研究旨在明确侵染北京丁香(Syringa lindl)并引起褪绿、花叶、卷叶症状的病毒种类，以及其基因组分子特征和进化关系。利用小RNA深度测序和RT-PCR技术对病样进行检测分析。深度测序结果显示病样中检测到水蜡A病毒(ligustrum virus A，LVA)并获得该病毒序列全长。北京丁香分离物LVA-NXY的基因组序列全长8488 nt，北京丁香分离物LVA-HLG的基因组序列全长8478 nt。序列一致性分析表明，LVA-NXY、LVA-HLG基因组序列与中国沈阳市的东北连翘分离物LVA-DBLQ基因组序列相似度最高。未在已报道的7个LVA分离物中检测到重组事件。基于基因组序列的系统发育树显示LVA-NXY、LVA-HLG与LVA-DBLQ、沈阳紫丁香分离物LVA-DX共聚同一分支中，显示出较近的亲缘关系。本研究报道了侵染北京丁香的水蜡A病毒基因组的全长序列，探究了病毒基因组分子特征及进化关系，为该病毒遗传变异研究及丁香病毒病的防控提供理论依据。
本研究旨在筛出甜菜中响应干旱胁迫的重要调控基因，为中国选育抗旱甜菜品种提供参考。以糖用甜菜‘KWS2314’种子为试材，对其萌发过程中的3个阶段进行转录组测序。通过WGCNA分析测得出关键基因模块。对差异表达基因进行GO分析后，发现植物应对干旱胁迫时，其差异基因的分子功能、细胞组分和生物学过程发生变化。在CK0-vs-T1，CK0-vs-T2，CK1-vsT1和CK1-vss-T2比较中发现分子功能的催化活性基因数量、细胞组成的细胞基因数量和生物学过程的代谢过程基因数量最多。在KEGG富集分析中，发现对照组CK0，CK1，CK2和处理组T1，T2之间的通路显著富集。频率最高的两种途径是代谢途径通路和次级代谢产物的生物合成通路，这表明了葡萄糖、脂肪、蛋白质的代谢和干旱有着密切联系。此项工作阐明了甜菜种子在缺水环境下萌发的分子机制，为植物抗旱研究奠定了理论依据。
本研究旨在明确植物组培过程中常见污染杂菌的种类，评估抑菌剂对污染杂菌的抑菌效果，并筛选出有效的抑菌药剂。以6种组培室常见污染杂菌菌株为试材，分离纯化后通过16S rDNA或ITS序列同源性分析结合系统发育树分析进行分类鉴定。采用抑菌圈法测定评价5种抑菌剂对3种细菌的抑菌效果，采用生长速率法测定评价5种抑菌剂对3种真菌的抑菌效果。结果显示，3种污染细菌分别为副氧化微杆菌、抗辐射不动杆菌、鞘氨醇单胞菌，3种污染真菌分别为杂色曲霉、枝孢内生菌、聚多曲霉。抑菌试验结果表明0.5 g/L 1,2-苯并异噻唑啉-3-酮和0.5 g/L烯酰·锰锌对6种供试菌均有较好的抑制作用；0.5 mL/L异噻唑啉酮对抗辐射不动杆菌XJ-2、鞘氨醇单胞菌XJ-3、枝孢内生菌ZJ-2、聚多曲霉ZJ-3、杂色曲霉ZJ-1有较好抑制作用。0.05 g/L腐霉·福美双能有效抑制3种真菌生长，0.5 g/L腐霉·福美双对副氧化微杆菌XJ-1、鞘氨醇单胞菌XJ-3具有一定的抑菌作用。溴硝醇对细菌生长几乎没有抑制作用，0.5 g/L溴硝醇对真菌有一定的抑制作用。综上所述，1,2-苯并异噻唑啉-3-酮、烯酰·锰锌、异噻唑啉酮具有较强和广谱的抑菌作用，作为抑菌剂在控制植物组培污染方面有较好的应用前景。
为了解有色稻米及其相关基因的研究进展，归纳了有色稻米的功能，分析了Ra、Rc、Rd、OsC1和OsB2基因对有色稻米性状的影响。这些基因通过影响花青素和原花青素的积累，决定了米粒的红、黑、紫等颜色。研究指出了相关稻米颜色基因在水稻育种中的局限性，目前的研究还不够系统，导致无法充分利用这些基因的多样性，也不能证明这些基因在水稻其他性状上的作用。笔者认为可以采用全基因组关联分析和群体遗传学方法，系统分析这些基因在不同水稻品种中的变异和表达模式，为水稻遗传改良提供数据支持，也可以利用遗传学方法和现代生物技术手段探索这些基因在水稻其他性状中的功能，为水稻的多性状改良提供理论依据。
