Ludao and Cultivated Rice: Genetic Diversity Analysis and Germinability Evaluation Under Submerged Condition by SNP Markers

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2021-1213

Abstract

Abstract:

The research aims at analyzing genetic diversity between Ludao and cultivated rice, and providing molecular reference for the protection, exploitation and utilization of Ludao. Forty-eight germplasm resources, including Ludao, were selected as experimental materials. A 1K mGPS SNP chip was used for genotyping. Cluster analysis based on the unweighted pair group method of mathematical averages (UPGMA) was performed using PowerMaker 3.25 software. The results showed that a total of 9570 alleles were detected using 4785 pairs of polymorphic SNP markers. The mean number of alleles detected for each locus was 2.0. The polymorphism information content (PIC) ranged from 0.0400 to 0.5957, with a mean value of 0.3123. The gene diversity index (GD) ranged from 0.0408 to 0.6667, with a mean value of 0.3839. UPMGA cluster analysis separated the 48 accessions into two subgroups (indica and japonica), and Ludao belonged to the japonica subgroup. The evaluation of anaerobic germination tolerance showed that Ludao displayed high tolerance to hypoxia during germination, which could provide an important germplasm base for breeding new cultivars suitable for direct seeding. The results presented here also provide a theoretical basis for exploiting and utilizing the elite genes of Ludao.

Key words: Ludao, cultivated rice, SNP, genetic diversity, germinability under submerged condition

CLC Number:

S323

SUN Zhiguang, PAN Gen, CHEN Tingmu, LI Jingfang, ZHAO Lijun, CHI Ming, XU Bo, XING Yungao, LIU Jinbo, LIU Xiaomin, GE Gaoning, XU Jintao, WANG Baoxiang, XU Dayong. Ludao and Cultivated Rice: Genetic Diversity Analysis and Germinability Evaluation Under Submerged Condition by SNP Markers[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2022, 38(30): 6-13.

Figures/Tables 6

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编号	名称	来源	编号	名称	来源
1	美香占	广东	25	连粳15号	江苏
2	软占	广东	26	苏秀9号	浙江
3	广百香占	广东	27	南粳5758	江苏
4	1701B	湖南	28	宁粳5号	江苏
5	荃9311B	安徽	29	宁粳6号	江苏
6	赣73B	江西	30	宁粳8号	江苏
7	天丰B	广东	31	南粳46	江苏
8	川香29B	四川	32	徐稻9号	江苏
9	宜香	四川	33	N22	印度
10	黄莉占	广东	34	苏御糯	江苏
11	五山丝苗	广东	35	苏秀8608	江苏
12	黄华占	广东	36	泗稻301	江苏
13	赣晚籼3号	江西	37	穞稻	江苏
14	恩恢58	湖北	38	改良穞稻	江苏
15	华占	浙江	39	灌南自生稻	江苏
16	华航31号	广东	40	青口自生稻	江苏
17	黄广丝苗2号	广东	41	海州自生稻	江苏
18	Dular	印度	42	灌云自生稻	江苏
19	N1	江苏	43	东海自生稻	江苏
20	甬优528	浙江	44	赣榆自生稻	江苏
21	苏秀867	浙江	45	海州自生紫稻	江苏
22	华粳5号	江苏	46	云南元江野生稻	云南
23	SH16311	江苏	47	江西东乡野生稻	江西
24	泗2333	江苏	48	文昌野生稻	海南

编号	名称	来源	编号	名称	来源
1	美香占	广东	25	连粳15号	江苏
2	软占	广东	26	苏秀9号	浙江
3	广百香占	广东	27	南粳5758	江苏
4	1701B	湖南	28	宁粳5号	江苏
5	荃9311B	安徽	29	宁粳6号	江苏
6	赣73B	江西	30	宁粳8号	江苏
7	天丰B	广东	31	南粳46	江苏
8	川香29B	四川	32	徐稻9号	江苏
9	宜香	四川	33	N22	印度
10	黄莉占	广东	34	苏御糯	江苏
11	五山丝苗	广东	35	苏秀8608	江苏
12	黄华占	广东	36	泗稻301	江苏
13	赣晚籼3号	江西	37	穞稻	江苏
14	恩恢58	湖北	38	改良穞稻	江苏
15	华占	浙江	39	灌南自生稻	江苏
16	华航31号	广东	40	青口自生稻	江苏
17	黄广丝苗2号	广东	41	海州自生稻	江苏
18	Dular	印度	42	灌云自生稻	江苏
19	N1	江苏	43	东海自生稻	江苏
20	甬优528	浙江	44	赣榆自生稻	江苏
21	苏秀867	浙江	45	海州自生紫稻	江苏
22	华粳5号	江苏	46	云南元江野生稻	云南
23	SH16311	江苏	47	江西东乡野生稻	江西
24	泗2333	江苏	48	文昌野生稻	海南