甜菜MYB转录因子生信分析及种子萌发期差异表达

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb19030067

中国农学通报 ›› 2019, Vol. 35 ›› Issue (25): 54-65.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb19030067

所属专题：生物技术；园艺

甜菜MYB转录因子生信分析及种子萌发期差异表达

刘蕊, 刘乃新, 吴玉梅, 吴则东

黑龙江大学农作物研究院

收稿日期:2019-03-17 修回日期:2019-08-04 接受日期:2019-05-10 出版日期:2019-09-05 发布日期:2019-09-05
通讯作者: 刘乃新
基金资助:
国家现代农业产业技术体系（糖料）建设专项“质量安全与营养品质评价”(CARS-17-0503)；国家农产品质量安全风险评估专项经费“枸杞人参百合糖料中典型污染物残留及安全控制点风险评估工作”(GJFP2019020)；农业行业标准项目“甜菜种子繁育技术规程”；省自然基金“BvHIPP24 基因在能源填充重金属镉污染生物修复中的分子机制研究”(LH2019C057)。

MYB Transcription Factor in Sugar Beet: Bioinformatics Analysis and Differential Expression During Seed Germination

Received:2019-03-17 Revised:2019-08-04 Accepted:2019-05-10 Online:2019-09-05 Published:2019-09-05

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在了解干旱环境下甜菜MYB基因家族的表达模式。主要研究方法为对利用15%PEG模拟的干旱胁迫处理试验组和蒸馏水对照组萌发期甜菜的转录组进行了高通量测序。结果表明，共获得79个MYB转录因子，其中42个在干旱胁迫下差异表达，氨基酸序列分析表明，甜菜萌发期 MYB 转录因子含有 8个保守元件，8个保守元件的结构域所含有的氨基酸位点数量不一致，推测与相应的DNA分子进行结合和行使功能有关。本研究通过对萌发期甜菜应答干旱胁迫的MYB 基因分析，为甜菜抗干旱胁迫育种提供基因资源和理论基础。

关键词: 花生, 花生, mtACP3, 脂肪酸合成, 基因克隆, 表达分析

Abstract: This study aims to understand the expression pattern of sugar beet’s MYB gene family in arid environment. We conducted Illumina Hi Seq on the transcriptome of sugar beet at germination stage in the experimental group and the distilled water control group simulated by 15%PEG under drought stress. Results showed that 79 MYB transcription factors were obtained, including 42 differentially expressed under drought stress. The amino acid sequence analysis showed that the MYB transcription factors in sugar beet germination contained eight motifs, and the eight motifs’structure domain contained different numbers of amino acid sites, which were speculated to be associated with the corresponding DNA molecules for binding and functioning. In this study, MYB gene of sugar beet in response to drought stress during germination is analyzed to provide genetic resources and theoretical basis for sugar beet breeding against drought stress.

中图分类号:

S566.3????????????? ?????????????

刘蕊,刘乃新,吴玉梅,吴则东. 甜菜MYB转录因子生信分析及种子萌发期差异表达[J]. 中国农学通报, 2019, 35(25): 54-65.

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MYB Transcription Factor in Sugar Beet: Bioinformatics Analysis and Differential Expression During Seed Germination

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