为更加科学、快捷、精准地开展梨品种资源鉴定工作，文章综述了SSR指纹图谱身份证技术，回顾了该项技术在梨品种鉴定方面的研究进展和应用情况，详细分析了当前这项技术在简便性、可扩充性、标记数据的采集与分析等方面存在的问题，针对上述问题介绍了采用更高效的编码方法、进行数据扩充、使用荧光标记毛细管电泳检测技术等改进的方向，并对今后SSR指纹图谱身份证技术结合新一代测序技术，实现更加快速、准确、高效的梨品种鉴定工作等方面进行了展望。
本研究旨在开发利用西藏野生蕈食用菌资源，通过对采集自波密县扎木镇编号为X21108的菌株进行分离鉴定，采用ITS序列分析并运用最大似然法构建系统发育树，确定该菌株为肉色隔孢伏革菌(Peniophora incarnata)。以菌丝生长速度作为指标，对菌株最适碳源、氮源、pH和温度4个方面进行探究，以研究该菌株的生物学特性。结果表明，在生物学特性方面，X21108菌株菌丝体最适碳源为蔗糖，该碳源条件下菌丝生长速度达到6.93 ± 0.38 mm/d；以硝酸铵为氮源时，肉色隔孢伏革菌菌丝生长速度最快，达到7.35 ± 0.22 mm/d；最佳pH和温度分别5.0和25℃，菌丝生长速度分别为6.05 ± 0.42 mm/d和8.22 ± 0.54 mm/d。生物学特性研究表明肉色隔孢伏革菌X21108是生长环境偏酸性的中温型菌株。在驯化方面，在组成为粗木屑40%、细木屑20%、棉籽壳20%、麦麸18%、石灰1%、蔗糖1%的培养料上栽培，培养10 d形成原基，50 d可出菇，获得肉色隔孢伏革菌子实体。综上所述，本研究对西藏野生蕈菌资源进行分子鉴定、生物学特性研究和驯化栽培，对野生食用菌资源的开发利用具有重要的现实意义。
本研究探讨杏树发芽过程中对低温积累的需求，分析全球变暖导致的暖冬现象对杏产量的影响。以中国南方优质杏品种‘海棠红’及其芽变变种‘早艳’为研究对象，通过4℃处理550 h的转录组学分析，鉴定出3124个差异表达基因(DEGs)，其中多与植物激素和蛋白质去磷酸化有关。通过观察低温处理下2个品种的枝条颜色发现，对低温需求量越低，品种耐寒性越强。研究表明，‘早艳’相较于‘海棠红’具有更低的低温需求，2个品种对低温需求量的差异可能与植物激素水平、转录后修饰有关。同时，2个品种表现出的可变剪切差异也可能与它们需冷量之间的差异有关。研究结果可为缓解气候变暖对杏产量的影响提供参考。
NAC（包括NAM、ATAF和CUC亚家族）转录因子在植物的生长、发育以及对各种非生物和生物胁迫的响应中发挥重要作用。本研究旨在鉴定和分析穿心莲中的NAC基因家族，通过生物信息学方法鉴定了穿心莲中的NAC基因家族，并对其理化性质、进化关系、顺式作用元件、染色体位置分布、共线性以及表达谱进行了详细分析。共鉴定出91个穿心莲NAC基因，蛋白长度为139~715 aa，不均匀分布在染色体两端；亚细胞定位预测发现绝大多数基因定位在细胞核中；通过和拟南芥NAC蛋白构建进化树，将其分为16个亚家族；物种内共线性分析发现穿心莲NAC中有4组串联复制和36对片段复制基因对；基于亚家族功能保守性，顺式作用元件分析以及干旱胁迫和MeJA处理转录组分析，挖掘了响应穿心莲干旱和穿心莲内酯合成的NAC基因。本研究对穿心莲的NAC基因家族进行了鉴定和分析，预测了干旱和内酯合成相关基因，为后续NAC基因功能研究奠定了基础。
柑橘青霉病是柑橘类水果储运期的常发病害，造成的经济损失严重。伊枯草菌素具有防治该病害的潜力，但是产量较低。本研究对枯草芽胞杆菌NIP3产生伊枯草菌素的3个关键因素进行了响应面优化，并分析了伊枯草菌素在体内和体外对意大利青霉的防治效果。响应面分析结果表明，枯草芽胞杆菌NIP3产生伊枯草菌素的最佳葡萄糖浓度为30 g/L、L-谷氨酸钠浓度为6 g/L、温度为33℃。在此条件下，伊枯草菌素产量达到721.33±3.72 mg/L，较优化前提高了51.59%。检测方法对伊枯草菌素的体外防治效果有显著的影响。利用杯碟法测得伊枯草菌素对意大利青霉生长的最低有效浓度为312.5 μg/mL。而利用凹玻片法和菌丝体干重法测得的伊枯草菌素抑制意大利青霉孢子萌发和菌丝体生长的有效中浓度(EC50)分别为29.11 μg/mL和22.80 μg/mL。果实体内防效试验表明，10 mg/mL的伊枯草菌素对柑橘青霉病的预防效果好于治疗效果，且发病抑制率可以达到100%。本研究为开发柑橘青霉病生物防治剂提供了科学依据。
