Genetic Diversity Analysis with SCoT and ISSR Marker of Wheat Germplasm at Home and Abroad

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2025-0815

Abstract

Abstract:

The study aims to analyze the diversity of DNA level of introduced wheat germplasm resources from home and abroad and reveal the genetic relationship between different wheat germplasms, and further provide abundant materials for wheat genetic improvement. The cluster analysis and principal component analysis were conducted for 48 wheat germplasms using SCoT and ISSR molecular markers. The mean number of band amplified by a single primer for SCoT marker or ISSR marker was 3.50. The mean number of effective alleles of SCoT primers and ISSR primers were 1.66 and 1.69, respectively. On the Shannon’s information index and Nei’s gene diversity index, the values of SCoT primer and ISSR primer were 0.57 and 0.39 respectively. The genetic similarity coefficient between wheat germplasm varied from 0.1703 to 0.9849 with an average value of 0.5580, which indicated that the genetic diversity of the tested wheat germplasms was rich. Based on Nei’s genetic similarity coefficient, 48 wheat germplasms could be divided into five groups. The results of principal component analysis were basically consistent with those of cluster analysis. There is the abundant genetic diversity among wheat germplasm. According to Nei’s genetic similarity coefficient between wheat germplasm, 48 wheat germplasm could be divided into five groups.

Key words: wheat germplasm, cluster analysis, principal component analysis, SCoT, ISSR

CLC Number:

S512.1小麦

WANG Erwei, WANG Jiansheng, MA Aichu, ZHANG Xiaoru, HUANG Yamin, CHENG Guoqiang, XIAO Wanlu, GAO Chan. Genetic Diversity Analysis with SCoT and ISSR Marker of Wheat Germplasm at Home and Abroad[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2026, 42(19): 67-74.

Figures/Tables 9

References 27

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编号	种质名称	来源地	编号	种质名称	来源地
1	百农64	中国河南	25	百农416	中国河南
2	周麦9号	中国河南	26	洛31	中国河南
3	周麦13	中国河南	27	泰禾麦1号	中国河南
4	周麦8425B	中国河南	28	浚麦35	中国河南
5	开麦21	中国河南	29	洛麦23	中国河南
6	漯珍1号	中国河南	30	焦麦266	中国河南
7	内乡188	中国河南	31	汶农14号	中国山东
8	矮优26-2	中国河南	32	济麦22	中国山东
9	长葛黑粒	中国河南	33	宁麦9号	中国江苏
10	绿麦1号	中国山东	34	10EW28	中国江苏
11	苏北麦1号	中国江苏	35	10EW137	中国江苏
12	济南17	中国山东	36	周18	中国河南
13	济麦20	中国山东	37	04中38	中国河南
14	陕225	中国河南	38	豫麦34-9901	中国河南
15	西农979	中国陕西	39	郑9023-8	中国河南
16	Baxter	澳大利亚	40	郑103	中国河南
17	CD87	澳大利亚	41	Calingiri	澳大利亚
18	kukri	澳大利亚	42	郑麦366	中国河南
19	法国麦	法国	43	矮抗58	中国河南
20	Belero	法国	44	ZM366	中国河南
21	Fundulea900	罗马尼亚	45	藁城8901	中国河北
22	Tincurrin	墨西哥	46	新麦26	中国河南
23	B08	法国	47	西农979	中国陕西
24	B20	法国	48	郑麦9023	中国河南

编号	种质名称	来源地	编号	种质名称	来源地
1	百农64	中国河南	25	百农416	中国河南
2	周麦9号	中国河南	26	洛31	中国河南
3	周麦13	中国河南	27	泰禾麦1号	中国河南
4	周麦8425B	中国河南	28	浚麦35	中国河南
5	开麦21	中国河南	29	洛麦23	中国河南
6	漯珍1号	中国河南	30	焦麦266	中国河南
7	内乡188	中国河南	31	汶农14号	中国山东
8	矮优26-2	中国河南	32	济麦22	中国山东
9	长葛黑粒	中国河南	33	宁麦9号	中国江苏
10	绿麦1号	中国山东	34	10EW28	中国江苏
11	苏北麦1号	中国江苏	35	10EW137	中国江苏
12	济南17	中国山东	36	周18	中国河南
13	济麦20	中国山东	37	04中38	中国河南
14	陕225	中国河南	38	豫麦34-9901	中国河南
15	西农979	中国陕西	39	郑9023-8	中国河南
16	Baxter	澳大利亚	40	郑103	中国河南
17	CD87	澳大利亚	41	Calingiri	澳大利亚
18	kukri	澳大利亚	42	郑麦366	中国河南
19	法国麦	法国	43	矮抗58	中国河南
20	Belero	法国	44	ZM366	中国河南
21	Fundulea900	罗马尼亚	45	藁城8901	中国河北
22	Tincurrin	墨西哥	46	新麦26	中国河南
23	B08	法国	47	西农979	中国陕西
24	B20	法国	48	郑麦9023	中国河南

