基于SSR分子标记的龙眼种质资源遗传多样性分析及其指纹图谱构建

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0009

中国农学通报 ›› 2022, Vol. 38 ›› Issue (36): 67-73.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0009

基于SSR分子标记的龙眼种质资源遗传多样性分析及其指纹图谱构建

郭栋梁(), 黄石连, 王静, 韩冬梅, 李建光()

广东省农业科学院果树研究所，农业农村部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室，广东省热带亚热带果树研究重点实验室，广州 510641

收稿日期:2022-01-04 修回日期:2022-05-02 出版日期:2022-12-25 发布日期:2023-01-17
作者简介:
郭栋梁，男，1979年出生，山西晋城人，副研究员，博士，研究方向：龙眼种质资源与遗传育种。通信地址：510640 广州市天河区五山路大丰二街80号广东省农业科学院果树研究所龙眼研究室，Tel：020-38765541，E-mail：75526719@qq.com。
基金资助:
广东省重点领域研发计划项目“广东主要水果砧木优良种质创新利用及矮化抗逆新品种的选育”(2022B0202070002); 广东省重点领域研发计划项目“不同熟期抗寒优质龙眼新品种选育”(2020B020220006)

Longan Germplasms Resources: Genetic Diversity Analysis and Fingerprint Construction Based on SSR Markers

GUO Dongliang(), HUANG Shilian, WANG Jing, HAN Dongmei, LI Jianguang()

Institute of Fruit Tree Research, Guangdong Academy of Agriculture Sciences, Key Laboratory of South Subtropical Fruit Biology and Genetic Resource Utilization, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Guangdong Provincial Key Laboratory of Tropical and Subtropical Fruit Tree Research, Guangzhou 510641

Received:2022-01-04 Revised:2022-05-02 Online:2022-12-25 Published:2023-01-17

摘要/Abstract

摘要：

旨在为龙眼资源的分子鉴定和变异分析提供技术支持。以85份龙眼种资资源为试材，利用荧光标记的毛细管电泳技术对龙眼资源进行SSR检测、群体多样性和指纹图谱分析。7对SSR引物检测到29个等位基因，每对引物的等位基因数在3~7之间，平均为4.14个。有效等位基因数(Ne)范围在1.52~3.133之间，平均2.175，有效等位基因所占比例为52.49%。群体平均Shannon遗传多样性指数(I)为0.877；观测杂合度(Ho)的变化范围为0.341~0.782，平均值为0.51，期望杂合度(He)的变化范围为0.342~0.681，平均值为0.514，He的平均值大于0.5。85份龙眼资源遗传距离范围为0.00~0.635，平均为0.299。85份龙眼资源指纹图谱的构建，为生产上同名异物或同物异名的乱象鉴定提供了有效手段。

关键词: 龙眼种质资源, 遗传多样性, SSR分子标记, 指纹图谱

Abstract:

The objective of this study is to provide technical support for molecular identification and variation analysis of longan germplasm. 85 longan germplasm resources were used as materials. SSR detection, population diversity and molecular fingerprint analysis of longan germplasms were carried out by fluorescence labeled capillary electrophoresis. A total of 29 alleles were obtained by using 7 pairs of SSR primers, and the number of alleles in each pair ranged from 3 to 7, with an average of 4.14. The number of effective alleles (Ne) ranged from 1.52 to 3.133, with an average of 2.175, and the effective alleles accounted for 52.49%. The average Shannon genetic diversity index (I) of the population was 0.877. The variation range of the observed heterozygosity (Ho) was 0.341-0.782, with an average of 0.51. The expected variation range of heterozygosity (He) was 0.342-0.681, with an average of 0.514, greater than 0.5. The genetic distance of the 85 longan germplasms was 0.00-0.635, and the average genetic distance was 0.299. The construction of fingerprints of the 85 longan germplasms can provide an effective means for the identification of many homonymous foreign bodies or homonymous anomalies in production.

Key words: longan germplasm resources, genetic diversity, simple sequence repeat (SSR) markers, fingerprint

郭栋梁, 黄石连, 王静, 韩冬梅, 李建光. 基于SSR分子标记的龙眼种质资源遗传多样性分析及其指纹图谱构建[J]. 中国农学通报, 2022, 38(36): 67-73.

GUO Dongliang, HUANG Shilian, WANG Jing, HAN Dongmei, LI Jianguang. Longan Germplasms Resources: Genetic Diversity Analysis and Fingerprint Construction Based on SSR Markers[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2022, 38(36): 67-73.