通过筛选多抗中果番茄资源，为番茄抗病育种提供材料基础。以课题组引进的28个中果番茄品种为材料，每个品种选择8~10株分离单株的幼嫩叶片，采用五引物扩增受阻突变体系(PARMS)法对其233份分离单株进行12种病害的17个抗性基因检测，分别为黄化曲叶病毒病抗性基因Ty-1、Ty-5，烟草花叶病毒抗病基因Tm-2a，根结线虫抗性基因Mi1.2、Mi2.3，根腐病抗性基因Frl，叶霉病抗性基因Cf-5、Cf-9，灰叶斑病抗性基因Sm，枯萎病抗性基因I-2，晚疫病抗性基因Ph-3，青枯病抗性基因Bwr12、Bwr6，细菌性斑点病抗性基因Pto，疮痂病抗性基因Rx4，黄萎病抗性基因Ve1、Ve2。结果显示，在233份分离单株中含有抗性基因Ve1、Sm、Ve2、Mi1.2的分离单株较多，分别为222、215、198、194份。经统计含有7、8个抗性基因的分离单株较多，分别为55、50份；含8个及以上抗性基因的共140份，占比60%。综合抗性最终筛选到3个含有12个抗性基因的分离单株，分别为2-2、5-4、21-3；含有11个抗性基因的有21个，分别为1-1、1-3、2-3、2-4、2-7、2-8、4-2、4-4、4-5、5-7、5-8、8-1、8-7、8-8、12-1、12-2、12-5、18-7、18-8、20-8、26-2，多抗资源较为丰富。本研究获得了多个多抗中果番茄资源，下一步可对筛选的分离单株进行纯化，为筛选多抗中果番茄提供基础材料。
从款冬根际及根系筛选出PGPR菌株，研究其促生长特性及作用，以期为款冬的丰产栽培提供潜力菌株。采用稀释平板法筛选PGPR菌株，检测其促生特性，通过形态、生理生化指标、BIOLOG及16S rDNA进行鉴定，结合款冬盆栽试验检测其接种效应。结果表明，从款冬根际以及细根中筛选出3株高产IAA菌株KD6B、KD17B和KD26B，鉴定为Enterobacter cloacae subsp. dissolvens、Klebsiella oxytoca和K. areogenes，具解磷、产嗜铁素、耐盐、耐旱及拮抗作用；接种3株菌能显著增加款冬幼苗叶片数、叶面积、根长和根际土壤微生物群落多样性指数，其中KD17B效果最明显，叶片数、叶面积和根长分别增长了36.36%、29.21%、54.07%，平均颜色变化率、Shannon指数和McIntosh指数最大。3株PGPR对款冬有显著促生作用，对其根际土壤微生物群落结构有调控作用，在款冬的丰产栽培中具较高应用价值。
为了探究昆虫基因组学的研究热点及发展趋势，对该领域2000—2024年（不包括2024年3月以后）的相关研究进行文献可视化分析。基于中国知网和PubMed平台，通过文献计量学的方法分析昆虫基因组学文献数量、发文作者、出版刊物、国家、发表年份等信息，并使用CiteSpace V可视化软件对文献关键词进行共现分析。中国知网数据库中检索出文献690篇，发文作者609位，来源期刊有206种。PubMed数据库共检索文献16804篇，发文作者11278位，来源期刊有1032种。其中，2015—2021年中国知网发文量达233篇、PubMed发文量达6382篇，昆虫基因组的研究热度很高。基于Pubmed数据库分析，主要研究国家有美国、中国、英国、日本、德国等，其中美国是发文量最多的国家，发表最多文献的期刊为PLoS One。结合CNKI和PubMed数据库分析，国内报道的高频关键词是系统发育、家蚕、杆状病毒、进化、序列分析等，国外研究报道的高频关键词是果蝇、线粒体基因组、基因表达、系统发育分析、蛋白编码基因等。在中外文献中共性关键词包括系统发育、抗药性、转座子等，国内外昆虫基因组学研究关注的热点有共性之处，研究内容主要集中在模式或半模式昆虫的进化、基因特征及昆虫抗药性等研究热点上，多种农业害虫的基因组及在新兴的研究热点上还有很大的探索空间。本研究客观地总结了国内外昆虫基因组学的研究现状，汇总出该领域的研究热点以及薄弱点，以期为涉足昆虫基因组学的科研工作者提供数据参考。