引物名称	引物序列	退火温度/℃
SCoT1	CAACAATGGCTACCACCA	55
SCoT2	CAACAATGGCTACCACCC	55
SCoT3	CAACAATGGCTACCACCG	55
SCoT5	CAACAATGGCTACCACGC	55
SCoT7	ACGACATGGCGACCACGC	55
SCoT8	ACCATGGCTACCACCGAC	57
SCoT9	ACCATGGCTACCACCGGC	55
SCoT10	ACCATGGCTACCACCGCG	56
SCoT11	ACGACATGGCGACCCACA	55
SCoT12	CACCATGGCTACCACCAT	55
SCoT13	ACCATGGCTACCACCGGG	55
SCoT14	ACCATGGCTACCACCGTC	56
SCoT15	CCATGGCTACCACCGGCC	55
SCoT16	CCATGGCTACCACCGCAG	55
SCoT17	ACCATGGCTACCACCGCA	55
ISSR2	GAGAGAGAGAGAGAGACG	55
ISSR3	GAGAGAGAGAGAGAGA(CT)C(AG)	55
ISSR4	CACACACACACACACATG	55
ISSR6	GAGAGAGAGAGAGAGAGT	55
ISSR7	AGAGAGAGAGAGAGAG(CT)T	55
ISSR9	GAGAGAGAGAGAGAGAC	55
ISSR12	AGAGAGAGAGAGAGAGT	55
ISSR17	GTGTGTGTGTGTGTGTT	55

引物名称	引物序列	退火温度/℃
SCoT1	CAACAATGGCTACCACCA	55
SCoT2	CAACAATGGCTACCACCC	55
SCoT3	CAACAATGGCTACCACCG	55
SCoT5	CAACAATGGCTACCACGC	55
SCoT7	ACGACATGGCGACCACGC	55
SCoT8	ACCATGGCTACCACCGAC	57
SCoT9	ACCATGGCTACCACCGGC	55
SCoT10	ACCATGGCTACCACCGCG	56
SCoT11	ACGACATGGCGACCCACA	55
SCoT12	CACCATGGCTACCACCAT	55
SCoT13	ACCATGGCTACCACCGGG	55
SCoT14	ACCATGGCTACCACCGTC	56
SCoT15	CCATGGCTACCACCGGCC	55
SCoT16	CCATGGCTACCACCGCAG	55
SCoT17	ACCATGGCTACCACCGCA	55
ISSR2	GAGAGAGAGAGAGAGACG	55
ISSR3	GAGAGAGAGAGAGAGA(CT)C(AG)	55
ISSR4	CACACACACACACACATG	55
ISSR6	GAGAGAGAGAGAGAGAGT	55
ISSR7	AGAGAGAGAGAGAGAG(CT)T	55
ISSR9	GAGAGAGAGAGAGAGAC	55
ISSR12	AGAGAGAGAGAGAGAGT	55
ISSR17	GTGTGTGTGTGTGTGTT	55

引物	扩增总条带数	多态性条带数	多态性条带百分比	有效等位基因数	Nei’s基因多样性指数H	Shannon’s信息指数I
SCoT1	4	3	75.00	1.88	0.47	0.66
SCoT2	3	2	66.67	1.72	0.40	0.59
SCoT3	4	4	100.00	1.69	0.38	0.56
SCoT5	3	3	100.00	1.75	0.43	0.62
SCoT7	5	5	100.00	1.61	0.34	0.51
SCoT8	2	2	100.00	1.75	0.42	0.62
SCoT9	3	3	100.00	1.73	0.40	0.59
SCoT10	3	3	100.00	1.59	0.35	0.52
SCoT11	5	5	100.00	1.61	0.37	0.56
SCoT12	3	3	100.00	1.59	0.35	0.53
SCoT13	3	3	100.00	1.62	0.38	0.57
SCoT15	4	4	100.00	1.58	0.36	0.54
SCoT16	4	3	75.00	1.61	0.37	0.55
SCoT17	3	2	66.67	1.56	0.34	0.52
平均	3.50	3.21	91.67	1.66	0.38	0.57