采用AFLP分子标记技术分析了奉节脐橙的低酸和晚熟芽变株系基因组DNA的遗传差异,并对找到的芽变特异片段克隆测序和比对分析。64种引物组合对脐橙及其芽变进行选择扩增,共扩增出5336条电泳带,发现与普通的奉节脐橙相比,低酸芽变株系基因组有7条差异带,晚熟芽变株系有2条差异带;DNA比对结果表明:导致奉节脐橙低酸芽变果实低酸的原因,可能与其缺少一种Na+/H+反转运蛋白或其基因发生了突变有关;导致奉节脐橙晚熟芽变晚熟的原因则比较复杂, 似乎与缺少一种花发育蛋白或其基因发生了突变有关,其果实细胞质乌头酸酶基因也可能发生了突变。