Chinese Agricultural Science Bulletin ›› 2023, Vol. 39 ›› Issue (29): 1-7.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0180
QIN Helan(), LIANG Fang, JIN Yingshan, LI Zijing, ZHANG Hua, HU Xuefan
Received:
2023-01-23
Revised:
2023-05-15
Online:
2023-10-15
Published:
2023-10-11
QIN Helan, LIANG Fang, JIN Yingshan, LI Zijing, ZHANG Hua, HU Xuefan. Transcriptomic Analysis of the Mosaic Leaf Mutant in Heliopsis helianthoides[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2023, 39(29): 1-7.
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URL: https://www.casb.org.cn/EN/10.11924/j.issn.1000-6850.casb2023-0180
品种 | 田间叶片伸展状态 | 叶长/cm | 叶宽/cm | 叶厚 /mm | 花径/cm | 叶色 | SPAD值 | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
晴天 | 阴天 | |||||||
GL | 舒展 | 舒展 | 8.34±1.74a | 4.7±0.15a | 0.29±0.04a | 7.6±0.55a | 137C | 45.96±4.12A |
WL | 稍内卷 | 舒展 | 6.26±0.82b | 3.6±0.17b | 0.24±0.06a | 6.6±0.89a | 155A | 11.88±0.96B |
品种 | 田间叶片伸展状态 | 叶长/cm | 叶宽/cm | 叶厚 /mm | 花径/cm | 叶色 | SPAD值 | |
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晴天 | 阴天 | |||||||
GL | 舒展 | 舒展 | 8.34±1.74a | 4.7±0.15a | 0.29±0.04a | 7.6±0.55a | 137C | 45.96±4.12A |
WL | 稍内卷 | 舒展 | 6.26±0.82b | 3.6±0.17b | 0.24±0.06a | 6.6±0.89a | 155A | 11.88±0.96B |
All(≥200bp) | ≥500bp | ≥1000bp | N50 | GC/% | Total Length | Max Length | Min Length | Average Length | |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Transcript | 91464 | 16895 | 1533 | 394 | 41.93 | 34148011 | 2583 | 201 | 373 |
Unigene | 20710 | 5489 | 1044 | 513 | 42.02 | 8684563 | 2583 | 201 | 419 |
All(≥200bp) | ≥500bp | ≥1000bp | N50 | GC/% | Total Length | Max Length | Min Length | Average Length | |
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Transcript | 91464 | 16895 | 1533 | 394 | 41.93 | 34148011 | 2583 | 201 | 373 |
Unigene | 20710 | 5489 | 1044 | 513 | 42.02 | 8684563 | 2583 | 201 | 419 |
功能分类 | 基因名称 | 生物学功能 | 表达情况 |
---|---|---|---|
叶绿素生物合成 | hemA1 | 编码谷氨酰-tRNA 还原酶,催化叶绿素生物合成 | 上调 |
por | 编码原叶绿素酸酯还原酶,催化叶绿素生物合成 | 上调 | |
叶绿体形成和发育 | FTH1 | 编码铁蛋白重链,维持叶绿体内铁离子的稳态 | 上调 |
