41 Tea Germplasm Resources: Genetic Diversity and Relationship Analysis Based on SSR Molecular Markers

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0862

Abstract

Abstract:

In order to conduct preliminary identification and evaluation of tea tree germplasm resources in southern Henan, 41 clonal varieties from the tea germplasm resources garden in southern Henan were used as materials to analyze genetic diversity and relationships by SSR marker.The results showed that 26 pairs of primers with good amplification were screened from 33 pairs of primers. A total of 102 bands were amplified from 26 pairs of primers, the average number of bands amplified by each pair of primers was 4, the minimum number was 2, and the maximum number was 7. The average number of observed alleles was 2, the average number of effective alleles was 1.8664, the average Nei's genetic diversity was 0.4626, the average Shannon information index was 0.6550, the maximum value of polymorphic information of primers was 0.80, the minimum value was 0.23, and the average value was 0.62. The results of cluster analysis showed that 41 materials were divided into 4 groups at the similarity coefficient of 0.5. Most of the materials with similar geographical origin and genetic background were clustered together, and the genetic distance of the tested varieties was 0.08-1.87. This indicated that the genetic foundation among varieties in the resource garden was relatively broad.

Key words: tea, southern Henan, germplasm resources garden, genetic diversity, relationships, SSR marker

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Figures/Tables 5

References 26

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编号	品种名称	来源	编号	品种名称	来源	编号	品种名称	来源
1	白毫早	湖南	15	白叶一号	浙江	29	春雨2号	浙江
2	苏玉黄	江苏	16	豫研06	河南	30	槠叶齐	湖南
3	岚里香	安徽	17	狗牯脑	江西	31	薮北种	日本
4	鄂茶11	湖北	18	鄂茶12	湖北	32	苏茶120	江苏
5	茶农98	安徽	19	TRI-19	浙江	33	平阳特早	浙江
6	玉露一号	湖北	20	崂山3号	山东	34	奥绿	日本
7	黟选一号	安徽	21	越香早	浙江	35	鸠20	浙江
8	鸟王106	贵州	22	舒茶早	安徽	36	金镶玉	湖南
9	乌牛早	浙江	23	漕溪1号	安徽	37	中茶108	浙江
10	陕茶1号	陕西	24	黄金芽	浙江	38	金萱	台湾
11	中黄1号	浙江	25	紫鹃	云南	39	碧香早	湖南
12	福鼎大白茶	福建	26	木荷201	浙江	40	龙井长叶	浙江
13	信阳10号	河南	27	中黄2号	浙江	41	鄂黄	湖北
14	御金香	浙江	28	香山早	浙江

编号	品种名称	来源	编号	品种名称	来源	编号	品种名称	来源
1	白毫早	湖南	15	白叶一号	浙江	29	春雨2号	浙江
2	苏玉黄	江苏	16	豫研06	河南	30	槠叶齐	湖南
3	岚里香	安徽	17	狗牯脑	江西	31	薮北种	日本
4	鄂茶11	湖北	18	鄂茶12	湖北	32	苏茶120	江苏
5	茶农98	安徽	19	TRI-19	浙江	33	平阳特早	浙江
6	玉露一号	湖北	20	崂山3号	山东	34	奥绿	日本
7	黟选一号	安徽	21	越香早	浙江	35	鸠20	浙江
8	鸟王106	贵州	22	舒茶早	安徽	36	金镶玉	湖南
9	乌牛早	浙江	23	漕溪1号	安徽	37	中茶108	浙江
10	陕茶1号	陕西	24	黄金芽	浙江	38	金萱	台湾
11	中黄1号	浙江	25	紫鹃	云南	39	碧香早	湖南
12	福鼎大白茶	福建	26	木荷201	浙江	40	龙井长叶	浙江
13	信阳10号	河南	27	中黄2号	浙江	41	鄂黄	湖北
14	御金香	浙江	28	香山早	浙江

