为研究鲤科鱼类的遗传变异和种间鉴定,采用线粒体D环(mitochondrial DNA, mtDNA D-loop)作为分子标记,测定了四种常见鲤科鱼类(草鱼,Ctenopharyngodon idellus;鲢,Hypophthalmichthys molitri;鲤, Cyprinus carpio;鲫,Carassius cuvieri)mtDNA D-loop核苷酸序列。结果表明:四种鱼类mtDNA D-loop区碱基组成A+T的平均含量(71.4%)明显高于G+C(28.6%)。在108个个体中,共检测到132个多态位点(22个单一多态位点和110个简约信息位点),由此界定了57个单倍型(H1-H57)。鲫的单倍型多样度(1.000±0.017)和核苷酸多样度(0.03593)最高,而草鱼最低(分别为0.499±0.071,0.00817)。四种鱼类可以通过53个特征性碱基严格区分。基于遗传变异分析表明:四种鱼类没有共享单倍型,种间特异性单倍类的特征性碱基可以作为种间鉴别的依据。通过mtDNA控制区的分子标记,可以为鱼类鉴定、种质资源保护及其产品的真伪鉴别提供依据。