CLTC | 编码网格蛋白重链,进行叶绿体细胞内的蛋白运输 | 上调 | |
RP-S4, rpsD | 编码小亚基核糖体蛋白S4,叶绿体核糖体蛋白的构成、翻译 | 上调 | |
RP-L9e, RPL9 | 编码大亚基核糖体蛋白L9e,叶绿体被膜上核糖体的构成 | 上调 | |
SOD1 | 编码Cu-Zn家族超氧化物歧化酶,叶绿体基质、类囊体Cu2+、Zn2+的结合 | 上调 | |
HSPA1/8 | 编码热激蛋白70B,叶绿体中蛋白的修复 | 上调 | |
HSP90B, TRA | 编码热激蛋白90B,叶绿体基质中ATP结合、蛋白质折叠 | 上调 | |
groES, HSPE1 | 编码分子伴侣GroES,叶绿体RNA转录、加工、翻译 | 上调 | |
VARS, valS | 编码缬氨酸-tRNA合成酶,叶绿体氨酰基tRNA活性 | 上调 | |
ACSL, fadD | 编码长链脂酰CoA合成酶,叶绿体被膜的构成 | 上调 | |
ALDO | 编码果糖二磷酸化醛缩酶,叶绿体中光合作用参与calvin循环 | 下调 | |
HPL | 编码脂氢过氧化物裂解酶,叶绿体外膜上催化脂氢过氧化物裂解 | 下调 | |
PWYLLO | 编码异分支酸合成酶,维持叶绿体膜光合系统Ⅰ的稳定性 | 下调 | |
E3.6.3.8 | 编码Ca2+-转运 ATPase,叶绿体中Ca2+、ATP的结合 | 下调 | |
PK, pyk | 编码丙酮酸激酶,叶绿体中糖酵解 | 上调 | |
捕光叶绿素蛋白复合体 | LHCP | 编码叶绿素a/b结合蛋白-p,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 |
LHCA1 | 编码叶绿素a/b结合蛋白-1,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 | |
LHCB4 | 编码叶绿素a/b结合蛋白-4,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 | |
光合系统 | PsaK | 编码光系统Ⅰ(PSⅠ)-X亚基,光反应中心组份 | 下调 |
PsbP | 编码光系统Ⅱ(PSⅡ)放氧增强蛋白,反应中心组份 | 下调 | |
ATPF1D, atpH | 编码F型H+运输ATP酶δ亚基,叶绿体类囊体膜质子运输 | 下调 |
功能分类 | 基因名称 | 生物学功能 | 表达情况 |
---|---|---|---|
叶绿素生物合成 | hemA1 | 编码谷氨酰-tRNA 还原酶,催化叶绿素生物合成 | 上调 |
por | 编码原叶绿素酸酯还原酶,催化叶绿素生物合成 | 上调 | |
叶绿体形成和发育 | FTH1 | 编码铁蛋白重链,维持叶绿体内铁离子的稳态 | 上调 |
CLTC | 编码网格蛋白重链,进行叶绿体细胞内的蛋白运输 | 上调 | |
RP-S4, rpsD | 编码小亚基核糖体蛋白S4,叶绿体核糖体蛋白的构成、翻译 | 上调 | |
RP-L9e, RPL9 | 编码大亚基核糖体蛋白L9e,叶绿体被膜上核糖体的构成 | 上调 | |
SOD1 | 编码Cu-Zn家族超氧化物歧化酶,叶绿体基质、类囊体Cu2+、Zn2+的结合 | 上调 | |
HSPA1/8 | 编码热激蛋白70B,叶绿体中蛋白的修复 | 上调 | |
HSP90B, TRA | 编码热激蛋白90B,叶绿体基质中ATP结合、蛋白质折叠 | 上调 | |
groES, HSPE1 | 编码分子伴侣GroES,叶绿体RNA转录、加工、翻译 | 上调 | |
VARS, valS | 编码缬氨酸-tRNA合成酶,叶绿体氨酰基tRNA活性 | 上调 | |
ACSL, fadD | 编码长链脂酰CoA合成酶,叶绿体被膜的构成 | 上调 | |
ALDO | 编码果糖二磷酸化醛缩酶,叶绿体中光合作用参与calvin循环 | 下调 | |
HPL | 编码脂氢过氧化物裂解酶,叶绿体外膜上催化脂氢过氧化物裂解 | 下调 | |
PWYLLO | 编码异分支酸合成酶,维持叶绿体膜光合系统Ⅰ的稳定性 | 下调 | |
E3.6.3.8 | 编码Ca2+-转运 ATPase,叶绿体中Ca2+、ATP的结合 | 下调 | |
PK, pyk | 编码丙酮酸激酶,叶绿体中糖酵解 | 上调 | |
捕光叶绿素蛋白复合体 | LHCP | 编码叶绿素a/b结合蛋白-p,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 |
LHCA1 | 编码叶绿素a/b结合蛋白-1,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 | |
