Chinese Agricultural Science Bulletin ›› 2023, Vol. 39 ›› Issue (17): 113-123.doi: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0530
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HUA Xueming(), KANG Peng, WEI Xiang(), CHEN Chen, PAN Yunchao, WANG Qianqian
Received:
2022-06-28
Revised:
2022-11-08
Online:
2023-06-15
Published:
2023-06-12
HUA Xueming, KANG Peng, WEI Xiang, CHEN Chen, PAN Yunchao, WANG Qianqian. Metabolic and Transcriptional Regulation of Dietary Vitamin K3 on Growth and Health of Largemouth Bass (Micropterus salmoides)[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2023, 39(17): 113-123.
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URL: https://www.casb.org.cn/EN/10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0530
原料/(g/kg干物质基础) | K30 |
---|---|
鱼粉 | 450 |
豆粕 | 110 |
玉米蛋白粉 | 110 |
血粉 | 50 |
α-淀粉 | 100 |
鱼油 | 40 |
菜籽油 | 20 |
大豆磷脂 | 30 |
多维(不含维生素K)* | 5 |
多矿* | 5 |
乌贼膏 | 10 |
氯化胆碱 | 5 |
磷酸二氢钙 | 10 |
牛磺酸 | 3 |
沸石粉 | 52 |
总计 | 1000 |
营养水平/% | |
粗蛋白 | 47.14 |
粗脂肪 | 12.16 |
总能** | 18.66 |
维生素K3 | 0.78 |
原料/(g/kg干物质基础) | K30 |
---|---|
鱼粉 | 450 |
豆粕 | 110 |
玉米蛋白粉 | 110 |
血粉 | 50 |
α-淀粉 | 100 |
鱼油 | 40 |
菜籽油 | 20 |
大豆磷脂 | 30 |
多维(不含维生素K)* | 5 |
多矿* | 5 |
乌贼膏 | 10 |
氯化胆碱 | 5 |
磷酸二氢钙 | 10 |
牛磺酸 | 3 |
沸石粉 | 52 |
总计 | 1000 |
营养水平/% | |
粗蛋白 | 47.14 |
粗脂肪 | 12.16 |
总能** | 18.66 |
维生素K3 | 0.78 |
基因 | 引物序列 | 产物大小 |
---|---|---|
CYP2R1 | F: TACGCCCTGCTCTACTTC R: CCTCCGTTTCTCTTCACT | 266 |
nagB | F: CGGCTGGACTGAAGACCTTG R: GGCTGGGAGCAGACAGAATG | 237 |
KL | F: ATGCCTGGCGGAATCTACTG R: GCTGATGTTGAAATGGGTGC | 111 |
CPA1 | F: ACAGTGGTGGTCCCATTGCC R: AAGGAAGAGGTGCGAGTGAA | 280 |
基因 | 引物序列 | 产物大小 |
---|---|---|
CYP2R1 | F: TACGCCCTGCTCTACTTC R: CCTCCGTTTCTCTTCACT | 266 |
nagB | F: CGGCTGGACTGAAGACCTTG R: GGCTGGGAGCAGACAGAATG | 237 |
KL | F: ATGCCTGGCGGAATCTACTG R: GCTGATGTTGAAATGGGTGC | 111 |
CPA1 | F: ACAGTGGTGGTCCCATTGCC R: AAGGAAGAGGTGCGAGTGAA | 280 |
K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C | |
---|---|---|---|---|---|---|
原始序列数量 | 5.28×107 | 4.66×107 | 4.61×107 | 4.59×107 | 5.56×107 | 4.58×107 |
原始序列的碱基数量 | 7.98×109 | 7.04×109 | 6.96×109 | 6.94×109 | 8.39×109 | 6.92×109 |
质控序列数量 | 5.23×107 | 4.60×107 | 4.55×107 | 4.54×107 | 5.49×107 | 4.53×107 |
质控序列碱基数量 | 7.75×109 | 6.79×109 | 6.75×109 | 6.72×109 | 8.11×109 | 6.68×109 |
测序错误率 | 0.025 | 0.0266 | 0.026 | 0.0254 | 0.0254 | 0.0256 |
Q20/% | 98.01 | 97.38 | 97.64 | 97.85 | 97.87 | 97.77 |
Q30/% | 94.11 | 92.63 | 93.23 | 93.71 | 93.79 | 93.56 |
GC content/% | 49.22 | 49.56 | 48.96 | 48.98 | 49.45 | 49.21 |
