Data Mining of Simple Sequence Repeats in Dendrobium huoshanense Transcriptome

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb20200100029

Abstract

Abstract:

The paper aims to develop simple sequence repeat (SSR) molecular markers for Dendrobium huoshanense to provide technical support for genetic diversity research and germplasm characterization of D. huoshanense. The Illumina HiSeq X10 platform was used to sequence the transcriptome of D. huoshanense leaves. Microsatellite (MISA) software was used to analyze the distributing frequency of transcriptome SSR and the basic characteristics of repeat motifs. Primers were designed using Primer 5. SSR loci (43291) were obtained from 202080 Unigene, distributed in 36382 Unigene (18.00%). There were 463 kinds of repeat motifs existing in D. huoshanense transcriptome. On average, SSR occurred every 6.08 kb in length. Mononucleotid repeats predominated with an occurrence frequency of 47.62%, and A/T was the most frequent one among all the repeat types (47.06%). A total of 13960 primer pairs were designed for marker development.

Key words: Dendrobium huoshanense, transcriptome, polymorphism, simple sequence repeat, marker development

CLC Number:

S682.31

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Figures/Tables 5

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项目	数值
序列总长度/bp	263229041
序列数量/个	202080
SSR数量/个	43291
复合型SSR数量/个	1484
复合型SSR占比/%	3.43
含SSR的序列数量/个	36382
含多个SSR的序列数量/个	5699
含多个SSR的序列占比/%	15.58
SSR密度/(bp/个)	6080

项目	数值
序列总长度/bp	263229041
序列数量/个	202080
SSR数量/个	43291
复合型SSR数量/个	1484
复合型SSR占比/%	3.43
含SSR的序列数量/个	36382
含多个SSR的序列数量/个	5699
含多个SSR的序列占比/%	15.58
SSR密度/(bp/个)	6080

重复类型		重复数目/个	出现频率/%	所占比例/%
单核苷酸	A/T	20371	10.08	47.06
	C/G	243	0.12	0.56
	小计	20614	10.20	47.62
二核苷酸	AC/GT	540	0.27	1.25
	AG/CT	10022	4.96	23.15
	AT/AT	3271	1.62	7.56
	CG/CG	73	0.04	0.19
	小计	13906	6.88	32.12
三核苷酸	AAC/GTT	1067	0.53	2.46
	AAG/CTT	1814	0.90	4.19
	AAT/ATT	1465	0.73	3.38
	ACC/GGT	201	0.10	0.46
	ACG/CGT	92	0.05	0.21
	ACT/AGT	17	0.01	0.04
	AGC/CTG	576	0.29	1.33
	AGG/CCT	588	0.29	1.36
	ATC/ATG	1010	0.50	2.33
	CCG/CGG	662	0.33	1.53
	小计	7492	3.71	17.31
四核苷酸		346	0.17	0.80
五核苷酸		411	0.20	0.95
六核苷酸		522	0.26	1.21

重复类型		重复数目/个	出现频率/%	所占比例/%
单核苷酸	A/T	20371	10.08	47.06
	C/G	243	0.12	0.56
	小计	20614	10.20	47.62
二核苷酸	AC/GT	540	0.27	1.25
	AG/CT	10022	4.96	23.15
	AT/AT	3271	1.62	7.56
	CG/CG	73	0.04	0.19
	小计	13906	6.88	32.12
三核苷酸	AAC/GTT	1067	0.53	2.46
	AAG/CTT	1814	0.90	4.19
	AAT/ATT	1465	0.73	3.38
	ACC/GGT	201	0.10	0.46
	ACG/CGT	92	0.05	0.21
	ACT/AGT	17	0.01	0.04
	AGC/CTG	576	0.29	1.33
	AGG/CCT	588	0.29	1.36
	ATC/ATG	1010	0.50	2.33
	CCG/CGG	662	0.33	1.53
	小计	7492	3.71	17.31
四核苷酸		346	0.17	0.80
五核苷酸		411	0.20	0.95
六核苷酸		522	0.26	1.21

重复次数	重复基元类型（核苷酸数）						频率/%
重复次数	单	二	三	四	五	六	频率/%
4	0	0	0	0	365	516	2.04
5	0	0	4291	308	46	5	10.74
6	0	3471	1761	37	0	1	12.17
7	0	2265	1198	1	0	0	8.00
8	0	2108	219	0	0	0	5.38
9	0	2386	16	0	0	0	5.55
10	0	2602	3	0	0	0	6.02
11	0	1000	4	0	0	0	2.32
12	5628	64	0	0	0	0	13.15
13	3478	5	0	0	0	0	8.05
14	2819	4	0	0	0	0	6.52
15	2217	0	0	0	0	0	5.12
16	1681	0	0	0	0	0	3.88
17	1211	0	0	0	0	0	2.80
18	958	1	0	0	0	0	2.22
19	1018	0	0	0	0	0	2.35
20	681	0	0	0	0	0	1.57
21	593	0	0	0	0	0	1.37
22	248	0	0	0	0	0	0.57
23~31	82	0	0	0	0	0	0.19