图/表 5

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编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称
1	水眼	18	后壁埔	35	九月乌	52	白花木	69	普明庵
2	旺高堂	19	水南一号	36	潘通	53	泸丰	70	红核
3	公妈本	20	立秋本	37	180813优株	54	蜀冠	71	龙优
4	青壳蕉	21	海晏	38	180814-1优株	55	0807-01优株	72	八一早
5	驼背木	22	东莞大果	39	处暑本	56	0807-02优株	73	友谊106
6	顺德十叶	23	大个圆	40	草铺种	57	0807-03优株	74	0405优株
7	卷叶	24	越南四季	41	绿珠	58	凤梨朵	75	红匣臻
8	180725优株	25	赤壳	42	180806优株	59	0807-05优株	76	红壳子
9	180723优株	26	广早	43	立冬本	60	松风本	77	0806优株
10	实生脆肉	27	可哈拉	44	实生迟熟	61	新滘一号	78	香眼
11	早白露	28	储良	45	迟熟龙眼	62	大乌圆	79	顶圆
12	青壳宝圆	29	凤梨穗	46	伊多	63	桂明	80	0731优株
13	迟龙眼	30	双孖木	47	巨龙	64	鸡肾眼	81	乌龙岭
14	新窖乌圆	31	东壁	48	河垌广眼	65	沙梨木	82	实生蜀冠
15	后巷本	32	福眼	49	0807-07优株	66	桂花味	83	古山二号
16	罗伞木	33	赐合种	50	良圆	67	沙梨肉	84	石硖
17	泸早	34	鸡蛋本	51	洲头本	68	鸡卵眼	85	台山广早

编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称
1	水眼	18	后壁埔	35	九月乌	52	白花木	69	普明庵
2	旺高堂	19	水南一号	36	潘通	53	泸丰	70	红核
3	公妈本	20	立秋本	37	180813优株	54	蜀冠	71	龙优
4	青壳蕉	21	海晏	38	180814-1优株	55	0807-01优株	72	八一早
5	驼背木	22	东莞大果	39	处暑本	56	0807-02优株	73	友谊106
6	顺德十叶	23	大个圆	40	草铺种	57	0807-03优株	74	0405优株
7	卷叶	24	越南四季	41	绿珠	58	凤梨朵	75	红匣臻
8	180725优株	25	赤壳	42	180806优株	59	0807-05优株	76	红壳子
9	180723优株	26	广早	43	立冬本	60	松风本	77	0806优株
10	实生脆肉	27	可哈拉	44	实生迟熟	61	新滘一号	78	香眼
11	早白露	28	储良	45	迟熟龙眼	62	大乌圆	79	顶圆
12	青壳宝圆	29	凤梨穗	46	伊多	63	桂明	80	0731优株
13	迟龙眼	30	双孖木	47	巨龙	64	鸡肾眼	81	乌龙岭
14	新窖乌圆	31	东壁	48	河垌广眼	65	沙梨木	82	实生蜀冠
15	后巷本	32	福眼	49	0807-07优株	66	桂花味	83	古山二号
16	罗伞木	33	赐合种	50	良圆	67	沙梨肉	84	石硖
17	泸早	34	鸡蛋本	51	洲头本	68	鸡卵眼	85	台山广早

引物	引物序列信息(F)	引物序列信息(R)
LY2	CATTGGAGCAGCCCTTTTAG	CATCGTTTTGCACATTCCAG
LY3	AAAATCGAACGGCTCACATC	CGTTTAGAGGAGGTGGTGGA
LY4	TGCTAAAGGAACCAGGCATT	TGCTTTTGACACCTCACTCG
LY6	ATCACAGCCATTTCGGAGTC	CCCTTCCTGCTTTTTGTTTG
LY7	GGGTTGTGGCAACAGAGTTT	TGGCTCCAAGGATCGAATAC
LY8	ATTACACCAGAGGGAAGGGG	CCCACCATCCACCACATAAT
LY9	GAGTTCGCAGAAACGAAACC	GCGCCCTTCTCTCTACTCAA

引物	引物序列信息(F)	引物序列信息(R)
LY2	CATTGGAGCAGCCCTTTTAG	CATCGTTTTGCACATTCCAG
LY3	AAAATCGAACGGCTCACATC	CGTTTAGAGGAGGTGGTGGA
LY4	TGCTAAAGGAACCAGGCATT	TGCTTTTGACACCTCACTCG
LY6	ATCACAGCCATTTCGGAGTC	CCCTTCCTGCTTTTTGTTTG
LY7	GGGTTGTGGCAACAGAGTTT	TGGCTCCAAGGATCGAATAC
LY8	ATTACACCAGAGGGAAGGGG	CCCACCATCCACCACATAAT
LY9	GAGTTCGCAGAAACGAAACC	GCGCCCTTCTCTCTACTCAA