K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C | |
---|---|---|---|---|---|---|
原始序列数量 | 5.28×107 | 4.66×107 | 4.61×107 | 4.59×107 | 5.56×107 | 4.58×107 |
原始序列的碱基数量 | 7.98×109 | 7.04×109 | 6.96×109 | 6.94×109 | 8.39×109 | 6.92×109 |
质控序列数量 | 5.23×107 | 4.60×107 | 4.55×107 | 4.54×107 | 5.49×107 | 4.53×107 |
质控序列碱基数量 | 7.75×109 | 6.79×109 | 6.75×109 | 6.72×109 | 8.11×109 | 6.68×109 |
测序错误率 | 0.025 | 0.0266 | 0.026 | 0.0254 | 0.0254 | 0.0256 |
Q20/% | 98.01 | 97.38 | 97.64 | 97.85 | 97.87 | 97.77 |
Q30/% | 94.11 | 92.63 | 93.23 | 93.71 | 93.79 | 93.56 |
GC content/% | 49.22 | 49.56 | 48.96 | 48.98 | 49.45 | 49.21 |
K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C | |
---|---|---|---|---|---|---|
质控序列数量 | 5.23×107 | 4.60×107 | 4.55×107 | 4.54×107 | 5.49×107 | 4.53×107 |
比对组装数量 | 3.81×107 | 3.41×107 | 3.33×107 | 3.31×107 | 3.95×107 | 3.31×107 |
比对组装率/% | 72.86 | 74.03 | 73.22 | 72.74 | 71.94 | 73.22 |
K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C | |
---|---|---|---|---|---|---|
质控序列数量 | 5.23×107 | 4.60×107 | 4.55×107 | 4.54×107 | 5.49×107 | 4.53×107 |
比对组装数量 | 3.81×107 | 3.41×107 | 3.33×107 | 3.31×107 | 3.95×107 | 3.31×107 |
比对组装率/% | 72.86 | 74.03 | 73.22 | 72.74 | 71.94 | 73.22 |
样本 | K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C |
---|---|---|---|---|---|---|
平均值 | 24.89 | 23.96 | 21.90 | 16.52 | 20.81 | 22.47 |
最大值 | 19054.61 | 17782.79 | 18197.01 | 29512.09 | 39810.72 | 17378.01 |
上四分位数 | 13.49 | 13.80 | 14.45 | 12.88 | 13.49 | 13.80 |
中值 | 5.75 | 5.89 | 6.17 | 5.37 | 5.75 | 5.75 |
下四分位数 | 2.57 | 2.63 | 2.75 | 2.34 | 2.57 | 2.51 |
最小值 | 0.03 | 0.02 | 0.05 | 0.03 | 0.09 | 0.02 |
样本 | K30A | K30B | K30C | K315A | K315B | K315C |
---|---|---|---|---|---|---|
平均值 | 24.89 | 23.96 | 21.90 | 16.52 | 20.81 | 22.47 |
最大值 | 19054.61 | 17782.79 | 18197.01 | 29512.09 | 39810.72 | 17378.01 |
上四分位数 | 13.49 | 13.80 | 14.45 | 12.88 | 13.49 | 13.80 |
中值 | 5.75 | 5.89 | 6.17 | 5.37 | 5.75 | 5.75 |
下四分位数 | 2.57 | 2.63 | 2.75 | 2.34 | 2.57 | 2.51 |
最小值 | 0.03 | 0.02 | 0.05 | 0.03 | 0.09 | 0.02 |
二级通路分类 | 通路名称 | KO | ||
---|---|---|---|---|
生物降解和代谢 | 药物代谢-其他酶 | Ndk(-) | ||
碳水化合物代谢 | 戊糖、葡萄糖醛酸转换 | KL(+) | ||
氨基糖和核苷酸糖代谢 | E3.2.1.14(-);nagB (+) | |||
氨基酸代谢 | 酪氨酸代谢 | TYR(-) | ||
脂类代谢 | 类固醇生物合成 | CYP2R1 (+) | ||
初级胆汁酸的生物合成 | SCP2(-) | |||
不饱和脂肪酸的生物合成 | ACOT1_2_4(-) | |||
核苷酸代谢 | 嘌呤代谢 | ndk(-) | ||
嘧啶代谢 | ndk(-) | |||
信号转导 | FoxO信号通路 | BCL6(-) | ||
Rap1信号通路 | THBS1(+) | |||
NF-kappa B信号通路 | CCL21(-)、TNFSF11(+) | |||
PI3K-Akt信号通路 | VWF(+) | |||
TGF-beta信号通路 | THBS1(+) | |||
钙信号通路 | AGTR1(-) | |||
