奶牛粘合素蛋白的生物信息学分析

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb16090022

中国农学通报 ›› 2017, Vol. 33 ›› Issue (5): 101-106.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb16090022

所属专题：生物技术；畜牧兽医

奶牛粘合素蛋白的生物信息学分析

李亚娟,王慧,王东升,张世栋,何宝祥,严作廷,杨志强,董书伟,何玉琴

中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃农业大学生命科学技术学院,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,广西大学,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所,甘肃农业大学生命科学技术学院

收稿日期:2016-09-05 修回日期:2016-11-08 接受日期:2016-11-25 出版日期:2017-03-01 发布日期:2017-03-01
通讯作者: 董书伟
基金资助:
国家自然科学青年(31302156)；甘肃省青年科技基金计划1506RJYA145；中央级基本科研业务费项目

Bioinformatics Analysis of CGN Protein in Dairy Cows

Received:2016-09-05 Revised:2016-11-08 Accepted:2016-11-25 Online:2017-03-01 Published:2017-03-01

摘要/Abstract

摘要： 为进一步了解奶牛CGN蛋白的性质和功能，采用生物信息学方法，利用在线软件和生物学数据库，对其CGN蛋白的氨基酸序列、二级结构、三级结构和生物学功能等进行预测。序列分析可知：CGN蛋白是亲水性不跨膜的蛋白，信号肽存在于20~21 位氨基酸之间，二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主，并且主要在质膜中发挥生物学作用。生物学功能预测结果表明，CGN蛋白可能在激素、生长因子以及应激反应中发挥重要作用。系统进化分析表明，奶牛CGN与野牛、牦牛、亚洲水牛等物种CGN遗传距离较近，具有高度同源性。本结果为进一步研究CGN蛋白和奶牛的抗病育种提供理论依据。

关键词: 高能电子束, 高能电子束, 猕猴桃, 保鲜, 衰老

Abstract: The aim is to explore the property and function of CGN in dairy cows. The bioinformatics was used to predict the amino acid sequence, secondary structure, tertiary structure and biological function of CGN, using online database biological database. Sequence analysis indicated that CGN was hydrophilic untransmembrane protein, and its cleavage position of the signal peptide was located between the 20th and 21st site of amino acid. The secondary structure of CGN was primarily composed of alpha helix and random coil, and the biological effects of CGN were performed in the plasma membrane. Biological function prediction indicated that the function of CGN might be involved in the biological process of hormone, growth factor, stress response and immune response. Phylogenetics analysis showed that the CGN of dairy cows was close to that of Bison, Bos mutus and Bubalus bubalis in the phylogenetic tree, which showed highly homology. This study provides a theoretical basis for further research on CGN and disease-resistant breeding of dairy cows.

李亚娟,王慧,王东升,张世栋,何宝祥,严作廷,杨志强,董书伟,何玉琴. 奶牛粘合素蛋白的生物信息学分析[J]. 中国农学通报, 2017, 33(5): 101-106.

参考文献

[1] Lu J, Laursen S B, Thiel S, et al. The cDNA cloning of conglutinin and identification of liver as a primary site of synthesis of conglutinin in members of the Bovidae[J]. Biochem J. 1993, 292 ( Pt 1): 157-162.
[2]Van De Wetering JK, Van Golde LMG, Batenburg JJ (2004) Collectins. European Journal of Biochemistry 271: 1229-1249.
[3] Eda S, Suzuki Y, Kase T, Kawai T, Ohtani K, et al. (1996) Recombinant bovine conglutinin, lacking the N-terminal and collagenous domains, has less conglutination activity but is able to inhibit haemagglutination by influenza A virus. Biochem J 316 ( Pt 1): 43-48.
[4] Hartshorn K L, White M R, Smith K, et al. Increasing antiviral activity of surfactant protein d trimers by introducing residues from bovine serum collectins: dissociation of mannan-binding and antiviral activity[J]. Scand J Immunol. 2010, 72(1): 22-30.
[5]Suzuki Y, Eda S, Kawai T, et al. Characterization of Recombinant Bovine Conglutinin Expressed in a Mammalian Cell[J]. Biochemical and Biophysical Research Communications. 1997, 238(3): 856-860.
[6] Barik S, Sidappa C M, Saini M, et al. Sequence-Based Appraisal of the Genes Encoding Neck and Carbohydrate Recognition Domain of Conglutinin in Blackbuck (Antilope cervicapra) and Goat (Capra hircus)[J]. BioMed Research International. 2014, 2014: 1-10.
[7] Hansen S, Holm D, Moeller V, et al. CL-46, a novel collectin highly expressed in bovine thymus and liver[J]. J Immunol. 2002, 169(10): 5726-5734.
[8] Dec M, Wernicki A. Conglutinin, CL-43 and CL-46--three bovine collectins[J]. Pol J Vet Sci. 2006, 9(4): 265-275.
[9]黄科,曹家树.生物信息学[J].情报学报,2002,21(4).
[10] 王明亮,陈鹏,余四九.黄牛FSHR基因的生物信息学分析[J].甘肃农业大学学报,2012,47(4)：7-13.
[11] 徐飞,成述儒,罗玉柱. 牛DRB3基因生物信息学分析[J]. 中国牛. 2011(02): 4-8.
[12] Marco Biasini, Stefan Bienert, Andrew Waterhouse, Konstantin Arnold, Gabriel Studer, Tobias Schmidt, Florian Kiefer, Tiziano Gallo Cassarino, Martino Bertoni, Lorenza Bordoli, Torsten Schwede. (2014). SWISS-MODEL: modelling protein tertiary and quaternary structure using evolutionary information.SNucleic Acids Research; (1 July 2014) 42 (W1): W252-W258; doi: 10.1093/nar/gku340.
[13] L. Juhl Jensen, R. Gupta, N. Blom, D. Devos, J. Tamames, C. Kesmir, H. Nielsen, H. H. St?rfeldt,K. Rapacki, C. Workman, C. A. F. Andersen, S. Knudsen, A. Krogh, A. Valencia and S. Brunak.J. Mol. Biol., 319:1257-1265, 2002.
[14] Lee J E, Lee J Y, Kim H R, et al. Proteomic Analysis of Bovine Pregnancy-specific Serum Proteins by 2D Fluorescence Difference Gel Electrophoresis[J]. Asian-Australas J Anim Sci. 2015, 28(6): 788-795.
[15] 王镜岩,朱圣庚,徐长法.生物化学[M].3版.北京：高等教育出版社,2002.
[16] Akiyama K1,SSugii S,SHirota Y.Conglutinin, mannan-binding protein, and serum amyloid P component concentrations in sera from cows: changes associated with mastitis.J Vet Med Sci. 1992 Oct;54(5):977-81.

