色	生于阔叶林中的立木干基部枯树根上
GL07	子实体为幼嫩阶段，有两个分支，有漆样光泽，呈近球形，顶端呈淡黄色	生于阔叶树腐木桩上
GL08	子实体近扇形，白色，有轮纹	生于阔叶林中地下腐木上
GL09	子实体有柄，近扇形，红褐色，有轮纹	生于阔叶树朽板根上
GL10	子实体有柄，半圆形，暗红褐色，有轮纹	生于阔叶林中地下腐木上
GL11	子实体有柄，子实体为幼嫩阶段，扇形，呈黄色，边缘肥厚规则	生于阔叶林中地下腐木桩周围地上
GL12	子实体有短柄，子实体为幼嫩阶段，近半圆形，呈黄色，边缘肥厚	生于阔叶林中地下腐木木桩上
GL13	子实体有柄，呈红褐色，扇形，边缘肥厚规则	生于阔叶林中地下腐木桩周围地上
GL14	子实体有柄呈红褐色，近半圆形，边缘呈黄色，边缘肥薄、不规则	生于阔叶林中地下腐木木桩上
GL15	子实体有柄，呈红褐色，有漆样光泽，菌盖不规则、边缘厚	生于阔叶树倒木上

菌种编号	形态特征	生境特点
GL01	子实体无柄，呈红褐色，菌盖近半圆形、边缘肥厚、呈淡黄色，有轮纹	生于阔叶林中的立木干基部朽木上
GL02	子实体无柄，呈白色，菌盖边缘不规则、薄、呈淡黄褐色，有轮纹	生于阔叶林中地下枯树桩上
GL03	子实体无柄，呈红褐色，菌盖近圆形、边缘不规则、呈淡黄色，有轮纹	生于阔叶树腐木桩上
GL04	子实体有柄，呈红褐色，有漆样光泽，菌盖不规则、边缘薄、呈淡黄色	生于阔叶树倒木上
GL05	子实体有柄，呈红褐色，菌盖近似椭圆形，边缘不规则	生于阔叶林中地下腐木上
GL06	子实体为幼嫩阶段，呈近球形，黄色	生于阔叶林中的立木干基部枯树根上
GL07	子实体为幼嫩阶段，有两个分支，有漆样光泽，呈近球形，顶端呈淡黄色	生于阔叶树腐木桩上
GL08	子实体近扇形，白色，有轮纹	生于阔叶林中地下腐木上
GL09	子实体有柄，近扇形，红褐色，有轮纹	生于阔叶树朽板根上
GL10	子实体有柄，半圆形，暗红褐色，有轮纹	生于阔叶林中地下腐木上
GL11	子实体有柄，子实体为幼嫩阶段，扇形，呈黄色，边缘肥厚规则	生于阔叶林中地下腐木桩周围地上
GL12	子实体有短柄，子实体为幼嫩阶段，近半圆形，呈黄色，边缘肥厚	生于阔叶林中地下腐木木桩上
GL13	子实体有柄，呈红褐色，扇形，边缘肥厚规则	生于阔叶林中地下腐木桩周围地上
GL14	子实体有柄呈红褐色，近半圆形，边缘呈黄色，边缘肥薄、不规则	生于阔叶林中地下腐木木桩上
GL15	子实体有柄，呈红褐色，有漆样光泽，菌盖不规则、边缘厚	生于阔叶树倒木上

引物编号	引物序列(5'-3')	退火温度/℃
UBC807	AGAGAGAGAGAGAGAGT	48
UBC809	AGAGAGAGAGAGAGAGG	45
UBC811	GAGAGAGAGAGAGAGAC	51
UBC836	AGAGAGAGAGAGAGAGYA	54
UBC840	GAGAGAGAGAGAGAGAYT	42
UBC841	GAGAGAGAGAGAGAGAYC	48
UBC842	GAGAGAGAGAGAGAGAYG	42
UBC880	GGAGAGGAGAGGAGA	45
UBC881	GGGTGGGGTGGGGTG	48
UBC888	BDBCACACACACACACA	42

引物编号	引物序列(5'-3')	退火温度/℃
UBC807	AGAGAGAGAGAGAGAGT	48
UBC809	AGAGAGAGAGAGAGAGG	45
UBC811	GAGAGAGAGAGAGAGAC	51
UBC836	AGAGAGAGAGAGAGAGYA	54
UBC840	GAGAGAGAGAGAGAGAYT	42
UBC841	GAGAGAGAGAGAGAGAYC	48
UBC842	GAGAGAGAGAGAGAGAYG	42
UBC880	GGAGAGGAGAGGAGA	45
UBC881	GGGTGGGGTGGGGTG	48
UBC888	BDBCACACACACACACA	42

引物编号	样本数	多态性位点	等位基因数	有效等位基因数(Ne)	Nei's遗传多样性(He)	Shannon信息指数(I)
UBC807	15	4	2	1.642 3	0.391 1	0.579 9
UBC809	15	6	2	1.142 1	0.124 4	0.244 9
UBC811	15	5	2	1.142 1	0.124 4	0.244 9
UBC836	15	1	2	1.142 1	0.124 4	0.244 9
UBC840	15	5	2	1.142 1	0.124 4	0.244 9
UBC841	15	3	1	1.000 0	0.103 1	0.223 5
UBC842	15	2	2	1.642 3	0.391 1	0.579 9
UBC880	15	5	2	1.300 6	0.231 1	0.392 7
UBC881	15	2	1	1.000 0	0.103 1	0.223 5
UBC888	15	7	2	1.300 6	0.231 1	0.392 7
平均	15	4	1.8	1.245 4	0.174 2	0.292 5

基于ISSR标记分析连云港地区野生灵芝种质资源遗传多样性及亲缘关系

Wild Ganoderma lingzhi Resources in Lianyungang Area: Genetic Diversity and Genetic Relationship Analysis Based on ISSR Markers

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菌株编号	GL01	GL02	GL03	GL04	GL05	GL06	GL07	GL08	GL09	GL10	GL11	GL12	GL13	GL14	GL15
GL01	1.000
GL02	0.614	1.000
GL03	0.722	0.664	1.000
GL04	0.538	0.611	0.573	1.000
GL05	0.592	0.671	0.575	0.838	1.000
GL06	0.633	0.717	0.624	0.642	0.633	1.000
GL07	0.527	0.571	0.502	0.677	0.716	0.512	1.000
GL08	0.462	0.436	0.446	0.576	0.481	0.415	0.537	1.000
GL09	0.501	0.522	0.572	0.455	0.645	0.522	0.825	0.527	1.000
GL10	0.811	0.613	0.783	0.538	0.512	0.702	0.513	0.476	0.585	1.000
GL11	0.657	0.747	0.661	0.542	0.514	0.814	0.561	0.457	0.596	0.717	1.000
GL12	0.643	0.703	0.676	0.518	0.523	0.813	0.526	0.453	0.602	0.702	0.817	1.000
GL13	0.588	0.616	0.586	0.771	0.741	0.661	0.704	0.486	0.713	0.633	0.604	0.613	1.000
GL14	0.576	0.598	0.597	0.767	0.731	0.662	0.706	0.493	0.727	0.637	0.677	0.612	0.866	1.000
GL15	0.596	0.612	0.582	0.838	0.817	0.621	0.671	0.482	0.712	0.603	0.670	0.614	0.717	0.740	1.000

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