甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2021-0726

中国农学通报 ›› 2022, Vol. 38 ›› Issue (12): 95-99.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2021-0726

所属专题：生物技术

甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价

李乔乔¹^,²(), 王宇晴¹^,², 刘蕊³, 刘乃新¹^,², 邳植¹^,², 吴则东¹^,²()

¹黑龙江大学现代农业与生态环境学院,哈尔滨 150080
²黑龙江省普通高校甜菜遗传育种重点实验室/黑龙江大学,哈尔滨 150080
³黑龙江种业技术服务中心,哈尔滨 150008

收稿日期:2021-07-29 修回日期:2021-11-05 出版日期:2022-04-25 发布日期:2022-05-18
通讯作者: 吴则东
作者简介:李乔乔,女,1998年出生,山西晋城人,硕士,主要从事甜菜遗传及分子育种的研究。通信地址：150080 黑龙江省哈尔滨市南岗区学府路74号黑龙江大学现代农业与生态环境学院,Tel：16635049472,E-mail： 18234660359@163.com。
基金资助:
财政部和农业农村部“国家现代农业产业技术体系资助(CARS-170111);国家作物种质资源库“甜菜分库运行服务”(NCGRC-2021-017);农业农村部“甜菜种质资源的收集、鉴定、编目、繁种与入库保存”(2021年);黑龙江省普通本科高等学校青年创新人才培养计划“甜菜抗旱遗传资源评价及优异基因挖掘”(UNPYSCT-2020014)

The Whole Genome SSR Primers of Sugar Beet: Screening and Evaluation

LI Qiaoqiao¹^,²(), WANG Yuqing¹^,², LIU Rui³, LIU Naixin¹^,², PI Zhi¹^,², WU Zedong¹^,²()

¹College of Modern Agriculture and Eco-Environment, Heilongjiang University, Harbin 150080
²Key Laboratory of Beet Genetics and Breeding in Heilongjiang Universities/Heilongjiang University, Harbin 150080
³Heilongjiang Seed Industry Technical Service Centre, Harbin 150008

Received:2021-07-29 Revised:2021-11-05 Online:2022-04-25 Published:2022-05-18
Contact: WU Zedong

摘要/Abstract

摘要：

旨在筛选出适合于甜菜分子生物学实验的SSR核心引物,为后续构建甜菜指纹图谱及遗传多样性分析奠定重要基础。本文利用4种不同的甜菜种质资源和4个不同的甜菜品种,对基于甜菜全基因组编码区序列设计的247对SSR引物进行了初步筛选。结果表明,247对引物中绝大多数引物没有多态性或者多态性不好,只有27对引物具有较高的多态性,这27对引物总共扩增出103条带,其中多态性条带95条,多态性比率为90.43%。这些引物多态性信息量(PIC)范围为0.549~0.983,平均每一对引物的PIC值为0.841。试验结果表明虽然经过了电子PCR的筛选,想要找到合适的甜菜SSR引物依然比较困难,说明甜菜的遗传基础比较狭窄。这27对SSR引物适用于甜菜分子标记,为甜菜品种标准化鉴定体系的大规模构建和应用奠定了重要基础。

关键词: 甜菜, 分子标记, 简单序列重复, 引物筛选, 多态性信息含量

Abstract:

The aim is to screen out SSR core primers suitable for sugar beet molecular biology experiments, and lay a foundation for subsequent construction of sugar beet fingerprint maps and genetic diversity analysis. In this paper, four different sugar beet germplasm resources and four different sugar beet varieties were used for the preliminary screening of 247 pairs of SSR primers designed based on the sequence of the whole genome coding region of sugar beet. The results showed that the majority of the 247 primer pairs had no polymorphism or poor polymorphism, while only 27 primer pairs had high polymorphism. These 27 primer pairs amplified a total of 103 bands, including 95 polymorphic bands, with a polymorphism ratio of 90.43%. The polymorphism information content (PIC) of these primers ranged from 0.549 to 0.983, with an average PIC value of 0.841 for each primer pair. The results of the experiment showed that despite the screening by e-PCR, it was still difficult to find suitable SSR primers for sugar beet, indicating that the genetic base of sugar beet was relatively narrow. These 27 pairs of SSR primers are suitable for sugar beet molecular marking, and could be a foundation for large-scale construction and application of the standardized identification system for sugar beet varieties.