为了发掘调控青花菜花球蜡质合成的相关基因，以青花菜有蜡粉野生型(WT20)为父本，无蜡粉突变体(MT20)为母本构建F2群体，基于F2构建极端有蜡混池和无蜡混池，利用BSA-seq技术对亲本混池和F2极端混池进行混池测序，通过ΔSNP-index算法初步定位与蜡质合成关联的区间，根据基因注释信息预测候选基因，并采用qRT-PCR分析候选基因在亲本中的表达情况。结果表明F2分离群体中有蜡粉株与无蜡粉株分离比为2.87:1，符合单基因隐性核基因遗传规律；两个混池间共获得高质量SNP位点2,045条、InDel位点687条，基于SNP-index关联分析将候选基因定位在4号、7号和8号染色体的3个区间，包含93个基因。进一步对候选区域内的基因进行KEGG、GO、GOC数据库分析发现0.12 Mb和1.07 Mb的区段内92个基因获得注释，对区间内可能跟蜡质合成相关的11个基因进行定量分析，筛选出4个差异显著表达基因BoAPC3、BoCDH1、BoEEF1A和BoAHP4。本研究结果可以为进一步研究青花菜蜡质合成通路提供新思路，以及为选育高品质青花菜奠定基础。
本研究旨在筛选出高产、优质和适宜宁夏南部山区种植的胡麻高亚麻酸材料。采用随机区组设计，以引进的13份胡麻高亚麻酸突变体材料为试材，采用实验室考种和近红外分析技术测定农艺性状、产量性状和品质性状，对其生产性能和品质性状进行综合分析。结果表明，参试材料的籽粒产量居前3位的是Z-M-865、Z-M-415和Z-M-215，产量分别为3569.07 kg/hm2、3406.10 kg/hm2和3326.74 kg/hm2。Z-M-865的单株结果数、每果粒数、单株产量和主茎分枝数都最高，分别为19.64个/株、8.40粒/果、0.92 g/株和7.29个/株；Z-0-300的株高和工艺长度最高；Z-M-585的千粒重最大。相关性分析表明胡麻籽粒产量与主茎分枝数、单株结果数、单株产量呈显著正相关(P<0.05)。参试材料的亚麻酸含量为46.06%~56.05%，亚麻酸含量大于50%的材料有6份。通过生产性能和品质性状综合分析，发现突变体材料Z-M-865、Z-M-415和Z-M-350在宁夏南部山区的籽粒产量表现较好，含油率高，且亚麻酸含量在50%以上，适宜宁夏南部山区种植。
为进一步分析和验证甜菜BvHSP18.2基因(LOC104903994)受镉胁迫调控的功能，本研究用RT-PCR技术克隆了甜菜BvHSP18.2基因，并通过植物表达载体构建以及拟南芥的遗传转化，测得异源表达目的基因的拟南芥植株在不同浓度镉胁迫下的表型及生理变化数据。研究结果表明，随着镉胁迫浓度的增加，异源表达BvHSP18.2基因的拟南芥无论在根长还是鲜重方面均具有优势：50 µmol/L镉胁迫下平均根长相差最大，为1.1 cm，600 µmol/L镉胁迫下平均鲜重相差最大，为0.015 g。同时，BvHSP18.2基因的过表达可有效提高拟南芥体内SOD和POD活性，300 µmol/L镉胁迫下SOD活性最高，为657.7266953 U/g；600 µmol/L镉胁迫下POD活性最高，为野生型拟南芥的1.91倍。BvHSP18.2基因的过表达增强了拟南芥在镉胁迫下的耐受性，推测该基因在植物对镉胁迫的适应机制中具有重要的作用。