LHCB4 | 编码叶绿素a/b结合蛋白-4,叶绿体类囊体膜上对光的吸收 | 下调 | |
光合系统 | PsaK | 编码光系统Ⅰ(PSⅠ)-X亚基,光反应中心组份 | 下调 |
PsbP | 编码光系统Ⅱ(PSⅡ)放氧增强蛋白,反应中心组份 | 下调 | |
ATPF1D, atpH | 编码F型H+运输ATP酶δ亚基,叶绿体类囊体膜质子运输 | 下调 |
类别 | P值 | 差异基因个数 | 背景基因个数 | 功能描述 | 分类 |
---|---|---|---|---|---|
GO:0009522 | 2.37E-05 | 5 | 14 | 光系统I | 细胞组分 |
GO:0009768 | 5.65E-05 | 4 | 9 | 光捕获 | 生物过程 |
GO:0009523 | 0.000771 | 4 | 16 | 光系统II | 细胞组分 |
GO:0009765 | 0.002171857 | 3 | 10 | 捕光(集光) | 生物过程 |
GO:0016057 | 0.028862672 | 1 | 1 | 感光细胞膜电势调控 | 生物过程 |
GO:0016168 | 0.000225 | 4 | 12 | 叶绿素结合 | 分子功能 |
GO:0010436 | 0.026133655 | 2 | 9 | 类胡萝卜素双加氧酶活性 | 分子功能 |
GO:0016121 | 0.026133655 | 2 | 9 | 类胡萝卜素分解代谢过程 | 生物过程 |
GO:0047213 | 0.032270752 | 1 | 3 | 花色素3-O葡糖基转移酶活性 | 分子功能 |
类别 | P值 | 差异基因个数 | 背景基因个数 | 功能描述 | 分类 |
---|---|---|---|---|---|
GO:0009522 | 2.37E-05 | 5 | 14 | 光系统I | 细胞组分 |
GO:0009768 | 5.65E-05 | 4 | 9 | 光捕获 | 生物过程 |
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GO:0009765 | 0.002171857 | 3 | 10 | 捕光(集光) | 生物过程 |
GO:0016057 | 0.028862672 | 1 | 1 | 感光细胞膜电势调控 | 生物过程 |
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GO:0016121 | 0.026133655 | 2 | 9 | 类胡萝卜素分解代谢过程 | 生物过程 |
GO:0047213 | 0.032270752 | 1 | 3 | 花色素3-O葡糖基转移酶活性 | 分子功能 |
功能 | 基因 | 基因ID | 差异表达 | GO注释 |
---|---|---|---|---|
叶绿体形成和发育 | RPL9 | TRINITY_DN15885 | 上调 | 叶绿体被膜上核糖体的构成 |
叶绿素生物合成 | HemA | TRINITY_DN25231 | 上调 | 谷氨酰胺tRNA还原酶 |
POR | TRINITY_DN22136 | 上调 | 原叶绿素酸酯还原酶 | |
捕光复合体 | LHCA1 | TRINITY_DN16683 | 下调 | 金属离子结合/光捕获叶绿素a/b结合蛋白 |
光合作用 | psaK | TRINITY_DN24434 | 下调 | 光系统Ⅰ对光的反应 |
ATPF1D | TRINITY_DN17564 | 下调 | 叶绿体类囊体膜质子 转运ATP酶复合物 |
功能 | 基因 | 基因ID | 差异表达 | GO注释 |
---|---|---|---|---|
叶绿体形成和发育 | RPL9 | TRINITY_DN15885 | 上调 | 叶绿体被膜上核糖体的构成 |
叶绿素生物合成 | HemA | TRINITY_DN25231 | 上调 | 谷氨酰胺tRNA还原酶 |
POR | TRINITY_DN22136 | 上调 | 原叶绿素酸酯还原酶 | |
捕光复合体 | LHCA1 | TRINITY_DN16683 | 下调 | 金属离子结合/光捕获叶绿素a/b结合蛋白 |
光合作用 | psaK | TRINITY_DN24434 | 下调 | 光系统Ⅰ对光的反应 |
ATPF1D | TRINITY_DN17564 | 下调 | 叶绿体类囊体膜质子 转运ATP酶复合物 |
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