Longan Germplasms Resources: Genetic Diversity Analysis and Fingerprint Construction Based on SSR Markers

doi:10.11924/j.issn.1000-6850.casb2022-0009

Abstract

Abstract:

The objective of this study is to provide technical support for molecular identification and variation analysis of longan germplasm. 85 longan germplasm resources were used as materials. SSR detection, population diversity and molecular fingerprint analysis of longan germplasms were carried out by fluorescence labeled capillary electrophoresis. A total of 29 alleles were obtained by using 7 pairs of SSR primers, and the number of alleles in each pair ranged from 3 to 7, with an average of 4.14. The number of effective alleles (Ne) ranged from 1.52 to 3.133, with an average of 2.175, and the effective alleles accounted for 52.49%. The average Shannon genetic diversity index (I) of the population was 0.877. The variation range of the observed heterozygosity (Ho) was 0.341-0.782, with an average of 0.51. The expected variation range of heterozygosity (He) was 0.342-0.681, with an average of 0.514, greater than 0.5. The genetic distance of the 85 longan germplasms was 0.00-0.635, and the average genetic distance was 0.299. The construction of fingerprints of the 85 longan germplasms can provide an effective means for the identification of many homonymous foreign bodies or homonymous anomalies in production.

Key words: longan germplasm resources, genetic diversity, simple sequence repeat (SSR) markers, fingerprint

GUO Dongliang, HUANG Shilian, WANG Jing, HAN Dongmei, LI Jianguang. Longan Germplasms Resources: Genetic Diversity Analysis and Fingerprint Construction Based on SSR Markers[J]. Chinese Agricultural Science Bulletin, 2022, 38(36): 67-73.

Figures/Tables 5

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编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称
1	水眼	18	后壁埔	35	九月乌	52	白花木	69	普明庵
2	旺高堂	19	水南一号	36	潘通	53	泸丰	70	红核
3	公妈本	20	立秋本	37	180813优株	54	蜀冠	71	龙优
4	青壳蕉	21	海晏	38	180814-1优株	55	0807-01优株	72	八一早
5	驼背木	22	东莞大果	39	处暑本	56	0807-02优株	73	友谊106
6	顺德十叶	23	大个圆	40	草铺种	57	0807-03优株	74	0405优株
7	卷叶	24	越南四季	41	绿珠	58	凤梨朵	75	红匣臻
8	180725优株	25	赤壳	42	180806优株	59	0807-05优株	76	红壳子
9	180723优株	26	广早	43	立冬本	60	松风本	77	0806优株
10	实生脆肉	27	可哈拉	44	实生迟熟	61	新滘一号	78	香眼
11	早白露	28	储良	45	迟熟龙眼	62	大乌圆	79	顶圆
12	青壳宝圆	29	凤梨穗	46	伊多	63	桂明	80	0731优株
13	迟龙眼	30	双孖木	47	巨龙	64	鸡肾眼	81	乌龙岭
14	新窖乌圆	31	东壁	48	河垌广眼	65	沙梨木	82	实生蜀冠
15	后巷本	32	福眼	49	0807-07优株	66	桂花味	83	古山二号
16	罗伞木	33	赐合种	50	良圆	67	沙梨肉	84	石硖
17	泸早	34	鸡蛋本	51	洲头本	68	鸡卵眼	85	台山广早

编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称	编号	资源名称
1	水眼	18	后壁埔	35	九月乌	52	白花木	69	普明庵
2	旺高堂	19	水南一号	36	潘通	53	泸丰	70	红核
3	公妈本	20	立秋本	37	180813优株	54	蜀冠	71	龙优
4	青壳蕉	21	海晏	38	180814-1优株	55	0807-01优株	72	八一早
5	驼背木	22	东莞大果	39	处暑本	56	0807-02优株	73	友谊106
6	顺德十叶	23	大个圆	40	草铺种	57	0807-03优株	74	0405优株
7	卷叶	24	越南四季	41	绿珠	58	凤梨朵	75	红匣臻
8	180725优株	25	赤壳	42	180806优株	59	0807-05优株	76	红壳子
9	180723优株	26	广早	43	立冬本	60	松风本	77	0806优株
10	实生脆肉	27	可哈拉	44	实生迟熟	61	新滘一号	78	香眼
11	早白露	28	储良	45	迟熟龙眼	62	大乌圆	79	顶圆
12	青壳宝圆	29	凤梨穗	46	伊多	63	桂明	80	0731优株
13	迟龙眼	30	双孖木	47	巨龙	64	鸡肾眼	81	乌龙岭
14	新窖乌圆	31	东壁	48	河垌广眼	65	沙梨木	82	实生蜀冠
15	后巷本	32	福眼	49	0807-07优株	66	桂花味	83	古山二号
16	罗伞木	33	赐合种	50	良圆	67	沙梨肉	84	石硖
17	泸早	34	鸡蛋本	51	洲头本	68	鸡卵眼	85	台山广早

引物	引物序列信息(F)	引物序列信息(R)
LY2	CATTGGAGCAGCCCTTTTAG	CATCGTTTTGCACATTCCAG
LY3	AAAATCGAACGGCTCACATC	CGTTTAGAGGAGGTGGTGGA
LY4	TGCTAAAGGAACCAGGCATT	TGCTTTTGACACCTCACTCG
LY6	ATCACAGCCATTTCGGAGTC	CCCTTCCTGCTTTTTGTTTG
LY7	GGGTTGTGGCAACAGAGTTT	TGGCTCCAAGGATCGAATAC
LY8	ATTACACCAGAGGGAAGGGG	CCCACCATCCACCACATAAT
LY9	GAGTTCGCAGAAACGAAACC	GCGCCCTTCTCTCTACTCAA

引物	引物序列信息(F)	引物序列信息(R)
LY2	CATTGGAGCAGCCCTTTTAG	CATCGTTTTGCACATTCCAG
LY3	AAAATCGAACGGCTCACATC	CGTTTAGAGGAGGTGGTGGA
LY4	TGCTAAAGGAACCAGGCATT	TGCTTTTGACACCTCACTCG
LY6	ATCACAGCCATTTCGGAGTC	CCCTTCCTGCTTTTTGTTTG
LY7	GGGTTGTGGCAACAGAGTTT	TGGCTCCAAGGATCGAATAC
LY8	ATTACACCAGAGGGAAGGGG	CCCACCATCCACCACATAAT
LY9	GAGTTCGCAGAAACGAAACC	GCGCCCTTCTCTCTACTCAA

引物	等位基因数(Na)	有效等位基因数(Ne)	Shannon’s多样性指数(I)	观测杂合度(Ho)	期望杂合度(He)	多态信息量(PIC)
LY2	7	2.655	1.193	0.627	0.623	0.559
LY3	3	1.986	0.716	0.47	0.496	0.379
LY4	6	2.269	1.099	0.585	0.559	0.516
LY6	3	1.669	0.616	0.381	0.401	0.325
LY7	3	1.52	0.55	0.386	0.342	0.288
LY8	4	3.133	1.249	0.782	0.681	0.627
LY9	3	1.991	0.718	0.341	0.498	0.38
合计	29	15.223	6.141	3.572	3.6	3.074
平均	4.143	2.175	0.877	0.510	0.514	0.439