MLST技术分析中国烟草野火病菌遗传多样性

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0033

中国农学通报 ›› 2024, Vol. 40 ›› Issue (9): 139-144.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0033

所属专题：生物技术；植物保护

MLST技术分析中国烟草野火病菌遗传多样性

林凡力¹(), 彭建斐², 邓泽征², 郭璐璐¹, 姚廷山¹, 马皓月¹, 马冠华¹()

¹ 西南大学植物保护学院，重庆 400716
² 湖南省烟草公司怀化市公司，湖南怀化 418000

收稿日期:2023-01-10 修回日期:2023-05-15 出版日期:2024-03-25 发布日期:2024-03-22
通讯作者:
马冠华，男，1972年出生，重庆铜梁人，副教授，博士，主要从事植物病原学及病害控制研究。通信地址：400716 重庆市北碚区天生路2号西南大学植物保护学院，Tel：023-68251293，E-mail：nikemgh@swu.edu.cn。
作者简介:
林凡力，女，1994年出生，四川绵阳人，硕士，主要从事植物病理学研究。通信地址：400716 重庆市北碚区天生路2号西南大学植物保护学院，Tel：023-68251293，E-mail：815270128@qq.com。
基金资助:
中国烟草总公司湖南省公司怀化市科技项目(JSCX-2021-03)

Genetic Diversities of Pseudomonas syringae pv. tabaci in China: Analysis with MLST Technology

LIN Fanli¹(), PENG Jianfei², DENG Zezheng², GUO Lulu¹, YAO Tingshan¹, MA Haoyue¹, MA Guanhua¹()

¹ College of Plant Protection, Southwest University, Chongqing 400716
² Huaihua Tobacco Company of Hunan Tobacco Corporation, Huaihua, Hunan 418000

Received:2023-01-10 Revised:2023-05-15 Published:2024-03-25 Online:2024-03-22

摘要/Abstract

摘要：

明确烟草野火病菌多位点序列分型(MLST)情况，能为制订有效防治措施和选育品种提供强力技术支撑，并为病菌的生物学特性研究提供新视角。从湖南、重庆等5个产烟省（市）烟草生产区采集烟草野火病样，组织分离并鉴定，应用MLST分型，筛选管家基因，分析供试菌株遗传多样性。结果表明，从湖南等5个产烟省（市）分离获得烟草野火病菌144株，筛选得到Pgi、Pfk和Gap 3个管家基因，共获得92个ST型。以Pgi基因为标准，供试菌株可分出亚群5个，单一群4个，亚群1和亚群2菌株数量较多，亚群1菌株来自5个产烟省（市），此亚群的ST43属于中国主要种群。说明中国烟草野火病菌遗传多态性丰富，烟草品种与病菌组群间不存在关联性。

关键词: 烟草野火病, 丁香假单胞杆菌烟草致病变种, 遗传多样性, 多位点序列分型, 亚群

Abstract:

The objectives of this study were to clarify the multi locus sequence typing (MLST) of tobacco wildfire pathogen, and provide strong technical support for formulating effective control measures and breeding varieties, and a new perspective for biological characteristics study of the pathogen. Wildfire disease samples were collected from five tobacco production areas in Hunan, Chongqing and other provinces (Municipalities). And then tissue isolation and identification were carried out. MLST typing was applied to screen housekeeping gene, and the genetic diversity of the tested strains was analyzed. The results showed that 144 strains of tobacco wildfire pathogen were isolated from five tobacco producing provinces (Municipalities). Three housekeeping gene, Pgi, Pfk, and Gap were screened, and a total of 92 ST genotypes were obtained. Using the Pgi gene as the standard, the tested strains could be divided into 5 subgroups, 4 single groups, with a large number of subgroup 1 and subgroup 2 strains. The subgroup 1 strains came from 5 tobacco producing provinces (Municipalities), and ST43 of this subgroup belonged to the main population in China. It indicated that the genetic polymorphism of tobacco wildfire pathogens in China was rich, and there was no correlation between tobacco varieties and pathogen groups.

Key words: tobacco wildfire disease, clove pseudomonas tobacco pathogenic variant, genetic diversity, multi locus sequence typing, subgroup

林凡力, 彭建斐, 邓泽征, 郭璐璐, 姚廷山, 马皓月, 马冠华. MLST技术分析中国烟草野火病菌遗传多样性[J]. 中国农学通报, 2024, 40(9): 139-144.

LIN Fanli, PENG Jianfei, DENG Zezheng, GUO Lulu, YAO Tingshan, MA Haoyue, MA Guanhua. Genetic Diversities of Pseudomonas syringae pv. tabaci in China: Analysis with MLST Technology[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2024, 40(9): 139-144.

图/表 6

参考文献 26

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基因	功能	引物序列(5'to3')	退火温度/℃
Gap	甘油醛-3-磷酸脱氢酶	gapA-F: CGCCATYCGCAACCCG gapA-R: CCCAYTCGTTGTCGTACCA	62
Pgi	磷酸葡萄糖异构酶	Pgi-F: TGCAGGACTTCAGCATGCGCGAAGC Pgi-R: CGAGCCGCCCTGSGCCAGGTACCAG	60
Cts	柠檬酸合酶	Cts-F: AGTTGATCATCGAGGGCGCWGCC Cts-R: TGATCGGTTTGATCTCGCACGG	56

基因	功能	引物序列(5'to3')	退火温度/℃
Gap	甘油醛-3-磷酸脱氢酶	gapA-F: CGCCATYCGCAACCCG gapA-R: CCCAYTCGTTGTCGTACCA	62
Pgi	磷酸葡萄糖异构酶	Pgi-F: TGCAGGACTTCAGCATGCGCGAAGC Pgi-R: CGAGCCGCCCTGSGCCAGGTACCAG	60
Cts	柠檬酸合酶	Cts-F: AGTTGATCATCGAGGGCGCWGCC Cts-R: TGATCGGTTTGATCTCGCACGG	56

MLST技术分析中国烟草野火病菌遗传多样性

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