Jak-STAT信号通路 | CISH(+) | |||
信号分子与相互作用 | 刺激神经组织中的相互作用 | NTSR1(-)、GRIA1(-) | ||
cytokine-cytokine受体相互作用 | CCL21(-)、TNFSF11(+) | |||
细胞粘附分子(CAMs) | MHCⅡ(+)、CLDN(+)、LRRC4(+) | |||
ECM-受体相互作用 | THBS1(+) | |||
运输和分解代谢 | 过氧化物酶体 | SCP2(-) | ||
吞噬体 | MHCⅡ(+)、THBS1(+) | |||
细胞群落-真核生物 | 紧密连接 | THBS1(+) | ||
局灶性粘连 | VWF(+) | |||
细胞生长与死亡 | p53信号通路 | THBS1(+) | ||
内分泌系统 | 甲状旁腺激素的合成、分泌和作用 | KL(+)、TNFSF11(+) | ||
黑素原生成 | TYR(-) | |||
肾素-血管紧张素系统 | MME(+) | |||
PPAR信号通路 | SCP2(-) | |||
免疫系统 | 造血细胞谱系 | MHCⅡ(+)、MME(+) | ||
Th17细胞分化 | MHCⅡ(+) | |||
Th1和Th2细胞分化 | MHCⅡ(+) | |||
白细胞跨内皮转移 | CLDN(+) | |||
趋化因子信号通路 | CXCL1_2_3(-) | |||
产生IgA的肠道免疫网络 | MHCⅡ(+) | |||
IL-17信号通路 | P38(-) | |||
抗原处理和呈递 | MHCⅡ(+) | |||
神经系统 | 多巴胺能突触 | ARNTL(-) | ||
谷氨酸能突触 | GRIK1(-) | |||
消化系统 | 蛋白质的消化和吸收 | CPA1(+) | ||
排泄系统 | 内分泌和其他因子调节的钙重吸收 | KL(+) | ||
二级通路分类 | 通路名称 | KO | ||
环境适应 | 昼夜夹带 | PER1(+) | ||
生理节律 | PER1(+)、NR1D1(+)、NR1F1(-)、ARNTL(-) | |||
生长 | 破骨细胞分化 | RANKL(+) | ||
轴突引导 | LRRC4(+) | |||
衰老 | 长寿调节途径 | KL(+) |
二级通路分类 | 通路名称 | KO | ||
---|---|---|---|---|
生物降解和代谢 | 药物代谢-其他酶 | Ndk(-) | ||
碳水化合物代谢 | 戊糖、葡萄糖醛酸转换 | KL(+) | ||
氨基糖和核苷酸糖代谢 | E3.2.1.14(-);nagB (+) | |||
氨基酸代谢 | 酪氨酸代谢 | TYR(-) | ||
脂类代谢 | 类固醇生物合成 | CYP2R1 (+) | ||
初级胆汁酸的生物合成 | SCP2(-) | |||
不饱和脂肪酸的生物合成 | ACOT1_2_4(-) | |||
核苷酸代谢 | 嘌呤代谢 | ndk(-) | ||
嘧啶代谢 | ndk(-) | |||
信号转导 | FoxO信号通路 | BCL6(-) | ||
Rap1信号通路 | THBS1(+) | |||
NF-kappa B信号通路 | CCL21(-)、TNFSF11(+) | |||
PI3K-Akt信号通路 | VWF(+) | |||
TGF-beta信号通路 | THBS1(+) | |||
钙信号通路 | AGTR1(-) | |||
Jak-STAT信号通路 | CISH(+) | |||
信号分子与相互作用 | 刺激神经组织中的相互作用 | NTSR1(-)、GRIA1(-) | ||
cytokine-cytokine受体相互作用 | CCL21(-)、TNFSF11(+) | |||
细胞粘附分子(CAMs) | MHCⅡ(+)、CLDN(+)、LRRC4(+) | |||
ECM-受体相互作用 | THBS1(+) | |||
运输和分解代谢 | 过氧化物酶体 | SCP2(-) | ||
吞噬体 | MHCⅡ(+)、THBS1(+) | |||
细胞群落-真核生物 | 紧密连接 | THBS1(+) | ||
局灶性粘连 | VWF(+) | |||
细胞生长与死亡 | p53信号通路 | THBS1(+) | ||
内分泌系统 | 甲状旁腺激素的合成、分泌和作用 | KL(+)、TNFSF11(+) | ||
黑素原生成 | TYR(-) | |||
肾素-血管紧张素系统 | MME(+) | |||
PPAR信号通路 | SCP2(-) | |||
免疫系统 | 造血细胞谱系 | MHCⅡ(+)、MME(+) | ||
Th17细胞分化 | MHCⅡ(+) | |||
Th1和Th2细胞分化 | MHCⅡ(+) | |||
白细胞跨内皮转移 | CLDN(+) | |||
趋化因子信号通路 | CXCL1_2_3(-) | |||
产生IgA的肠道免疫网络 | MHCⅡ(+) | |||
IL-17信号通路 | P38(-) | |||
抗原处理和呈递 | MHCⅡ(+) | |||
神经系统 | 多巴胺能突触 | ARNTL(-) | ||
谷氨酸能突触 | GRIK1(-) | |||
消化系统 | 蛋白质的消化和吸收 | CPA1(+) | ||
排泄系统 | 内分泌和其他因子调节的钙重吸收 | KL(+) | ||
二级通路分类 | 通路名称 | KO | ||
环境适应 | 昼夜夹带 | PER1(+) | ||
生理节律 | PER1(+)、NR1D1(+)、NR1F1(-)、ARNTL(-) | |||
生长 | 破骨细胞分化 | RANKL(+) | ||
轴突引导 | LRRC4(+) | |||
衰老 | 长寿调节途径 | KL(+) |
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