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[1]	陈和敏, 肖文芳, 陈和明, 吕复兵, 朱根发, 李宗艳, 李佐. 基于CiteSpace的兰花保鲜研究进展及可视化分析[J]. 中国农学通报, 2023, 39(1): 151-164.
[2]	李兴华, 王欢, 张盛, 蔡星星, 周强, 周楠. 氮肥用量与运筹方式对晚籼稻产量及花后干物质积累与转运的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(9): 6-13.
[3]	郑碧霞, 戢小梅, 李长林, 龚林忠, 方林川. 不同复合保鲜处理对‘夏黑’果实贮藏效果的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(7): 135-143.
[4]	孙承龙, 薛新玉, 路媛媛, 宋艳波, 刘振宇. 高压正静电场对柠檬表面蜡质亲水性的影响[J]. 中国农学通报, 2022, 38(4): 127-132.
[5]	李乐, 张晓虎, 杨澜. 黄芩茎叶没食子酸-KGM复合保鲜膜在鸡蛋保鲜中的应用研究[J]. 中国农学通报, 2022, 38(35): 125-133.
[6]	秦文洁, 郭润泽, 邹晓霞, 张晓军, 于晓娜, 王月福, 司彤. 膜下滴灌追肥种类对花生衰老特性和产量的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(7): 28-36.
[7]	周龙, 汤利, 杨德荣, 曾志伟. 不同采后处理对‘水晶蜜柚’果实品质的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(6): 54-61.
[8]	王书玉, 黎蓝, 赖凌峰, 李红梅, 刘季平, 何生根. 纳米铜加蔗糖处理对非洲菊切花的保鲜作用[J]. 中国农学通报, 2021, 37(4): 62-67.
[9]	张建业, 杜庆志, 刘翔, 姚向峰, 乔治华, 姜兴印. 赤霉酸与杀菌剂处理对蒜薹贮存期品质的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(4): 126-130.
[10]	池再香, 曾晓珊, 李秀亚, 龙如勇, 宋也, 郑国一. 2020年5月上旬高温强光照对红心猕猴桃果实生长的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(33): 69-75.
[11]	王连润, 万红, 陶磅, 陈霞, 吴定财, 丁仁展, 李卫芬, 沙毓沧, 李坤明. 4个野生猕猴桃优良单株果实矿质元素含量分析[J]. 中国农学通报, 2021, 37(3): 112-115.
[12]	张国辉, 李向阳, 顾焕先, 张文华, 佀胜利, 李荣玉, 李明. 黔东南州红心猕猴桃叶尖干枯病病原鉴定[J]. 中国农学通报, 2021, 37(3): 145-149.
[13]	赵剑, 郭耀辉, 王森培, 林正雨. 四川猕猴桃产业竞争力分析及可持续发展战略研判[J]. 中国农学通报, 2021, 37(22): 151-157.
[14]	陈洪彬, 王慧玲, 蒋璇靓, 蔡英卿, 张朝坤. 1-MCP对采后‘红心’番石榴果实软化的影响[J]. 中国农学通报, 2021, 37(18): 51-56.
[15]	魏夏夏, 张晓虎, 郑妍. 低共熔溶剂提取黄芩苷及其复合保鲜液在鲜肉中的应用[J]. 中国农学通报, 2021, 37(13): 127-134.