Key words: sugar beet, molecular marker, simple sequence repeat, primer screening, polymorphism information content

中图分类号:

S566.3

李乔乔, 王宇晴, 刘蕊, 刘乃新, 邳植, 吴则东. 甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价[J]. 中国农学通报, 2022, 38(12): 95-99.

LI Qiaoqiao, WANG Yuqing, LIU Rui, LIU Naixin, PI Zhi, WU Zedong. The Whole Genome SSR Primers of Sugar Beet: Screening and Evaluation[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2022, 38(12): 95-99.

图/表 3

参考文献 23

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序号	材料名称	来源
1	M205	黑龙江大学
2	M206	黑龙江大学
3	M207	黑龙江大学
4	M208	黑龙江大学
5	KWS1197	KWSSAATSE
6	SV1434	SES VanderHave
7	BTS8430	美国BETASEED公司
8	MA3005	Maribohilleshög ApS

序号	材料名称	来源
1	M205	黑龙江大学
2	M206	黑龙江大学
3	M207	黑龙江大学
4	M208	黑龙江大学
5	KWS1197	KWSSAATSE
6	SV1434	SES VanderHave
7	BTS8430	美国BETASEED公司
8	MA3005	Maribohilleshög ApS

引物名称	多态条带数	总条带数	多态性百分比/%	所在的染色体	多态性信息量PIC	退火温度/℃
L7	6	6	100	Chr1	0.742	57
BQ588629	3	4	75	Chr1	0.873	57
BVV21	2	3	66.67	Chr1	0.925	60
LNX47	2	2	100	Chr2	0.940	T
L16	2	3	66.67	Chr3	0.802	T
W12	2	3	66.67	Chr4	0.983	T
SB06	4	4	100	Chr4	0.910	T
W15	3	4	66.67	Chr5	0.953	58
L35	3	3	100	Chr5	0.719	57
L37	3	3	100	Chr5	0.952	57
W19	6	6	100	Chr6	0.971	T
W21	2	2	100	Chr6	0.549	T
L47	4	4	100	Chr6	0.800	58
L48	3	3	100	Chr6	0.875	T
SSD6	2	3	66.67	Chr6	0.602	57
TC94	3	3	100	Chr6	0.860	57
L57	2	3	66.67	Chr7	0.733	T
L59	3	3	100	Chr7	0.945	T
L64	3	3	100	Chr7	0.906	T
L69	3	3	100	Chr8	0.973	T
L70	6	6	100	Chr8	0.851	T
RAD62	6	6	100	Chr8	0.955	T
W31	2	3	66.67	Chr9	0.607	T
L76	6	6	100	Chr9	0.982	T
TC55	6	6	100	未知	0.963	T
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SB15	4	4	100	未知	0.916	T

引物名称	多态条带数	总条带数	多态性百分比/%	所在的染色体	多态性信息量PIC	退火温度/℃
L7	6	6	100	Chr1	0.742	57
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L59	3	3	100	Chr7	0.945	T
L64	3	3	100	Chr7	0.906	T
L69	3	3	100	Chr8	0.973	T
L70	6	6	100	Chr8	0.851	T
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W31	2	3	66.67	Chr9	0.607	T
L76	6	6	100	Chr9	0.982	T
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TC122	4	4	100	未知	0.966	60
SB15	4	4	100	未知	0.916	T

甜菜全基因组SSR引物的筛选与评价

The Whole Genome SSR Primers of Sugar Beet: Screening and Evaluation

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