为丰富可用于黄精属鉴定的SSR分子标记，开发可用于黄精属(Polygonatum sp.)种质资源鉴定与遗传多样性分析的简单重复序列(simple sequence repeat，SSR)分子标记，为药材黄精正品和伪品的鉴定及遗传多样性分析提供基础。通过对3种黄精属植物进行转录组测序，从60836967个Unigenes鉴定出19630个包含1~6个碱基重复类型的SSR位点，设计和筛选获得了9对SSR有效性引物，并对来源于5个省份共计31份种质资源进行鉴定与遗传多样性分析。9对SSR引物不仅能够将长梗黄精与其他3种药材黄精划分开，还能够较好地区分不同基源黄精（滇黄精、黄精、多花黄精），并且31份资源遗传相似系数范围为0.0769~0.75。此外，构建了31份黄精属种质资源的DNA指纹图谱数据库，开发了相对应的指纹图谱。本研究结果为黄精属种质资源的分类鉴定、遗传多样性分析和品种选育提供了可用的分子标记以及参考依据。
本研究旨在对水稻黄绿叶突变体ygl-9108进行表型分析和基因定位，为后续图位克隆该叶色相关基因奠定基础。以黄绿叶突变体ygl-9108为试材，利用突变体ygl-9108和‘五山丝苗’杂交的F2群体进行基因定位。结果表明，与野生型相比，突变体的株高、有效穗数、穗长、每穗粒数、结实率、粒宽、千粒重和单株谷重均显著下降，下降比例分别为21.5%、21.2%、14.6%、19.2%、11.0%、10.2%、12.9%和52.2%。透射电镜观察显示，突变体叶肉细胞的叶绿体数量大量减少，类囊体结构异常。遗传分析表明，突变体的表型由一个隐性核基因控制。利用图位克隆方法，ygl-9108被定位于水稻第11号染色体两InDel标记11Y39和11Y45之间，物理距离约为147 kb，该区间内未见有叶色相关基因的报道，表明ygl-9108是一个新的黄绿叶调控基因。本研究结果为ygl-9108的克隆和功能分析奠定了坚实的基础。
对于影响菜心风味和营养品质的代谢物，目前缺乏系统和全面的解析。本研究采用三重四级杆质谱的多反应检测模式，对广东地区4个不同类型的菜心品种的代谢物进行系统解析。在菜心中共检测到519个代谢物，其中210个(40.46%)初生代谢物、288个(55.49%)次生代谢物。D-葡萄糖、蔗糖、脯氨酸、丝氨酸、苏氨酸和组氨酸是菜心甜味的主要贡献物质，天冬氨酸、谷氨酸和赖氨酸是菜心鲜味的主要贡献物质，苹果酸和柠檬酸主要影响菜心的酸味、苦味和鲜味。菜心中含有葫芦巴碱、槲皮素、异鼠李素、木犀草素等多种药用价值较高的次生代谢物。本研究采用广泛的靶向代谢组学分析方法，对菜心的代谢产物进行系统研究，为提高菜心的营养品质和口感风味提供了理论参考。
木薯是世界上第六大粮食作物，其块根富含淀粉但缺乏蛋白质、花青素、胡萝卜素等营养物质。为了探索木薯花青素生物合成机制，本研究选取了两种不同颜色木薯种质资源叶片（FL与PL）为材料，进行转录组和花青素靶向代谢组及其联合分析。转录组分析结果显示在FL和PL中6864个差异表达基因，其中包含4112个上调表达和2752个下调表达。代谢组分析结果显示26种显著差异代谢物在PL中显著高于FL，其中21种属于花青素类。联合分析结果显示，其中7个差异表达的基因与花青素生物合成相关，且花青素含量与差异基因的表达呈正相关，尤其是MeANS1的表达差异最大。本研究结果为阐明木薯花青素的生物合成机制提供了候选基因，同时也为提高木薯花青素含量奠定科学基础。
现代生物技术，特别是基于CRISPR/Cas系统的基因编辑技术，对作物遗传改良产生了深远影响。本文综合分析了CRISPR/Cas基因编辑系统的组成、机制，综述了基因编辑技术在蔬菜作物基因功能验证和作物遗传改良方面取得的突破性进展，及其在蔬菜作物如番茄、西瓜、甘蓝、胡萝卜和黄瓜等中的应用。CRISPR/Cas基因编辑系统是目前应用最广泛的基因编辑系统，为了加深对CRISPR/Cas基因编辑系统的了解、促进其在蔬菜作物改良中的重要作用，本研究探讨了影响遗传转化效率的因素，提出了提高转化效率的策略，讨论了当前技术的局限性，如作物转化再生难度和基因型的依赖性。本文强调，筛选易于遗传转化的品种、开发高效的植物转化和再生系统，以及创造更高效、精确和多功能的基因编辑工具是未来研究的关键方向。
