白羊草转录组和差异性表达分析

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb18060105

中国农学通报 ›› 2018, Vol. 34 ›› Issue (35): 111-119.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb18060105

所属专题：生物技术

白羊草转录组和差异性表达分析

方志红,石永红,吴欣明,任彬琳,张燕,贾会丽,郭璞,池惠武,李莲芬,王运琦,董宽虎,刘建宁

山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西省农业科学院畜牧兽医研究所,山西农业大学动物科技学院,山西省农业科学院畜牧兽医研究所

收稿日期:2018-06-25 修回日期:2018-11-23 接受日期:2018-09-25 出版日期:2018-12-16 发布日期:2018-12-16
通讯作者: 刘建宁
基金资助:
现代农业产业技术体系专项资金(CARS-35-25)；物种品种种质资源保护项目“牧草种质资源更新繁殖、评价鉴定”(131721301354051034)；山西省农业科学院博士基金“白羊草BiNAC 编码基因的功能鉴定及分析”(YBSJJ1507)；农业技术试验示范专项经费“山西省2016 年国家草品种区域试验”(13162130106232053)。

Analysis of Transicriptomes and Differential Expression in Bothriochloa ischaemum

Received:2018-06-25 Revised:2018-11-23 Accepted:2018-09-25 Online:2018-12-16 Published:2018-12-16

摘要/Abstract

摘要： [目的]获得白羊草(Bothriochloa ischaemum)转录组数据库和差异表达基因。[方法]选取对照组和干旱胁迫组作为受试材料,采用Illumina HiSeq 4000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。[结果]共获得25.23 Gb数据(118580条Unigenes)。将所得到的Unigenes与基因库数据进行比较,对Unigenes进行功能注释,共50070条Unigenes获得功能注释。白羊草转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程三大类共54个分支。将Unigene与KOG数据库进行比对,根据其功能大致可分为25类。KEGG数据库作为参考,依据代谢途径可将Unigene定位到116个代谢途径分支。通过差异性分析发现,差异性表达基因共3987条,其中上调基因占39.45%,下调基因占60.55%,相差较大。[结论]本研究首次对白羊草转录组进行了分析,为白羊草分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。

关键词: 华北落叶松, 华北落叶松, 目标树中心样圆法, 抚育间伐, 材积, 生物量, 胸径

Abstract: In order to obtain the transcriptome database and differentially expressed genes of Bothriochloa ischaemum, transcriptome sequencing of the control group and drought stress group was performed with Illumina HiSeq 4000 high-throughput sequencing technology. A total of 118580 unigenes were obtained from the assembly analysis. All unigenes were compared with the gene database, and the functional annotations were performed on unigenes, about 50070 unigenes were got. According to the function of GO, unigenes in the transcriptome of B. ischaemum could be roughly divided into three categories: cellular component, molecular function and biological process, with a total of 54 branches. All unigenes were compared with the KOG database; there were 1586 unigenes which were classi fi ed to 25 terms. Using the KEGG database as a reference, unigenes could be mapped to 116 classes depending on the metabolic pathway. Through the differentially expressed analysis, we got 3987 differentially expressed genes, the up-regulated genes accounted for 39.45%, the down-regulated genes accounted for 60.55%. This study provides a valuable genome data source for molecular biology research of B. ischaemum.

中图分类号:

方志红,石永红,吴欣明,任彬琳,张燕,贾会丽,郭璞,池惠武,李莲芬,王运琦,董宽虎,刘建宁. 白羊草转录组和差异性表达分析[J]. 中国农学通报, 2018, 34(35): 111-119.

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