引物	序列信息（5'→ 3'）
14	F: GTCAAGAAAGCTCAAGGC，R: AAGACCCATACAAAAGATACT
79	F: TTGCCATTTCCTTCCTG，R: AAAACAAGCCACCTCTA
108	F: ATCCACCGTATGATGCT，R: TGTCTTGTGACCAAATTGAC
228	F:GAATCAGTGAATAAAGCGTGTA，R: TGAAGTGGCGGCGGAAGA
234	F: CTCCGATTACTTTCTTCC，R: GCAGGTTAGCGGTGGTTA
288	F: CATAGTAGAGAAGACCACCA，R: GTCAAGTCAAAAACGCCG
395	F:TTCAGGCACCTCACAA，R: AAGTAACCCGAAACAT
463	F: CACTAAGAGCCAAGGTCG，R: CACATTGATTGAAAGGGAT
478	F: CAACACCACCAACAAGA，R: GATATGAGATCCGTCCC
496	F: GAAAGTGCGAAACCAAAC，R: CTGCGAACCCTCTTGACC
588	F: TGACAGCAGAACACACAT，R: ACTGAACCCAACACCACA
630	F: ATGAGAAGGAGGACGATG，R: CATTTATGGACCTGTTCG
641	F: CAAGCAATACATACACACA，R: AACAGAGCATACCCAGAAG
663	F: CTCTTGATTGGTGCCTTTA，R: TTGGTAGCCTCTTCTTTTG
685	F: TAGGGTTTTAGTTTCAG，R: AACATCCTTGCCTCGTC
687	F: GAGGCGTTTTCAAGGTT，R: GTAGGTGTGTCGTCCAG
699	F: GAAGAAAAGGGAGGAG，R: GAAGATGCGATGACAA
710	F:AGACTAAGAGAACAACTGGT，R:GAGCAACATAAGATGAAACA
788	F: TCTCTCGCTTTGTCTCC，R: AAAAATAGGGTTGTCAC
802	F: GCAGAAAACCCTGTCAAT，R: ATCACCACCCCACCATAC
1036	F: TCCCTTTTACTGATTGTGAT，R: CGTGCAAATAATGTGCTGAA
1110	F: CATTGCCTTGATGCTGA，R: GATGACGATGGAGTGGG
A5	F: ATGCTATTCCTCCGTCTC，R: TTCAGGGATTGGTTTCTC
A63	F: CGATACCCTTCGCTCACC，R: AGCCCATTCCCTTTGTCC
A74	F:TTTCAATATATACAATTGTTCTCTC，R:TTACTCCTACTGGGCTTT
C5	F: ATCAAACCCTAACCCTTCC，R: GTGTTGGTGGCTTACCTT
G3	F: TCCAAGCCTCAAGACCAA，R:CAAGGACGAATAAGCAAAA
G23	F: AAACCCTTCACTTCCTTC，R: AGCCATTCCCATACACTT
G74	F:CTCTGATTCTAGACCATTCGAAGAC，R:TATCCCTACCTCAACTATCA
P03	F:GCGTCGTCCCTTCTTTCTAA，R:GGGCAGCCATAACCACTACT
P01	F:GGAGCATTGAAGCGAGAAAT，R:ACGCTTCGAGTACTCCCTGA
Q6	F: CATTACCTCCAATCTCCG，R: CACGCTCATCTCCTCTTT
SSR1	F: TTAAGCAAAGAAGTCGCG，R: CTAAAATCTCCACTCAGCT

引物	序列信息（5'→ 3'）
14	F: GTCAAGAAAGCTCAAGGC，R: AAGACCCATACAAAAGATACT
79	F: TTGCCATTTCCTTCCTG，R: AAAACAAGCCACCTCTA
108	F: ATCCACCGTATGATGCT，R: TGTCTTGTGACCAAATTGAC
228	F:GAATCAGTGAATAAAGCGTGTA，R: TGAAGTGGCGGCGGAAGA
234	F: CTCCGATTACTTTCTTCC，R: GCAGGTTAGCGGTGGTTA
288	F: CATAGTAGAGAAGACCACCA，R: GTCAAGTCAAAAACGCCG
395	F:TTCAGGCACCTCACAA，R: AAGTAACCCGAAACAT
463	F: CACTAAGAGCCAAGGTCG，R: CACATTGATTGAAAGGGAT
478	F: CAACACCACCAACAAGA，R: GATATGAGATCCGTCCC
496	F: GAAAGTGCGAAACCAAAC，R: CTGCGAACCCTCTTGACC
588	F: TGACAGCAGAACACACAT，R: ACTGAACCCAACACCACA
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1110	F: CATTGCCTTGATGCTGA，R: GATGACGATGGAGTGGG
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A63	F: CGATACCCTTCGCTCACC，R: AGCCCATTCCCTTTGTCC
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C5	F: ATCAAACCCTAACCCTTCC，R: GTGTTGGTGGCTTACCTT
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Q6	F: CATTACCTCCAATCTCCG，R: CACGCTCATCTCCTCTTT
SSR1	F: TTAAGCAAAGAAGTCGCG，R: CTAAAATCTCCACTCAGCT

位点	等位基因数	有效等位基因数	Nei氏遗传多样性	Shannon信息指数	多态性信息含量
14	2.0000	1.8657	0.4640	0.6567	0.60
108	2.0000	1.9081	0.4759	0.6689	0.53
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234	2.0000	1.9081	0.4759	0.6689	0.77
395	2.0000	1.9434	0.4854	0.6785	0.48
463	2.0000	1.9707	0.4926	0.6857	0.70
478	2.0000	1.9434	0.4854	0.6785	0.78
588	2.0000	1.9707	0.4926	0.6857	0.67
630	2.0000	1.7639	0.4331	0.6246	0.76
641	2.0000	1.9081	0.4759	0.6689	0.71
663	2.0000	1.8173	0.4497	0.6420	0.78
685	2.0000	1.9434	0.4854	0.6785	0.57
687	2.0000	1.7066	0.4140	0.6045	0.23
699	2.0000	1.9893	0.4973	0.6905	0.59
788	2.0000	1.9707	0.4926	0.6857	0.45
802	2.0000	1.7639	0.4331	0.6246	0.50
1036	2.0000	1.9707	0.4926	0.6857	0.66
1110	2.0000	1.8173	0.4497	0.6420	0.50
A5	2.0000	1.7639	0.4331	0.6246	0.69
A74	2.0000	1.6464	0.3926	0.5816	0.57
G23	2.0000	1.8173	0.4497	0.6420	0.70
G74	2.0000	1.9434	0.4854	0.6785	0.68
P03	2.0000	1.8657	0.4640	0.6567	0.56
P01	2.0000	1.9081	0.4759	0.6689	0.49
SSR1	2.0000	1.8657	0.4640	0.6567	0.68
Mean	2.0000	1.8664	0.4626	0.6550	0.62