核桃黑斑病是核桃生产中最严重的细菌性病害,化学防治易造成污染与抗性问题,亟需绿色高效生防资源。菌株WMF106是对核桃黑斑病菌具有较强拮抗活性的暗蓝色链霉菌(Streptomyces caeruleatus)。为进一步了解该菌株的生防遗传基础,解析其防治核桃黑斑病的分子机理,本研究对菌株WMF106进行全基因组测序与功能分析。采用二代+三代测序技术组装基因组,进行基因预测、功能注释及次级代谢产物合成基因簇挖掘。结果表明:菌株WMF106基因组由1条染色体(染色体基因组总长度10,377,577 bp,GC含量为71.16%)和2个质粒组成,共预测编码基因9253个;在NR、eggNOG、Swiss-port、KEEG、GO、CAZy、TCDB、CARD、PHI、VFDB数据库中注释到的基因分别为8981、7933、5787、2979、6426、510、1319、142、7和1507个。共鉴定出36个次级代谢产物合成基因簇,其中10个与已知抗菌物质基因簇同源性达90%~100%,包括覆盖霉素、1,3,6,8-四羟基萘、铁载体coelichelin、ε-聚赖氨酸等。基因组不含典型毒力因子,生物安全性高。本研究明确了菌株WMF106的遗传背景与生防潜力,为挖掘新型抗菌活性物质、研发核桃黑斑病生物防治制剂提供了重要基因资源与理论支撑。