引物	等位基因数(Na)	有效等位基因数(Ne)	Shannon’s多样性指数(I)	观测杂合度(Ho)	期望杂合度(He)	多态信息量(PIC)
LY2	7	2.655	1.193	0.627	0.623	0.559
LY3	3	1.986	0.716	0.47	0.496	0.379
LY4	6	2.269	1.099	0.585	0.559	0.516
LY6	3	1.669	0.616	0.381	0.401	0.325
LY7	3	1.52	0.55	0.386	0.342	0.288
LY8	4	3.133	1.249	0.782	0.681	0.627
LY9	3	1.991	0.718	0.341	0.498	0.38
合计	29	15.223	6.141	3.572	3.6	3.074
平均	4.143	2.175	0.877	0.510	0.514	0.439

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水眼	0011000	010	100000	101	001	1010	100	实生迟熟	0110000	110	010100	001	011	1100	110
旺高堂	0011000	000	000000	000	000	1100	000	迟熟龙眼	0010100	100	010000	001	001	1100	110
公妈本	0011000	010	010000	001	001	1001	110	伊多	1001000	010	001010	001	101	0100	010
青壳蕉	0011000	110	000001	001	001	0110	110	巨龙	0001000	010	010000	101	001	0010	110
驼背木	0001000	110	010001	001	011	1001	110	河垌广眼	0010010	010	000101	101	001	0110	010
顺德十叶	0010100	100	010000	101	011	0100	110	0807-7优株	0011000	000	011000	101	011	0000	010
卷叶	0011000	100	010000	101	001	0101	100	良圆	0001000	010	010000	001	001	1010	010
20180725优株	0001000	110	100000	101	001	0110	010	洲头本	0010000	110	011000	001	001	0000	100
20180723优株	0011000	010	010000	100	001	0101	100	白花木	0000010	010	100001	101	001	0100	010
实生脆肉	0001100	110	001001	101	001	0100	110	泸丰	0011000	100	000001	001	011	0000	010
早白露	0000100	110	000000	001	011	1010	110	实生蜀冠	0011000	100	010001	001	001	0000	110
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后巷本	0000000	010	010000	001	001	0110	010	凤梨朵	0001000	100	011000	001	001	1100	010
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后壁埔	0011000	110	010000	001	001	1010	010	新滘一号	0001000	010	011000	100	011	1010	100
水南一号	0011000	110	010000	101	001	0110	010	大乌圆	0001000	010	010000	001	011	0101	010
立秋本	0001000	110	010000	001	001	0110	010	桂明	0011000	110	010001	101	011	1010	010
海晏	0001100	110	011000	101	001	0100	100	鸡肾眼	0011000	010	010001	101	011	1100	010
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大个圆	1000000	010	000000	011	011	0000	000	桂花味	0011000	110	010001	101	011	0010	010
越南四季	0001001	101	010000	101	010	0100	010	沙梨肉	0001100	110	011000	101	011	0101	010
赤壳	0010100	100	011000	001	001	0101	110	鸡卵眼	0011000	110	100001	101	001	0000	010
广早	0011000	100	010000	100	001	0101	100	普明庵	0011000	010	010000	101	001	0110	110
可哈拉	0010100	100	010000	100	001	1010	100	红核	0011000	010	010000	001	010	0110	110
储良	0001000	110	010001	101	001	0010	100	龙忧	0000000	010	011000	001	001	1010	100
凤梨穗	0001000	100	011000	001	001	1100	110	八一早	0011000	010	010000	001	011	1010	110
双孖木	0011000	110	011000	001	001	0110	110	友谊106	0001000	110	011000	001	001	0110	110
东壁	0010000	110	010001	001	001	0110	110	0405优株	0001100	110	011000	101	011	0100	110
福眼	0011000	010	010000	101	001	1010	010	红匣臻	0010000	010	011000	001	011	1001	100
赐合种	0011000	110	010001	101	001	0110	010	红核子	0010000	010	011000	001	001	1010	100
鸡蛋本	0011000	100	010000	001	001	1100	110	806	0001000	110	010001	001	011	0000	100
九月乌	0011000	010	011000	001	001	0110	100	香眼	0011000	110	010001	001	011	1010	100
潘通	1010000	010	011000	001	011	0100	011	顶圆	0010000	110	010001	001	011	0110	110
20180813优株	0011000	110	010000	001	011	0110	010	0731优株	0001000	110	010001	101	011	0110	110
20180814-1优株	0001000	010	011000	001	001	0101	010	乌龙岭	0001000	010	010000	001	011	0110	010
处暑本	0001000	010	011000	101	001	0110	100	蜀冠	0010000	100	010000	001	011	0101	110
草铺种	0011000	100	011000	001	011	1100	010	古山二号	0010100	110	011000	001	011	1100	100
绿珠	0011000	110	010000	101	001	0110	000	石硖	0001100	100	011000	101	001	0101	100
20180806优株	0001000	110	011000	101	001	0110	110	台山广早	0011000	100	010000	100	001	0101	100
立冬本	0010000	110	011000	101	001	0010	100

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